То есть, можно сказать, что у Африкана Богаевского начало службы было более чем успешным. В казачьи войска направления он не получил, и до 1914 года, то есть до начала Первой мировой войны, служил на штабных должностях в Санкт-Петербургском военном округе, не теряя, однако, тесных связей с родным Доном.
Боевая биография Богаевского началась в Первую мировую войну. В звании полковника он начал её начальником штаба 2-й гвардейской кавалерийской дивизии. С октября 1914 года по январь 1915 года донской казак А. П. Богаевский командует 4-м Мариупольским гусарским полком 4-й кавалерийской дивизии.
Всё же фронтовая судьба возвращает его в ряды казачьих войск, вернее, казачьей гвардии. В январе второго года войны он становится командиром лейб-гвардии Сводно-Казачьего полка. Этот полк состоял из четырёх сотен: 1-й Уральской, 2-й Оренбургской, 3-й, составленной из сибирских, астраханских и семиреченских казаков, и 4-й сотни, составленной их забайкальцев, амурцев и уссурийцев. В марте месяце того же года полковой командир получает чин генерал-майора.
Когда в октябре 1915 года учреждается должность походного атамана Казачьих войск при Верховном главнокомандующем, то начальником его походного штаба был назначен генерал-майор А. П. Богаевский. Атаманом же стал член семьи Романовых — великий князь Борис Владимирович.
Эту должность Африкан Петрович занимал до февраля 1917 года. В марте великий князь по известным причинам подал в отставку. Штаб походного атамана был переформирован в Полевой штаб Казачьих войск, который возглавил генерал Д. Д. Смыгин. Многие офицеры монархических взглядов были уволены со службы.
Генштабиста Богаевского же Временное правительство отправило в войска, на фронт. В апреле он назначается командиром Забайкальской казачьей дивизии. Забайкальцы приняли заметное участие в июньском наступлении русских войск, показав примеры мужества и воинской доблести. Их дивизионный командир был удостоен ордена Святого Георгия 4-й степени.
В августе 1917 года генерал-майор А. П. Богаевский вступает в командование 1-й гвардейской кавалерийской дивизии, сумев в условиях разложения Русского фронта удержать в ней на должной высоте воинскую дисциплину и организованность. Таких армейских соединений, сражавшихся на фронте, к осени того года осталось в рядах русской армии немного.
Следует сказать, что Африкан Петрович показал себя на Русском фронте Первой мировой войны одарённым кавалерийским военачальником. За отличное выполнение боевых заданий и личное мужество он был награждён многими орденами. К концу войны в его послужном списке значились следующие орденские награды: Святого Георгия 4-й степени, Святого Владимира 2-й, 3-й и 4-й степеней, Святой Анны и Святого Станислава 1-й, 2-й и 3-й степеней, шесть иностранных орденов от союзников России по Антанте. К орденам следует добавить и Георгиевское оружие — Золотую саблю с надписью «За храбрость».
Октябрь 1917-го резко изменил судьбу казачьего генерала. Когда на Дон после демобилизации старой русской армии стали возвращаться полки и отдельные сотни, батареи и конвойные полусотни, Богаевский командовал войсками Ростовского района, находясь в подчинении выборного атамана Войска Донского генерала А. М. Каледина.
Гражданская война на Дону началась с разгрома калединцев частями нарождавшейся Красной армии. Богаевский встаёт в ряды корниловской Добровольческой армии, и уходит с нею с Дона на Кубань в Первый (Ледяной) поход. В рядах корниловцев успешно командует Партизанским полком, составленным в своём большинстве из разрозненных партизанских отрядов белых казаков-донцов.
На Дон он возвратился весной 1918 года, командуя 2-й пехотной бригадой деникинской Добровольческой армии. Когда на войсковом круге Всевеликого Войска Донского войсковым атаманом был избран генерал П. Н. Краснов, авторитетный Богаевский стал председателем Донского правительства. Его должность называлась так: председатель Совета управляющих отделами и Управления отдела сношений с иностранными государствами. То есть одновременно он являлся министром иностранных дел при атамане Краснове.
В августе 1918 года войсковой круг Донского казачьего войска присвоил Африкану Петровичу Богаевскому чин генерал-лейтенанта.
Весной 1919 года наступающая Донская белоказачья армия потерпела ряд поражений и начала отступать. В силу этого в начале февраля войсковой атаман П. Н. Краснов подал в отставку. Войсковой круг избрал на его должность Богаевского.
Войсковым атаманом Дона генерал-лейтенант А. П. Богаевский оставался до конца своей жизни, до 1934 года.
В январе 1920 года главнокомандующий Вооружёнными силами Юга России А. И. Деникин, тоже генерал-лейтенант, назначил Богаевского председателем Южно-Русского правительства.
На всех высоких должностях в Белом движении Африкан Петрович отстаивал интересы казачества. Ему принадлежала идея создания Объединённого Совета Донского, Кубанского и Терского казачьих войск с тремя войсковыми правительствами.