Конец 1890-х годов новые творческие задачи заставляют композитора обратиться к оркестру, которому он и уделяет на время главное внимание. Это был период большого творческого взлета. Он обнаружил таившиеся в его даровании еще не раскрытые великие возможности. Летом 1899 года Скрябин приступил к сочинению Первой симфонии. В основном она была закончена в этом же году. Музыка симфоний захватывает романтической взволнованностью и искренностью переживаний. Вслед за Первой симфонией Скрябин сочинил в 1901 году Вторую, продолжая и развивая круг образов, намеченный в ее предшественнице.
В конце века Скрябин стал членом московского философского общества. Общение в нем, вместе с изучением специальной философской литературы, определило общее направление его воззрений.
Эти настроения привели его к замыслу «Мистерии», ставшей для него отныне главным делом жизни. «Мистерия» представлялась Скрябину как грандиозное произведение, в котором объединятся все виды искусств — музыка, поэзия, танец, архитектура и т. д. Впрочем, это должно было быть, по его идее, не чисто художественное произведение, а совсем особое коллективное «действие», в котором примет участие не более не менее как все человечество! В нем не будет разделения на исполнителей и слушателей-зрителей. Исполнение «Мистерии» должно повлечь за собой какой-то грандиозный мировой переворот.
Замысел поражал своей грандиозностью даже самого автора. Боясь подступиться к нему, он продолжал творить «обычные» музыкальные произведения. Менее чем через год после окончания Второй симфонии Скрябин приступил к сочинению Третьей. Однако сочинение ее протекало сравнительно медленно. Зато в течение нескольких летних месяцев того же 1903 года Скрябин написал в общей сложности более 35 фортепианных произведений, столь велик был переживавшийся им в это время творческий подъем.
В феврале 1904 года Скрябин выехал на несколько лет за границу. Следующие годы Скрябин провел в различных странах Запада — в Швейцарии, Италии, Франции, Бельгии, побывал также с гастролями в Америке. В ноябре 1904 года Скрябин завершает свою Третью симфонию. К этому времени относится важное событие в его личной жизни: он разошелся со своей женой Верой Ивановной. Второй женой Скрябина стала Татьяна Федоровна Шлецер, племянница профессора московской консерватории. Сама Татьяна Федоровна имела музыкальную подготовку, занималась одно время даже композицией (ее знакомство со Скрябиным и завязалось на почве занятий с ним по теории). Но, преклоняясь перед творчеством Скрябина, она пожертвовала ради него всеми личными интересами.
В Париже 29 мая 1905 года состоялось первое исполнение Третьей симфонии — она стала замечательным памятником русской и мировой симфонической музыки начала XX столетия. При ярко выраженном своеобразии в ней отчетливы связи с традициями отечественной и зарубежной музыки. После исполнения Третьей симфонии композитор начал работать над следующим крупнейшим симфоническим произведением — «Поэмой экстаза», именовавшейся им вначале Четвертой симфонией. Приподнятость, яркие эмоции обращают на себя внимание в этой поэме, завершенной композитором написана в 1907 году.
Еще через год у Скрябина зародилась идея следующего крупнейшего оркестрового произведения — поэмы «Прометей». Музыка поэмы была в основном в 1909 году.
Особенности замысла обусловили нестандартные средства для воплощения. Наиболее необычная деталь огромной, доходящей до 45-ти строк партитуры «Прометея» — специальная нотная строчка, помеченная словом «свет». Она предназначена для особого, еще не созданного инструмента — «световой клавиатуры», конструкция которого самому Скрябину представлялась лишь приблизительно. Предполагалось, что каждая клавиша будет соединена с источником света определенной окраски жизни.
Первое исполнение состоялось 15 марта 1911 года. «Прометей» породил, по выражению современников, «ожесточенные споры, экстатический восторг одних, глумление других, большей же частью — непонимание, недоумение». В итоге, однако, успех был огромный: композитора забросали цветами, в течение получаса публика не расходилась, вызывая автора и дирижера.
Мысли Скрябина в последние два года жизни занимало (так и незавершенное вследствие его смерти) новое произведение — «Предварительное действие».
Как показывает его название, оно должно было явиться чем-то вроде «генеральной репетиции» «Мистерии» — ее, так сказать, «облегченным» вариантом. Летом 1914 года вспыхнула Первая мировая война. В этом историческом событии Скрябин увидел, прежде всего, начало процессов, которые должны были приблизить «Мистерию».
Первые месяцы 1915 года Скрябин много концертировал. В феврале состоялись два его выступления в Петрограде, имевшие очень большой успех. В связи с этим был назначен дополнительно третий концерт на 15 апреля. Этому концерту суждено было оказаться последним.