Она преисполнена необычной, поэтической гармонии, свойственной, как правило, духу деревянного зодчества Севера. И это неудивительно. Ведь шатровый стиль в каменном строительстве заимствован из деревянного зодчества. Шатровые храмы не имели внутри столбов, а вся масса здания держалась на фундаменте. Шатровые каменные храмы на Руси появились на рубеже XV–XVI веков. Шатровая форма церквей оказалась наиболее подходящей для строительства храмов-памятников – они должны были быть высокими, видными издалека, а вот небольшая площадь храма роли не играла, так как они создавались не для огромного скопления народа. Распространившийся и полюбившийся всего за одно столетие стиль был запрещён после церковной реформы патриарха Никона в 1653 году как не соответствующий чину.
Патриарх Никон (в миру Никита Минин, выходец из мордовской семьи), шестой московский патриарх, имел такой официальный титул: Божиею милостию великий господин и государь, архиепископ царствующаго града Москвы и всеа великия и малыя и белыя Росии и всеа северныя страны и помориа и многих государств Патриарх. Никон был торжественно возведён на престол патриархов Московских и Всероссийских в 1652 году. Его реформы, в том числе замена двуперстного знамения на трёхперстное, раскололи Церковь на сторонников Никона (никониан) и его противников (старообрядцев, староверов), одним из лидеров которых стал Аввакум.
Первая деревянная трёхшатровая церковь Рождества Пресвятой Богородицы, стоявшая на этом месте, появилась намного раньше Никона. Она известна с 1625 года, то есть со времени правления Михаила Фёдоровича. Прихожане знали её как Богородицкая или Богородицерождественская церковь на Старом посольском дворе, за Тверскими воротами в Новой слободе, в Путинках.
Слобода получила своё название от расходящихся отсюда, от Тверских ворот Москвы, старинных путей на Тверь и Дмитров. Ещё есть предположение, что слово «Путинки» образовалось от «Паутинки» – тесного и причудливого переплетения узеньких переулков у Тверских ворот.
За храмом располагался путевой Посольский двор, а вокруг – дворы выходцев из Дмитровской слободы (нынешней Большой Дмитровской улицы), от которой получила название быстро разросшаяся Малая Дмитровская слобода.
Богородицкая церковь сгорела в результате сильного пожара в 1648 году.
Прихожане решили возвести новый, уже каменный, храм. В ответ на просьбу о помощи, обращённую к царю Алексею Михайловичу, они получили из казны огромные по тем временам деньги – 800 рублей и кирпич для строительства храма. Остальные средства собирались прихожанами.
Малая Дмитровка – дорога на Дмитров – является продолжением Большой Дмитровки, которая начиналась в центре города, недалеко от Кремля. Стены Белого города стали утрачивать свою значимость, когда строительство домов вышло за его границы. А это случилось с появлением в этом районе Дмитровской слободы, которая протянулась от современной Пушкинской площади до Садового кольца. Шатровый храм Рождества Богородицы в Путинках был первым в этом районе каменным строением за воротами Белого города.
Но первым был не только сам храм, но и один из его приделов. Память о страшном пожаре заставила создателей храма впервые на Руси освятить один придел в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина», оберегающей от пожаров. Придел «Неопалимой Купины» находится с северной стороны храма и построен одновременно с церковью и шатровой колокольней.
С 1649 по 1652 год возводился этот выдающийся памятник древнерусского зодчества, выполненный в стиле «русского узорочья» – церковь Рождества Богородицы в Путинках.
В архитектурном плане эта церковь представляла собой узкий четверик, украшенный тремя шатрами. К четверику был пристроен придел иконы Божией Матери «Неопалимая Купина». Восьмигранная шатровая звонница поставлена прямо на сводах трапезной, соединяющей церковь с приделом.
Маленькие декоративные шатры, венчающие всю композицию храмовых построек, являются самой замечательной деталью этого храма. Они не похожи друг на друга, установлены на стройных барабанах, украшенных великолепной декоративной резьбой. Шатры венчаются луковичными главками, прикреплёнными к меньшим по размеру барабанам, тоже богато декорированным. Световой барабан на приделе значительно у́же самого шатра, а его основание вынесено за границы барабана. А сам барабан прорезан узкими высокими оконцами.
В конце XVII века к храму пристроили широкую трапезную с приделом во имя Фёдора Тирона и сторожку при входе на колокольню. Третий придел, основанный в церкви, традиционно был освящён во имя святого Николая Чудотворца.
В 1864 году сделали вход в храм с западной стороны. Было построено новое крыльцо, которое покрыли шатром на узком барабане. В ходе реставрационных работ 1957 года это крыльцо разобрали и заменили новым, которое стилизовали под XVII век.