Первые удачи пришли к «Баварии» только в середине 1920-х годов. В сезоне 1925–1926 годов мюнхенский клуб впервые стал победителем Южной региональной лиги. Но в турнире, где победители лиг оспаривали титул чемпиона Германии, «Бавария» быстро выбыла из борьбы, проиграв «Фортуне» из Лейпцига. Через два года «Бавария» вновь стала победителем Южной лиги, а в турнире за звание чемпиона теперь дошла до полуфинала, где потерпела сокрушительное поражение от «Гамбурга» — 2: 8. И наконец в сезоне 1931–1932 годов мюнхенский клуб выиграл и Южную лигу, и турнир победителей лит, впервые став чемпионом Германии. В финальном матче, где решалась судьба титула, баварцы обыграли «Айнтрахт» из Франкфурта-на-Майне со счетом 2:0. Но до следующей победы в чемпионате, которая случилась уже во времена профессиональной Бундеслиги, оставалось… почти 40 лет.
Однако «всего-то» через четверть века, весной 1957 года, «Бавария» впервые выиграла Кубок Германии, победив в финале «Фортуну» из Дюссельдорфа со счетом 1:0. Тем не менее авторитет клуба в Германии был еще невелик, так что в 1963 году «Баварию» не включили в созданную Бундеслигу, и она продолжала выступать в Южной региональной лиге. Но становление будущего великого клуба уже начиналось.
В 1964 году в него пришел из скромного «Нёрдлингена» будущий великий бомбардир Герд Мюллер. В молодежной команде клуба уже играли Франц Беккенбауэр и вратарь Зепп Майер; с 1965 года оба эти футболисты начали выступать за основной состав.
Как раз в том 1965 году «Бавария» наконец завоевала право выступать в Бундеслиге, победив сначала в Южной региональной лиге, а потом успешно выступив в переходном турнире. В первом же сезоне 1965–1966 годов клуб занял третье место в Бундеслиге и завоевал свой второй Кубок Германии, победив в финале со счетом 4:2 клуб «Майдерих».
Это победа позволила «Баварии» в сезоне 1966–1967 годов впервые участвовать в Кубке обладателей кубков, и она выиграла его с первой попытки, дойдя до финала, где одержала победу над шотландским «Рейнджерсом». Единственный гол уже в дополнительное время, на 108-й минуте, забил Франц Рот.
В этом же сезоне «Бавария» завоевала и свой третий Кубок Германии, а в следующем — 1968–1969 годы — впервые стала чемпионом страны, заодно выиграв и четвертый Кубок Германии. Но затем в Бундеслиге дважды подряд побеждала «Боруссия» из Мёнхенгладбаха.
Следующих успехов «Бавария» добилась с новым главным тренером, которым стал Удо Латтек, возглавивший клуб весной 1970 года. Латтек начал с того, что пригласил в клуб Пауля Брайтнера и Ули Хёнесса, который добавились к Герду Мюллеру, Францу Беккенбауэру, Зеппу Майеру. Первой победой Латтека стал Кубок Германии, завоеванный весной 1971 года. В сезоне 1971–1972 годов «Бавария» вернула себе титул чемпиона Германии, и теперь она выигрывала его трижды подряд. Ну а самым главным достижением Латтека стала первая победа «Баварии» в Кубке европейских чемпионов в сезоне 1973–1974 годов.
Финальный матч с испанским клубом «Атлетико Мадрид», сыгранный 14 мая 1974 года в Брюсселе, оказался драматичным. Только в дополнительное время испанец Луис Арагонес, будущий известный тренер, из-за ошибки защитника «Баварии» Ханса-Георга Шварценбека открыл счет. Но за несколько секунд до финального свистка Шварценбек искупил свою вину, забив ответный гол дальним ударом с тридцати метров. Пенальти в случае ничьей тогда еще не пробивались, и через день команды играли вновь. На этот раз «Бавария» разгромила испанцев со счетом 4:0. По два гола забили Герд Мюллер и Ули Хёнесс.
Но стоило «Баварии» в следующем сезоне 1974–1975 годов сбавить ход в Бундеслиге, руководство клуба уволило Латтека. Он принял предложение возглавить «Боруссию» из Мёнхенгладбаха и теперь уже с ней три сезона подряд выигрывал титул чемпиона Германии. Однако «Баварию» Латтек «сложил» столь основательно, что она с новым тренером Деттмаром Крамером, пусть и пропуская вперед «Боруссию» в Бундеслиге, еще два года подряд выигрывала Кубок европейских чемпионов.
28 мая 1975 года «Бавария» победила в финальном матче английский клуб «Лидс Юнайтед» со счетом 2:0. По мячу забили Франц Рот и Герд Мюллер. А 12 мая 1976 года единственный гол, который Франц Рот забил в ворота французского «Сент-Этьена», принес «Баварии» третий Кубок европейских чемпионов. Это был невероятный успех! За всю историю турнира завоевывать этот трофей трижды подряд удавалось лишь двум клубам — «Аяксу» и «Баварии». Фантастическое достижение мадридского «Реала», который выигрывал этот трофей 5 раз подряд, тут, конечно, вне всякой конкуренции…