Прежде чем повести своих людей на поиски Эльдорадо, Хименес де Кесада решил вернуться в Санта-Марту и утвердиться на посту губернатора покорённой им страны, которую он назвал Новой Гранадой. Но в феврале 1539 года в горы пришла весть о новой экспедиции, приближавшейся с северо-востока к только что основанной Хименесом столице Новой Гранады — городу Санта-Фе-де-Богота. Её возглавлял немец по имени Николас Федерманн, который действовал по поручению торгового дома «Вельзер» из Аугсбурга. В знак признательности за денежную помощь при выборах императора Священной Римской империи король Испании Карл отдал дому «Вельзер» свою заморскую провинцию Венесуэла. В поисках ещё «свободного» туземного царства Федерманн выступил из прибрежного поселения Коро спустя несколько месяцев после того, как экспедиция Хименеса де Кесада покинула Санта-Марту. Немцу не повезло: два с лишним года он искал проход через горный хребет на плато Кундинамарка, и когда его отряд встретился с Кесадой, он насчитывал лишь 160 измождённых, полумёртвых от голода и почти голых людей.
Кесада встретил нежданных конкурентов насторожённо, но предложил им еду и одежду, потому что надеялся на их помощь во время вторжения в Эльдорадо. Пока он ломал голову, как лучше использовать немцев, пришла весть о приближении с юго-запада ещё одного отряда, возглавляемого Себастьяном де Бельалькасаром, ближайшим помощником Франсиско Писарро.
Бельалькасар шёл по пятам остатков армии инков, отступавших на север. По пути он основал город Кито (ныне столица Эквадора). Ему тоже рассказали о баснословных богатствах, спрятанных во внутренних районах страны. Бельалькасар прибыл в Санта-Фе-де-Богота с отрядом хорошо экипированных и вооружённых всадников и примкнул к экспедиции Кесады. По невероятному совпадению, в каждом из трёх отрядов было по 166 человек. Между их предводителями начался спор о преимущественном праве на предстоящие завоевания. Не достигнув соглашения, все трое отправились в Испанию, чтобы изложить свои претензии королю. Экспедиция в Эльдорадо была отложена на неопределённый срок…
Первым, кто предпринял попытку достать со дна озера Гуатавита лежащие там сокровища, был Эрнан Перес де Кесада, брат завоевателя Новой Гранады. В сухой сезон 1540 года он велел своим людям сделать из тыкв ковши и вычерпать из озера всю воду. За три месяца трудов ему и впрямь удалось понизить уровень воды приблизительно на три с половиной метра и извлечь на свет более трёх тысяч мелких золотых изделий, но добраться до середины озера, где предположительно лежала львиная доля сокровищ, испанцы не сумели.
Сорок лет спустя была предпринята ещё более дерзкая попытка осушить озеро. Некий купец из Боготы нанял несколько тысяч туземцев, чтобы прорыть отводной канал в толще одного из холмов. Когда работа была сделана, уровень воды понизился на 20 метров. На обнажившемся участке дна был найден изумруд размером с яйцо и множество золотых безделушек, но этой добычи не хватило даже на оплату издержек. Позже один искатель сокровищ тоже попытался прорыть туннель, но был вынужден отказаться от этой затеи, когда свод обвалился и почти все его рабочие погибли.
Однако легенда об Эльдорадо оказалась живучей и даже привлекла внимание немецкого естествоиспытателя Александра фон Гумбольдта, посетившего Колумбию в составе научной экспедиции в начале XIX века. Хотя его интерес к сокровищам был чисто теоретическим, Гумбольдт подсчитал, что воды озера Гуатавита, возможно, скрывают золото На сумму 300 миллионов долларов. Учёный исходил из предположения, что за сто лет в обряде приношения даров приняли участие 100 тысяч человек, и каждый из них бросил в озеро хотя бы пять золотых предметов.
Последняя попытка осушить озеро была предпринята в 1912 году, когда британские кладоискатели привезли на его берег громадные насосы. Им удалось откачать почти всю воду, но мягкий ил на дне озера тотчас засасывал всякого, кто отваживался спуститься в котловину. На другой день ил высох и сделался твёрдым, как бетон. Затратив на предприятие 160 тысяч долларов, британцы извлекли из озера золотые украшения на сумму лишь 10 тысяч. А в 1965 году колумбийское правительство объявило озеро Гуатавита национальным историческим заповедником и положило конец всем попыткам добраться до его дна…
В 1541 году, спустя пять лет после начала похода Бельалькасара, Гонсало Писарро, брат покорителя Перу, покинул Кито и тоже пустился на поиски Эльдорадо. Вскоре к Писарро присоединился другой конкистадор, Франсиско де Орельяна. Когда экспедиция преодолела Анды, спутники расстались. Писарро вернулся в Кито, а Орельяна пошёл на восток, спускаясь по широкой реке, которая привела его в конце концов на побережье Атлантики. По пути он набрёл на туземное племя, женщины которого владели луком и стрелами лучше, чем мужчины. Вспоминая древнегреческую легенду о воительницах-амазонках, Орельяна назвал эту реку Амазонкой.