«Скорпиону» предписывалась строго ограниченная глубина погружения, поскольку реконструкция лодки, предпринятая после гибели «Трешера» в апреле 1963 года, еще не была закончена. Считалось, что экипажу «Скорпиона» не грозит никакая опасность, хотя эффективность системы, обеспечивающей всплытие лодки на поверхность, стояла под вопросом, а аварийная система всплытия была признана негодной. Около Неаполя «Скорпион» столкнулся с баржей, но осмотр лодки показал, что она избежала каких-либо повреждений.
Наступило 27 мая, и когда к расчетному времени подводная лодка не прибыла на базу, стало ясно, что с ней что-то произошло. В 7 часов вечера было объявлено, что лодка «запаздывает», однако к этому времени 55 судов и 35 самолетов уже вели поиск «Скорпиона». Они прочесывали полосы шириной в 50 миль по обе стороны от ее предполагаемого курса, ловили радиосигналы и отраженные сигналы гидролокаторов, следили, не появятся ли на воде обломки и масляные пятна, и надеялись, что лодка затонула на участке, где глубина меньше расчетной, поскольку запасы продовольствия и воды, а также наличие очищающего воздух оборудования обеспечивали ее экипажу возможность в течение 70 дней ожидать спасения.
Шло время, а «Скорпион» не возвращался в родной порт и не подавал о себе вестей. Сомнений больше не оставалось — лодка затонула. Сначала тщательному обследованию подвергся относительно неглубокий район атлантического шельфа. Если лодка затонула неповрежденной, а члены ее экипажа живы, то можно попытаться спасти их (что исключалось на более значительных глубинах). Вторым районом поиска стали вершины подводных гор, которые тянутся на протяжении многих миль. Предполагалось, что одна из них расположена ближе к поверхности, чем это указано на картах, и на ней может лежать «Скорпион». Эта полоса была обследована с воздуха на случай, если лодка находится на поверхности, а ее электрические системы вышли из строя в результате какого-то происшествия, может быть, даже столкновения с китом.
Во время поисков «Скорпиона» неподалеку от побережья штата Вирджиния на дне обнаружили подводную лодку почти таких же размеров, что и «Скорпион». Оказалось, что она находится там еще со времен Второй мировой войны. Несколько раз в радиопередачах было зафиксировано слово «Брэндивайн» — кодовое название «Скорпиона», однако проверка показала, что это название вполне законно носят восемь судов. Один из радиолюбителей из Лондона сообщил журналистам, что принял радиограмму с борта «Скорпиона», в которой говорилось о неполадках конденсатора паротурбинной установки. Это сообщение, однако, сразу же опровергло командование ВМС США. Только через девять дней командование ВМС объявило лодку «предположительно погибшей».
Спасательные суда и самолеты были отозваны на свои базы, и в море остались для продолжения поисков только суда «Боудич» и «Мизар», успешно зарекомендовавшие себя при поисках «Трешера» и потерянной у Паломареса водородной бомбы. «Мизар» тянул за собой со скоростью один узел своеобразные сани — сваренную из стальных труб конструкцию, передвигавшуюся на расстоянии 4—9 метров от дна. На санях были установлены соединенные с судном коаксиальным кабелем (длиной более 6 километров) магнитометр, фотокамера специальной конструкции, снабженная объективом с полем зрения 120 градусов и двумя импульсными лампами, а также гидролокатор горизонтального и вертикального обзора.
Тем временем в Вашингтоне начали выявляться весьма неприглядные факты. Один из журналистов написал, что в корпусе «Скорпиона» имелись очень тонкие (волосные) трещины. В гидравлических уплотнениях вокруг корпуса перископа наблюдалось проникновение воды. Такие же протечки отмечались и вокруг гребного вала. Не исключалась также возможность каких-то неисправностей в навигационном оборудовании лодки.
Пресса преподнесла этот факт как сенсацию, но вскоре выяснилось, что репортер, никогда не служивший на подводной лодке, ввел читателей в заблуждение. В действительности сталь, используемая для строительства корпусов подводных лодок, всегда имеет волосные трещины, что является свойством структуры этой марки стали. Подобные трещины затем легко шлифуются без какого-либо вреда для корпуса. Сквозь гидравлические уплотнения всех перископов всегда просачиваются вода и масло, капающие на головы подводников. Протечка вокруг гребного вала — это не просто вполне нормальное явление, она заранее предусмотрена. Каждая вахта в машинном отделении должна следить за тем, чтобы протечка не прекращалась: забортная вода играет роль смазки, предотвращающей заедание быстро вращающегося вала. Что касается неисправностей в работе навигационного оборудования, то образованная вскоре следственная комиссия не смогла получить ни одного данного под присягой показания, которое подтвердило бы, что подобные отказы имели место. Такова действительная ценность этих «неприглядных фактов».