Первым учителем Парацельса был его отец, преподававший ему медицину, алхимию и астрологию. В возрасте шестнадцати лет Парацельс поступил в университет в Базеле, но не окончил его. Через несколько лет он попал в Вюрцбург, к аббату Тритгейму, ученику врача-алхимика Агриппы, который посвятил его во все тайные науки. По рекомендации Тритгейма он был принят в лабораторию богатого алхимика Зигмунда фон Фуггера в Тироле, открывшему ему все тайны химии. Затем Парацельс посетил знаменитые университеты Германии, Франции и Италии, изучал металлургию в Саксе, побывал в Испании и Англии, объездил Египет, был посвящён в различные мистерии в Константинополе, и даже какое-то время находился в плену у татар. Везде он старался беседовать с людьми, мало-мальски сведущими в медицине — с цирюльниками, банщиками, волшебниками, знахарками, астрологами, и т. д. Разговаривал он и с дипломированными врачами; всех расспрашивал о разных методах лечения, заговорах, магических талисманах и амулетах, лекарствах, травах и т. п. Он служил в датской армии Христиана II, всеми способами исцеляя раненых.
В 1526 году он вернулся в Базель уже известным медиком. Его назначили городским врачом, а год спустя — профессором Базельского университета. Методика преподавания молодого профессора и его отношение к традиционной медицине, по мнению его коллег, не укладывались ни в какие рамки. Он читал лекции на немецком языке, вместо того чтобы, как было принято, читать их на латинском. При этом он не стал излагать учения корифеев медицины древности, а собрал рукописи Галена, Авиценны и других и бросил их в костёр на базарной площади. Пощадил он лишь труды Гиппократа. Коллеги ненавидели Парацельса. Они распространяли о нём небылицы, уверяя, что он потому не преподаёт на латыни, что не знает её, называли его шарлатаном.
«С тридцатитрёхлетнего возраста он возбуждал как всеобщее удивление, так и зависть врачей своими удачными излечениями. Он спас жизнь восемнадцати принцам, вылечить которых не удалось врачам-галенистам (последователям Галена).
Трудно поверить, что он мог безнаказанно упоминать о них, называя по именам в своей книге о винно-каменных болезнях. А если бы ему не удалось их действительно вылечить?.. Парацельс лечил, кроме того, безвозмездно многих бедных, от которых требовали платы другие врачи».
Однако Парацельс не простил неблагодарности вылеченному им знатному вельможе, когда тот отказался заплатить ему за лечение. Он затеял судебный процесс, в результате которого в 1529 году был вынужден оставить Базель. Он уехал в Эсслинген под Штутгартом, но и там подвергся преследованиям. Под угрозой ареста и тюрьмы он скрылся и начал жизнь скитальца, полную лишений. Почти до самой смерти он скитался по Германии в сопровождении нескольких учеников. Они следовали за ним до тех пор, пока не узнавали все тайны его медицинского искусства; затем начинали практиковать самостоятельно. Несмотря ни на что врачебная слава неизменно сопутствовала Парацельсу.
В 1541 году архиепископ Зальцбургский пригласил его под своё покровительство. Но вскоре, 24 сентября 1541 года, Парацельс умер. Одни говорили, что его сбросили с обрыва убийцы, нанятые завистливыми врачами и аптекарями Зальцбурга, другие опять пытались очернить его, уверяя, что он умер в результате пьяной драки. О нём старательно распространяли слухи как о пьянице и дебошире. Однако эта «характеристика» никак не вяжется с его сочинениями, бесспорно написанными человеком трезвого ума, содержащими морально-этические рекомендации для врачей. Он был похоронен в Зальцбурге при церкви Святого Себастьяна. В 1752 году там ему был воздвигнут памятник.
По мнению Парацельса, человек обладает невидимым сидеральным (астральным, духовным) телом и видимым — элементарным (физическим, материальным). Оба тела в нём соединены, но способны разъединяться. Этим двум телам соответствуют две души и два духа: вечная душа и вечный дух, соединённые с сидеральным телом, и естественная душа, естественный дух, связанные с телом физическим. Эти различные начала постоянно чередуются в человеке. Во время сна всегда в действии сидеральное тело, при бодрствовании — физическое. Парацельсу были знакомы состояния сознания, соответствующие обеим душам.
Астральное тело происходит от звёзд; оно не бессмертно, подчинено звёздам и со временем уничтожается, однако переживает физическое тело. Оно может проникать сквозь материю.
Физическое тело остаётся в могиле, а астральное странствует, но охотно пребывает там, где оно жило, соединённое с элементарным телом. Поэтому сидеральное (астральное) тело может быть видимо в форме призрака или видения, в то время как душа или дух уже не находятся при нём. Сидеральное тело может, например, до своего уничтожения находиться на страже у какого-нибудь клада.
Парацельс порицает тех, кто пытается заставить говорить неспособное к этому тело, и тех, кто желает ввести его в рай.