В 1888–1889 годах Нестеров создает «Пустынника». «…По безлюдному берегу, опираясь на резную палку, медленно, осторожно переступая обутыми в лапти ногами, идет согбенный годами старичок, – пишет С.Н. Дружинин. – Поздняя северная осень. Вокруг разлита тишина. Спокойна светлая гладь воды, отражающая дальний, подернутый дымкой лес. А здесь, впереди – одинокая иглистая елочка, ветка покрасневшей рябины, да нежно-зеленые запоздалые травинки, которые кое-где пробиваются сквозь побуревший покров топкого берега. В этой картине художник передал нам свое светлое, благостное, умиротворенное чувство, рожденное так знакомой ему и так им любимой русской природой».
Картина ясно говорила о появлении в русской живописи нового, интересного, значительного, своеобразного мастера. Нестеров отправил картину на Семнадцатую передвижную выставку, где он впервые участвовал в качестве экспонента, но еще до вернисажа картину приобрел Третьяков.
На вырученные за картину деньги в мае 1889 года Нестеров едет за границу, изучает великих мастеров прошлого в городах Италии, а также в Париже и Дрездене. Сильное впечатление произвели на него итальянские мастера XV века: Фра Беато Анжелико, Сандро Боттичелли, Филиппо Липпи. Его поразила прежде всего их необыкновенная духовность: «Сила их – есть сила внутренняя… Внешний же вид настолько первобытен и прост, что разве и поражает чем – это необыкновенной наивностью».
Вернувшись, он поселяется в деревне недалеко от Абрамцева и приступает к работе над новой картиной – «Видение отроку Варфоломею» (1889–1890).
Рассказывая о том, как создавалась картина «Видение отроку Варфоломею», Нестеров говорил: «Она писалась как легенда, как стародавнее сказание, шла от молодого пораненного сердца, была глубоко искренна…»
При всей условности сюжета пейзаж «Варфоломея» конкретен, он отмечен тонкими исканиями в области колорита, светлой и нежной мелодией цвета. Ему, так же как и другим лучшим пейзажам художника, присуще проникновенное чувство родного, национально-русского.
«Видение отроку Варфоломею» при своем появлении на Передвижной выставке 1890 года вызвало самые противоречивые суждения. Мнения о ней, вспоминал Нестеров, резко разделились, одни горячо ее приветствовали, но многие из «старших членов Товарищества», к которым примкнул и Стасов, высказывались против картины, усмотрев в ней отступление от реалистических методов изображения.
В девяностые годы Нестеров создал еще несколько полотен, посвященных Сергию Радонежскому. Но все они гораздо слабее первого.
С начала девяностых годов начинается длительный период, когда Нестеров в основном занимался храмовой живописью. Пятнадцать лет провел художник на лесах различных церквей и соборов. По его эскизам выполнены росписи Владимирского собора в Киеве (1890–1895), где Нестеров выступил прямым продолжателем В.М. Васнецова, мозаики и иконы церкви Спаса на крови в Петербурге (1894–1897), росписи церкви храма Александра Невского в Абастумани (1902–1904), храма Марфо-Мариинской обители в Москве (1908–1911). Эти декоративные ансамбли – образцы не только православной эстетической традиции, но и своеобразного «церковного модерна». В образах нарастает лирическое начало, иконность сменяется психологической драмой. Нестеров, по словам В.В. Розанова, «пишет не Христа», а «как человек прибегает к Христу».
Сам Нестеров довольно критически оценивал свои церковные росписи: «Может, мои образа и впрямь меня съели, ну быть может, мое "призвание" не образа, а картины – живые люди, живая природа, пропущенная через мое чувство, словом – "опоэтизированный реализм"».
Под влиянием романов Мельникова-Печерского, посвященных заволжским старообрядцам, Нестеров решил, по его собственным словам, «написать красками роман, роман в картинах…». Художник написал три из пяти задуманных «глав» романа – картины «На горах» (1896), «Великий постриг» (1897–1898) и «На Волге» (1905).
По поводу первой из них были сказаны им программные, по сути дела, слова: «Связь пейзажа с фигурой… одна мысль в том и другом, способствуя цельности настроения».
«Именно эта цельность, присущая всем трем работам, гармония действия и среды, в которой это действо происходит, органическая живописность снимают с картины-сюиты налет прямой повествовательности, заставляют воспринимать их не как прозаические произведения, несмотря на явно выступающую в них фабулу, а как лирические стихотворения, – пишет А.А. Русакова. – В дальнейшем, не желая расставаться с темой женской души, Нестеров создал ряд небольших картин, пронизанных чисто русской "любовью-жалостью" к их героиням, – "Думы", "Усталые", "Лето"».