Наиболее оживленные споры вызывали две последние статьи договора: «О закубанских народах» и «О денежной компенсации». Екатерина писала Безбородко: «О закубанских народах надо настоять, чтобы в договоре было зафиксировано, что или Порта отвечает за все неустройства и набеги, которые от тех народов могут нам иногда причинены быть, или <бы турки> предоставили нам самим право обуздать и усмирить их, не почитая такового наказания за нарушение с нею мирного трактата». Екатерина выражала опасение, что требование о денежной компенсации за понесенный Россией ущерб вызовет возражения со стороны Англии и других европейских государств. Окончательное решение этого вопроса она предоставила самому Безбородко, надеясь на его опыт и желание «приобрести выгоды для государства нашего».
Руководствуясь этими распоряжениями, Безбородко с блеском завершил переговоры. Создав впечатление, что главное, на чем будет настаивать Россия, это денежная компенсация, он легко добился уступок по вопросу о закубанцах, а когда Порта наконец согласилась, что «она делается ответственной за все беспорядки, могущие произойти от закубанских племен… и обязуется вознаградить из своей казны все убытки, нанесенные корсарами подданным Российской империи», граф торжественно провозгласил: «Посколько Порта соглашается на артикул мною предложенный, отвращающий разрыв и дальнее пролитие крови, объявляю, что Российская империя не потребует никакого денежного удовлетворения и дарует мир многочисленным миллионам людей, населяющих Россию и Османскую империю». Так в торжественной обстановке 29 декабря 1791 года завершились переговоры. На последней, 14-й конференции был подписан мирный трактат. Оценивая дипломатическую деятельность Безбородко в Яссах, молодой в то время дипломат Ф.В. Ростопчин с восхищением писал: «Для успеха в самом трудном деле ему стоит только приняться за работу. Он оказал России самую главную услугу, какую только можно было сделать».
Возвратившись в марте 1792 года в Петербург, Безбородко встречался с новым фаворитом Екатерины молодым П.А. Зубовым. Сначала Зубов избегал вступать в конфликт с дипломатом, тем более что по особоважным государственным делам императрица продолжала обращаться с Безбородко. Фаворит потянул за собой новых людей. Их всевластие огорчало и раздражало графа, он стал удаляться от дел и жаловался, что легко и с удовольствием делается, отдается в руки других: вся дрянь и все, что влечет за собой неприличности, на меня взваливается. Безбородко обратился к императрице с письмом, в котором, напомнил о своих заслугах в урегулировании сложных шведских, русско-турецких, отчасти русско-польских дел и о доверенности государыни в течении 18 лет, заключал: «Если служба моя неугодна, то готов от всего удалится… готов я, впрочем, всякое трудное и важное препоручение Ваше справлять, не щадя ни трудов моих, ни же самого себя». Прямого ответа не последовало, но, наградив Безбородко за установление русско-турецкого мира грамотой, масличной ветвью и деревнями с 4981 душой крепостных, Екатерина дала понять, что по-прежнему считает своего секретаря и советника правой рукой и продолжает полагаться на него во всех важнейших государственных делах.
С.Н. Шубинский в «Исторических очерках и рассказах» писал: «Дипломатический мир признавал за Екатериной „великое имя в Европе и силу, принадлежащую ей исключительно“. В России по отдаленным захолустьям помнили и говорили, что в это царствование соседи нас не обижали и наши солдаты побеждали всех и прославились. Это простейшее общее впечатление Безбородко, самый видный дипломат после Панина, выражал в изысканной форме, говоря в конце своей карьеры молодым дипломатам: не знаю, как будет при вас, а при нас ни одна пушка в Европе без позволения нашего выпалить не смела».
Новая страница в карьере Безбородко открылась с воцарением Павла I Из всех екатерининских министров его единственного император не только не отправил в отставку, но, наоборот, возвысил: на третий день после кончины матери Павел возвел Безбородко «в первый класс со званием фельдмаршала», к советам его прислушивался и в дальнейшем был беспредельно милостив. При коронации Павла Безбородко, который был ее главным устроителем, был возведен в княжеское достоинство с присвоением титула светлости, получил земли в Орловской (10 тысяч душ) и в Воронежской (30 тысяч десятин земли) губерниях и право еще на 6 тысяч душ, «где выберет».
Это породило слухи о том, что Безбородко оказал преемнику Екатерины какие-то особые услуги — возможно, доставил Павлу доверенное ему Екатериной II завещание передать престол внуку Александру в обход сына. Однако документальных подтверждений того, что завещание действительно существовало, а Безбородко выдал его Павлу, нет. А потому загадка особой милости императора к екатерининскому вельможе остается нераскрытой.
В 1796 году, «расстроив силы свои 32-летним служением», Безбородко попросил Павла I уволить «от многотрудных занятий», но государь сказал что «в нем нуждается Отечество».