Заговор был раскрыт, зачинщики арестованы, Кадудаль казнен. Пишегрю нашли в своей камере повешенным — вероятнее всего, это было самоубийство. В отношении Моро не было никаких доказательств, его популярность в армии была очень велика — он отделался ссылкой. Но Бонапарту нужно было покарать как заговорщика кого-то из Бурбонов. А потому по его приказу в ночь с 14 на 15 марта 1804 года из находящейся на нейтральной территории в Бадене резиденции был похищен совершенно непричастный к делу герцог Энгиенский — он оказался единственным доступным представителем французской королевской фамилии, — отвезен в Венсен и 21 марта после короткого показательного процесса расстрелян.
30 марта сенатор Кюре предложил, чтобы Первый консул Бонапарт был провозглашен «Императором республики», и это достоинство стало бы наследственным для его фамилии. Против предложения выступил только Карно, и резолюцией Сената от 18 мая 1804 года, которая получила название Конституции XII года, Наполеон Бонапарт был произведен в императоры Франции. Вопрос о наследственной власти был улажен, образовалась и новая аристократия из шести высших государственных чиновников, шести высших офицеров и чиновников империи. Среди них были маршалы, которых Наполеон незадолго до того произвел в это достоинство Всенародный референдум (на него был вынесен только вопрос о наследственной преемственности, но не об императорском титуле) поддержал это решение. 2 декабря, по желанию Наполеона, в соборе Парижской Богоматери состоялась его коронация.
Император Французской республики и президент Итальянской республики — эти два титула сочетались неважно. Пришлось преобразовать Италию в королевство и водрузить себе на голову 26 мая 1805 года в Милане корону Ломбардии. Его пасынок Эжен Богарнэ стал вице-королем и регентом Италии. Наполеон учредил придворный штат. Своих высших сановников он осыпал княжескими титулами и деньгами, плодил новых графов и баронов, не получавших, впрочем, вместе с титулом никаких правовых или финансовых привилегий. В 1806 году он присвоил всем членам своей семьи титул «принц». Одновременно он велел выделить в Италии 30 крупных ленных поместий и распределить их между своими высшими чиновниками. С 1807 года аршалы, отличившиеся в бою, награждались титулом герцога или князя. 1 марта 1808 года решением Государственного совета было учреждено чиновное и личное дворянство — последнее присваивал император.
До 1804 года на английском фронте наблюдалось затишье, однако с 1805 года события приняли новый оборот, поскольку Англии удалось сформировать третью коалицию с Австрией и Россией и тем самым обеспечить себе сильных союзников на континенте.
Реакция Наполеона была молниеносной. Он тут же начал передислокацию армии, с 1804 года стоявшей лагерем в Булони. От плана вторжения в Англию он отказался, поскольку этот план оставался неосуществимым до тех пор, пока не удавалось нейтрализовать английский флот. Поход 1805 года стал самой большой удачей Наполеона. Для его современников эта кампания выглядела настоящим блицкригом. В какие-то четыре недели, делая в среднем по 50 км в день, он привел 200-тысячную армию на берег Дуная, окружил армию австрийского генерала Мака, не понявшего, какая опасность ему грозит, и принудил ее к капитуляции. 49 000 австрийцев были выведены из строя. Форсированным маршем Наполеон привел свое войско к Вене и занял императорский город.
2 декабря 1805 года началась знаменитая битва французов с Австрией и Россией под Аустерлицем. Наполеон сделал ставку на лучшую маневренность своих войск. И его расчет оказался верным. Спустившись с Пратценских высот, он прорвал центр врага, окружил сперва одно, а затем другое крыло вражеских войск и одержал блестящую победу. Русские потеряли около 20 000 человек, австрийцы — около 6000 из остававшихся 15 000. Потери самой великой армии составили «всего лишь» 8–9 солдат.
Это сражение решило исход войны. Русские, которых австрийцы обвинили в поражении, повернули на восток. Император Франц просил Наполеона о мире.
Бонапарт продиктовал Австрии унизительные условия мира, который был заключен в Пресбурге 26 декабря 1805 года. Австрия теряла все свои владения в Италии и Далмации. Тироль и Форарльберг она уступала Баварии. И за все свои территориальные потери она не получала никакой компенсации. Лишь прежние епископства Зальцбургское и Вюрцбургское отходили Габсбургам.
В марте 1806 года в качестве очередного этапа установления в Европе наполеоновских порядков последовало изгнание Бурбонов из Италии, где был назначен королем брат Наполеона, Жозеф. Только Сицилию, охраняемую английским флотом, корсиканец не смог завоевать. Луи Бонапарт стал новым королем Голландии, тем самым тоже полностью вошедшей в наполеоновскую систему.