В день штурма Измаила Михаил Илларионович все время приступа находился на виду атакующих пехотинцев, руководил взятием Новой крепости под пулями и ядрами. Он заслужил право быть названным в русской армии героем в генеральских эполетах. В победной реляции А.В. Суворов-Рымникский дал его действиям самую высокую оценку, назначив командира бугских егерей комендантом поверженной турецкой крепости. Кутузов за Измаил был произведен в генерал-поручики.
В 1791 году Кутузов отразил попутку турок вернуть себе Измаил. Как комендант крепости на Дунае, он командовал русскими войсками, действовавшими между реками Прут и Днестр. В июне 1791 года его отряд, переправившись через Дунай, внезапным ударом ударом разгромил 23-тысячное османское войско при Бабадаге.
Затем, в июле того же года, во главе сводного отряда снова переправился через Дунай и овладел неприятельской крепостью Мачин, уничтожив ее укрепления. Тогда ему противостоял великий визирь Юсуф-паша, который имел под своим командованием примерно 80—100 войск. Кутузов выиграл Мачинское сражение благодаря умело направленной атаке русской кавалерии, которая, прорвавшись через неприятельский фланг, зашла туркам в тыл. После этого войско великого визиря обратилось в бегство, оставив победителям 35 орудий и походный лагерь огромной султанской армии.
За такую «знатную» победу генерал-поручик М.И. Голенищев-Кутузов был награжден очередным орденом Святого Георгия, полководческой 2-й степени. Главнокомандующий русскими войсками князь Репнин доносил в Санкт-Петербург:
«Расторопность и сообразительность генерала Кутузова превосходят всякую мою похвалу…»
После Ясского мира Кутузов был отправлен в 1792 году чрезвычайным послом России в столицу Оттоманской Порты Стамбул (Константинополь). Там он проявил себя выдающимся дипломатом, блистательно выполнив поручения императрицы Екатерины II.
В 1794 году его назначили директором Сухопутного шляхетского корпуса. На этом посту М.И. Кутузов воспитал много способных офицеров, которые впоследствии отличились в Отечественной войне 1812 года и других войнах Российской империи первой половины XIX столетия.
С 1795 года Михаил Илларионович был командующим и инспектором войск, расквартированных в Финляндии. В 1798 году получил звание генерала от инфантерии. Успешно выполнил дипломатическую миссию в Пруссии, сделав ее союзницей России против Франции. Был литовским и санкт-петербургским генерал-губернатором.
В 1802 году Кутузов вызвал неудовольствие императора Александра I неудовлетворительным состоянием столичной полиции и, попав в опалу, попросился в отставку от службы. Его просьба была удовлетворена, и он три года прожил в своем имении, находясь не у дел государственных и военных.
Когда началась война с завоевателем Европы Наполеоном Бонапартом, российский государь Александр I послал в 1805 году на помощь союзной Австрии две русские армии. Командовать одной из них он поручил генералу от инфантерии М.И. Голенищеву-Кутузову. Пока его 50-тысячная армия находилась на марше, союзники-австрийцы потерпели полный разгром в сражении под Ульмом. Кутузов оказался один против превосходящих неприятельских сил.
Тогда русский полководец совершил свой знаменитый отступательный марш-маневр от Браунау к Ульмицу (Оломоуцу), чтобы не позволить французам окружить свою армию. В ходе маневра русские разбили войска Наполеоновских маршалов Мюрата под Штеттином и Мортье под Дюренштейном. Этот марш вошел в историю военного искусства как замечательный образец стратегического маневра.
Вопреки Кутузовскому мнению император Александр I и австрийский император Франц I перешли в наступление на французскую армию. 20 ноября 1805 года состоялось Аустерлицкое сражение, в котором русский главнокомандующий оказался фактически отстраненным от руководства войсками. Наполеон одержал под Аустерлицем одну из самых крупных своих побед. Александр I, прямой виновник поражения союзных русско-австрийских войск, вину за него возложил на Кутузова, и тот снова оказался в опале.
Генерал от инфантерии был назначен киевским военным губернатором. В марте 1808 года ему поручили командовать корпусом Молдавской армии. Но из-за разногласий по поводу ведения боевых действий против турок в войне 1806–1812 годов и штурма крепости Браилов у Кутузова не сложились отношения с престарелым главнокомандующим генерал-фельдмаршалом А.А. Прозоровским. В результате опального полководца назначили виленским военным губернатором.
Однако именно Кутузову пришлось завершить эту затянувшуюся Русско-турецкую войну, на которую в Париже возлагали большие надежды: император Наполеон I Бонапарт уже деятельно готовился к вторжению в Россию. В 1811 году, когда война с Турцией зашла в тупик, российский император назначил главнокомандующим Молдавской армии опального полководца. В Рущукском сражении, имея всего 15 тысяч войск, Кутузов нанес сокрушительное поражение 60-тысячной султанской армии под командованием опытного Ахмет-паши.