Внимательно следил монарх и за развитием духовенства и церкви в Испании, призывая или принуждая их к реформам. Король обладал правом выдвигать кандидатов на епископство и тем самым мог оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папой. Филипп реформировал испанскую структуру епископств, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно — на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании, вызвавшейся распространить христианство в Новом Свете, а также укрепить католическую реформу и Контрреформацию в Европе, духовенство, поддерживаемое королем Филиппом, излучало мощные импульсы к созданию мировой католической церкви.
Испанские богословы в большинстве своем положительно восприняли Триентский собор 1564 года, ставший предвестником церковного обновления. Как следствие. Филипп претворил в жизнь его решения в своем королевстве, опираясь на испанский клир, объединявший в своих рядах приблизительно 90 000 представителей белого и черного духовенства. Мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю к тому же удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви, требуя от нее все более крупных пожертвований. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
Империя Филиппа могла добиться впечатляющего превосходства, если надо было сконцентрировать ресурсы ее широких просторов против одного врага, но мощи Испании явно не хватало, если против Филиппа одновременно направляли свои силы несколько врагов, таких как Англия, Франция, восставшие Нидерланды, протестанты в Германии и турки. Поэтому для его внешнейполитики характерным было стремление как можно дальше развести потенциальных противников и зоны конфликтов. Отчасти это Филиппу II удавалось: в 1557 году он одержал важную военную победу над Францией, заключил в 1559 году Като-Камбресийский мир и на долгое время избавился от серьезного соперника, которого в последующие десятилетия к тому же лихорадили внутренние кризисы. Так Испания Филиппа смогла подняться до положения гегемона в Европе, которое утратила лишь в ходе Тридцатилетней войны. Мир 1559 года был скреплен третьим браком Филиппа — с Изабеллой Валуа Французской.
Важным направлением внешней политики Филиппа являлись отношения с австрийскими Габсбургами. Четвертый брак Филиппа в 1570 году с дочерью императора Максимилиана II, Анной Австрийской, прежде всего должен был гарантировать, что при наследовании владения в Испании и Империи останутся в руках Габсбургов, так как у Филиппа все еще не было наследников. Поэтому с 1564 по 1571 год король воспитывал при своем дворе двух сыновей Максимилиана II — Эрнста и будущего императора Рудольфа II. Однако за десять лет брака Анна родила пять детей; сначала одна за другой появились на свет четыре девочки и только потом — столь долгожданный для Филиппа наследник.
Выдающимся историческим событием стала победа Филиппа в союзе с папой и Венецией над турками в морской битве у Лепанто в 1571 году, которая, впрочем, не ликвидировала османскую угрозу. При поддержке императора Рудольфа II Филиппу удалось добиться важного успеха в Империи, когда его войска вмешались в спор об архиепископстве Кельнском и тем самым в 1583 году окончательно обеспечили закрепление на этом важном фланге Нидерландов католиков Виттельсбахов. Величайшим внешнеполитическим успехом Филиппа было вступление в 1580 году на португальский трон. Тесные, бесконфликтные отношения с Португалией лежали в основе имперской политики Карла V и Филиппа II. Этому служили оба брака с португальскими принцессами. После смерти в 1578 году короля Себастьяна Португальского семейные связи послужили законной основой для испанских притязаний на наследование престола в этой стране, в скором времени удовлетворенные Филиппом силой оружия. Теперь он стал королем всего Иберийского полуострова, но, что еще важнее, — обширных португальских владений, прежде всего в Африке, а также в Азии и Южной Америке. Таким образом 53-летний Филипп поднялся на вершину своего могущества.
Но внешнеполитические успехи Филиппа с середины шестидесятых годов стали блекнуть в результате бунта в Нидерландах.
Реформаторская политика Филиппа ограничивала местные свободы и в первую очередь дворянские привилегии, чем вызвала в шестидесятых годах волнения, провоцируемые поначалу дворянством. В начале семидесятых, когда испанский наместник герцог Альба попытался осуществить цели Филиппа с провокационно чрезмерной строгостью ввел 10-процентный налог с торговых сделок, алькабалу, чтобы финансировать расходы на военные операции в Нидерландах за счет самой страны, страну вновь всколыхнула волна недовольства.