Для того, чтобы занять вакантную должность в Императорском оперном театре, Малер в феврале 1897 года даже перешел в католичество. После своего дебюта в качестве дирижера Венской оперы в мае 1897 года Малер писал Анне фон Мильденберг в Гамбург: «Вся Вена приняла меня с энтузиазмом… Нет причин сомневаться, что в обозримом будущем я стану директором». Это пророчество сбылось уже 12 октября. Но именно с этого момента отношения между Малером и Анной начали охлаждаться по причинам, которые остаются для нас неясными Известно лишь, что их любовь постепенно угасла, но дружеские связи между ними не нарушились.
Бесспорно, что эра Малера была «блестящей эпохой» Венской оперы Его высшим принципом было сохранение оперы как произведения искусства, и этому принципу было подчинено все, даже от зрителей требовались дисциплина и безоговорочная готовность к сотворчеству.
После успешных концертов в Париже в июне 1900 года Малер удалился в уединенное убежище Майернигге в Каринтии, где тем же летом вчерне завершил Четвертую симфонию. Из всех его симфоний именно эта быстрее всего завоевала симпатии широкой публики. Хотя ее премьера в Мюнхене осенью 1901 года встретила отнюдь не дружественный прием.
Во время новых гастролей в Париже в ноябре 1900 года в одном из салонов он встретил женщину своей жизни — юную Альму Марию Шиндлер, дочь известного художника. Альме исполнилось 22 года, она была само очарование. Неудивительно, что уже через несколько недель после первого знакомства, 28 декабря 1901 года, они объявили об официальной помолвке. А 9 марта 1902 года в церкви Св. Карла в Вене состоялось их торжественное бракосочетание. Медовый месяц они провели в Санкт-Петербурге, где Малер дирижировал в нескольких концертах. Летом поехали в Майернигге, где Малер продолжил работу над Пятой симфонией.
3 ноября появился на свет их первый ребенок — девочка, которая при крещении получила имя Мария Анна, а уже в июне 1903 года родилась их вторая дочь, которую назвали Анна Юс-тина. В Майернигге Альма находилась в спокойном и радостном настроении, чему в немалой степени способствовало недавно обретенное счастье материнства, и ее очень удивило и напугало намерение Малера написать вокальный цикл «Песни о мертвых детях», от которого его не удалось отговорить никакими силами.
Удивительно, как в период с 1900 по 1905 год Малер, будучи руководителем крупнейшего оперного театра и выступая с концертами как дирижер, сумел найти достаточно времени и сил для сочинения Пятой, Шестой и Седьмой симфоний. Альма Малер считала, что Шестая симфония стала «его наиболее личным и в то же время пророческим произведением».
С его могучими симфониями, грозившими взорвать все, что было сделано в этом жанре до него, резко контрастировали завершенные в том же 1905 году «Песни о мертвых детях». Тексты их были написаны Фридрихом Рюккертом после смерти двоих его детей и опубликованы лишь после смерти поэта. Малер выбрал из этого цикла пять стихотворений, которым свойственно наиболее глубоко прочувствованное настроение. Соединив их в единое целое, Малер создал совершенно новое, потрясающее произведение. Чистота и проникновенность музыки Малера в буквальном смысле «облагородили слова и подняли их до высоты искупления». Его жена усматривала в этом сочинении вызов судьбе. Более того, Альма даже считала, что смерть старшей дочери через два года после публикации этих песен явилась наказанием за совершенное кощунство.
Здесь представляется уместным остановиться на отношении Малера к вопросу о предопределенности и возможности предвидения судьбы. Будучи абсолютным детерминистом, он полагал, что «в минуты вдохновения творец в состоянии предвидеть грядущие события повседневности еще в процессе их возникновения». Малер часто «облекал в звуки то, что произошло лишь потом». В своих воспоминаниях Альма дважды указывает на убежденность Малера в том, что в «Песнях о мертвых детях» и Шестой симфонии он написал «музыкальное предсказание» своей жизни. Это утверждает и Пауль Штефаи в биографии Малера: «Малер многократно заявлял, что его произведения — это события, которые произойдут в будущем».