Воспоминания о жизни в Старобрненском монастыре нашли отражение во многих сочинениях Яначека (кантаты «Амарус» и «Вечное Евангелие»; секстет «Юность»; фортепианные циклы «Во мгле», «По заросшей тропе» и др.). Атмосфера древней моравской культуры, осознанная в те годы, воплотилась в одном из шедевров композитора — «Глаголической мессе» (1926).
Здесь, в центре Моравии, в городе Брно, Яначек начинает и свою служебную деятельность по окончании педагогического учебного заведения: он становится учителем, продолжая традиции деда, отца и матери. В 1873–1876 годах Яначек стал хормейстером хорового общества ремесленников «Святоплук». Мечты о дальнейшем музыкальном образовании остаются мечтами на долгие годы. Только в 1878 году ему удается вырваться в мир «большой музыки», в Лейпциг и Вену. До этого он за один год прошел двухлетний курс игры на органе в Пражской школе органистов В воображении он видел себя в Петербурге в классе Антона Рубинштейна. В реальности же он постигает тайны «композиторской кухни» в немецких консерваториях.
Но все же в главном деле своей жизни — творчестве — настоящего большого руководителя у него не было. Все, чего он достиг, было завоевано не благодаря школе и многоопытным советчикам, а совершенно самостоятельно, путем трудных исканий, подчас методом проб и ошибок.
С конца 1870-х годов Яначек руководит Моравским певческим обществом. В 1881 году он создает Органную школу в Брно. Около сорока лет он бессменно руководил ею, воспитывал здесь не только органистов, но и музыкантов более широкого профиля дирижеров, регентов, композиторов. На базе школы Яначека в 1919 году выросла Консерватория, в 1947 году реорганизованная в Академию искусств имени Яначека.
Огромная занятость могла только затруднить процесс творчества, но не убить потребность создавать музыку. Яначек был прирожденным композитором.
Наиболее ранние из известных сочинений датированы концом 1870-х годов: шестичастная Сюита для струнного оркестра, «Идиллия» для того же состава; «Зденкины вариации» для фортепиано, очевидно, связанные, как показывает их название, со Зденкой Шульц, ставшей вскоре женой композитора. В этих сочинениях, как и в хоровой «Осенней песне» на стихи Ярослава Вархлицкого, в «Думке» для скрипки и фортепиано заметны типичные черты композитора-романтика, идущего стезей, проложенной Шубертом, Мендельсоном, Брамсом, но при этом сохраняющего черты национальной самобытности.
Долгие годы композитор трудился и боролся в провинциальной безвестности. Пражская профессиональная среда его долго не признавала, только один Дворжак ценил и любил своего младшего коллегу. В то же время укоренившееся в столице позднеромантическое искусство было чуждо моравскому мастеру, опиравшемуся на народное творчество и на интонации живой звучащей речи. С 1886 года композитор вместе с этнографом Ф. Бартошем каждое лето проводил в фольклорных экспедициях. Он опубликовал множество записей моравских народных песен, создал их концертные обработки, хоровые и сольные. Высшим достижением были симфонические «Лашские танцы» (1889). Одновременно с ними вышел знаменитый сборник народных песен (свыше 2000) с предисловием Яначека «О музыкальной стороне моравских народных песен», ныне считающимся классическим трудом в фольклористике. Его оперные опыты были более трудными.
Сюжет его первой оперы — «Шарка» корнями уходит в народные легенды о чешских девах-воительницах, хранящих обычаи матриархата, унаследованные от княгини Либуше, первой правительницы Чехии. Написанная в традициях романтической оперы, с эмоциональной приподнятостью, обилием хоровых и ансамблевых эпизодов, «Шарка» целиком базируется на мелодической основе чешского фольклора. Увы, с «Шарки» начинается список сочинений Яначка, на десятилетия заточенных в его рабочей комнате.
Следом Яначек написал этнографические балет «Ракош Ракочи» (1890) и оперу «Начало романа» (1891), в которых обильно цитировались народные песни и танцы. Балет даже ставился в Праге во время Этнографической выставки в 1895 году. Эти произведения были временным этапом в творчестве Яначека. Композитор шел по пути создания большого правдивого искусства. Им двигало стремление противопоставить отвлеченности, жизненность, древности — сегодняшний день, выдуманной легендарной обстановке — конкретность народного быта, обобщенным героям-символам — простых людей с горячей человеческой кровью.
Этого удалось достигнуть лишь в третьей опере «Йенуфа» (по драме Г Прейссовой, 1894–1903 годы) «Йенуфа», или «Ее падчерица», — социальная драма. Она написана горячо, в ней страстно обличается зло. Но Прейссова не избежала множества натуралистических деталей в обрисовке быта, в раскрытии душевного мира героев Яначек вторгается в работу Прейссовой и добивается создания выразительного либретто с четкой драматургической структурой.