После этого отступать полку, отрезанному от своего корпуса, пришлось вместе с войсками багратионовской армии. Егерская часть оказалась в составе сил корпуса атамана М.И. Платова, пройдя с ним от Могилева до Поречья. В тяжелых боях у Могилева и Михалевки егеря потеряли более 300 человек только убитыми: числом людей полк сократился наполовину.
Непосредственного участия в Смоленском сражении полку Карпенко принимать не довелось: стрелки находились на аванпостах, то есть в сторожевом охранении на правобережье Днепра. В деле у Колоцкого монастыря полк входил в состав арьергарда. На соединение с Главной армией вышел 24 августа. Карпенко было приказано занять место на правом фланге русской позиции.
Утром 26 августа полковник Карпенко получил приказ сменить позицию, встать у села Бородино. То есть волей судьбы 1-й егерский полк оказался в самом центре поля битвы.
Сражение началось с атаки французской пехоты, поддержанной сильным артиллерийским огнем, на лейб-гвардии Егерский полк у села Бородино. Гвардейские егеря сражались стойко, но через полчаса неприятель стал их теснить к мосту через реку Колочь. Карпенко получает приказ прикрыть отступление полка лейб-гвардии, понесшего в прологе Бородинского сражения большие потери в людях.
Далее события в разрушенном селе Бородино развивались так. Спешно прибывший на место боя 1-й егерский полк решительно и отважно ударил в штыки на неприятеля – усиленную инфантерию Итальянского корпуса – и отбросил его за селение.
Один из участников сражения, Скобелев И.Н., в своих воспоминаниях, описывая подвиг полковника Карпенко в схватке на берегу реки Колочь «в восьмом часу утра» 26 августа, свидетельствовал следующее:
«Храбрый Карпенко умел двигать солдат на смерть и выигрывать добрую их волю молча. Раздав приказания штаб– и обер-офицерам, оградив готовый в дело полк крестным знамением, он спешил дать собою пример…»
Атакующий удар идущих в штыки егерей пришелся на 106-й и 92-й линейные полки. Егеря Карпенко ворвались в село Бородино (на левый берег Колочи) и завязали среди развалин успешный рукопашный бой. Однако подоспевший к месту событий генерал-майор А.П. Ермолов приказал полковому командиру не рваться на штыках вперед, а отойти на правый берег, уничтожив за собой («истребить дотла») оба моста через реку Колочь.
Полк занял стрелковую позицию на правом речном берегу. Егеря до начала 16 часов дня были свидетелями генеральной баталии, которая шла левее их позиции. Они вели ружейную перестрелку со стрелковой цепью противной стороны, но дело до жарких схваток пока не доходило. Их обстреливала батарея, которую французы поставили в селе Бородино, на противоположном речном берегу.
Около 16 часов неприятель попытался перейти вброд Колочь, но был отбит. Затем последовали еще четыре попытки французов форсировать реку с явным намерением зайти в тыл защитникам Курганной высоты. Полковник Карпенко во главе своих егерей и Либавского пехотного полка дважды ходил в штыки на неприятеля, штурмовавшего Батарею Раевского.
Эти две штыковых атаки оказали помощь тем, кто с русской стороны вел кровавые схватки за высоту. Но при этом бойцы Карпенко понесли большой урон в людях, а сам он получил сильную контузию, но поля битвы не оставил. Егеря свою позицию у села Бородино в итоге сумели удержать. В ходе сражения полк потерял 197 человек убитыми и 266 – ранеными.
Наградой Моисею Ивановичу Карпенко, Георгиевскому кавалеру и бесстрашному человеку, за отличие в Бородинском сражении стал чин генерал-майора. Высочайший приказ состоялся в ноябре того же года.
На следующий день после битвы поредевший 1-й егерский полк занял свое место в арьергарде русской армии. В первый день сентября егеря Карпенко последними оставили Москву.
Дальнейший боевой путь полка «в грозу 12-го года» отмечен участием в боях у Спас-Купли и Вязьмы. С конца октября егеря действовали в авангарде войск генерала Милорадовича, отличившись в деле под Дорогобужем.
Карпенко отличился в деле у Соловьевой переправы, куда он был послан с отрядом и 4 орудиями. Наполеоновцев атаковали на рассвете после ночного марш-броска. Под прикрытием пушечного огня егеря по команде своего полкового командира переползли по тонкому льду реку, собравшись на противоположном берегу в колонну. После этого они взяли штурмом позицию вражеского прикрытия, которую защищали два пехотных батальона. Трофеями стали 8 (по другим сведениям – 12) орудий и большой обоз.
С середины ноября 1-й егерский полк действовал совместно с армейскими партизанскими отрядами Давыдова, Ожаровского и Сеславина, входил в состав легких (летучих) отрядов русской армии, которые довершали разгром остатков главных сил бежавшей из России наполеоновской Великой армии.
В ходе Заграничного похода генерал-майор М.И. Карпенко после сражения у Лютцена во главе трех егерских полков прикрывал отход союзных войск к Дрездену. В мае 1813 года стал командиром бригады в составе 1-го егерского и Полоцкого пехотного полков. Участвовал в Дрезденском сражении.