Галеон потерпел крушение 20 сентября 1638 года, направляясь из Манилы в Акапулько с грузом шёлка, фарфора, изделий из слоновой кости и драгоценностями, среди которых были блюдо и набор кувшинов из чистого золота, подаренные испанским королём японскому императору. Трагедия произошла спустя месяц после отплытия из Манилы, у южного берега острова Сайпан — второго до величине среди Марианских островов.
Подробности гибели галеона стали известны из судебного дела, возбуждённого торговцами Манилы против коррумпированного губернатора Коркуэра и представителей таможни.
В 1636 году только что назначенный таможенный агент по имени Кирога с особой тщательностью проверял манильские галеоны с целью выяснить, перевозят ли торговцы Манилы какие-либо грузы помимо зарегистрированных. Недовольные торговцы, нарушавшие правила, отплатили тем, что отказались предоставлять декларации о перевозимых грузах. Между тем известно, что хронической болезнью манильских галеонов являлась перегрузка. Поскольку благосостояние всей колонии часто зависело от успешного рейса корабля, снаряжаемого всего лишь раз в году, соблазн перегрузить его был непреодолим. Галеон «Нуэстра Сеньора де ля Консепсьон» не являлся исключением: он был забит до отказа. Товары были искусно спрессованы, упакованы и буквально втиснуты на предназначенные места. Даже многотонные пушки были убраны в трюмы, чтобы освободить место для товаров на палубах. Сотни кувшинов с пресной водой висели над головами моряков и пассажиров, плотно привязанные к такелажу.
Документы подтверждают наличие на корабле и некоего тайного груза. Среди 59 обвинений, выдвинутых против губернатора Коркуэра во время официального расследования в 1644 году, было и такое, что губернатор отправил на «Консепсьоне» изделия из золота и драгоценных камней, полученные в качестве взяток. Коркуэр также обвинялся в том, что назначил своего племянника Хуана Франсиско капитаном корабля, чтобы он присматривал за добром губернатора.
По словам обвинителя, именно последнее обстоятельство привело к потере корабля. Уже через несколько дней после выхода в рейс команда потеряла всякое уважение к капитану и перестала ему подчиняться. На галеоне поднялся мятеж, во время которого многие были убиты и ранены. Кораблём никто не управлял, а между тем поднялся шторм. Поскольку паруса не были убраны, сильный ветер сломал мачты и вместе с порванным такелажем сбросил их за борт. Ветер и течение сбили корабль с курса и выбросили его на рифы Сайпана. Спаслось лишь несколько человек. Часть груза была извлечена из прибрежных вод островитянами. В 1684 году испанская поисковая экспедиция обнаружила и подняла 35 из 36 пушек и 7 из 8 якорей. Оставшиеся части галеона и груз разбросало вдоль подножия рифов или вынесло на большие глубины…
Поисковый корабль «Тенгар» подошёл к Сайпану в марте 1987 года и бросил якорь в ста метрах от его юго-западного берега. В течение двух лет на месте гибели галеона велись работы, во время которых было обследовано всё южное и юго-западное прибрежное дно острова Сайпан на глубине от одного до ста двадцати метров. Команда исследователей состояла из 30 человек семи национальностей — китайцев, малайзийцев, сингапурцев, филиппинцев, австрийцев, англичан и американцев. За время поисков остатков галеона команда совершила более 10 тысяч погружений — при этом без единой серьёзной неудачи. Для обследования дна на глубинах, недоступных аквалангистам, «Тенгар» имел двухместный водолазный колокол. Также использовался робот с видеокамерой, управляемой с поискового корабля. А там, куда не могли спустить колокол, применяли обитаемый подводный аппарат, вмещавший двух пилотов и наблюдателя. Данные глубоководных исследований удостоверили, что обломки крушения сбросило с рифа до глубины 80 метров.
Первые три недели погружений принесли исследователям лишь черепки и разбросанные в разных местах на большом расстоянии друг от друга скопления балластных камней, да и те в небольшом количестве. Около 350 лет тайфуны разрушали остатки затонувшего корабля, но аквалангисты, набравшись терпения, почти шестым чувством угадывали, где покоились перевозимые галеоном предметы. Угроза тайфунов препятствовала проведению работ с июля по декабрь, но уже в течение первый шести месяцев было обнаружено практически всё, что осталось от галеона.
Первые золотые находки стали попадаться ныряльщикам в начале второго сезона работ. Сперва был найден фрагмент золотого блюда ручной работы. На нём была изображена женщина в струящемся платье с вазой с цветами. В левой руке она держала букет роз. Маленькая собачка прыгала у её ног. Цветочный орнамент украшал изделие по краям.