Карамзинская повесть совершила подлинный переворот в литературе и читательском сознании. Одна за другой стали появляться повести, варьирующие сюжет Карамзина. Читатели же восприняли литературный сюжет как историю жизненно достоверную и реальную. После публикации повести окрестности Симонова монастыря, где Карамзин поселил свою героиню, сделались местом паломничества, а пруд, в который бросилась бедная девушка, народная молва окрестила «Лизиным прудом». Как точно заметил В. П. Топоров, «впервые в русской литературе художественная проза создала такой образ подлинной жизни, который воспринимался как более сильный, острый и убедительный, чем сама жизнь».
В 1792 году начались репрессии, направленные против масонов. Новиков был заключен в крепость, а московская масонская ложа была разгромлена. Сам Карамзин, давно разошедшийся с масонами, был все же на подозрении у властей, но это не помешало ему публично защитить Новикова и его друзей. Цензурные условия становились все более жесткими, и Карамзин вынужден был прекратить издание «Московского журнала», обеспечивавшего ему стабильный заработок, – к этому времени писатель живет только за счет своего литературного труда. В 1794–1795 годах он выпускает в Москве два тома литературного альманаха «Аглая», где публикует по преимуществу свои собственные сочинения. Среди них обращают на себя внимание повести «Остров Борнгольм» и «Сьерра-Морена». В них Карамзин вновь выступает принципиальным новатором, вводя в русскую прозу романтику тайн, ужасов ночи, средневековых замков и незаконных страстей.
В царствование Павла I Карамзину пришлось совсем туго. В это время он занимался по преимуществу переводами, знакомя русских писателей с неизвестными для них произведениями зарубежной литературы. В 1797 году при издании сборника переводов «Пантеон иностранной словесности…» Карамзин столкнулся с цензурными препонами. Кроме того, на него поступил ряд доносов, поданных на высочайшее имя. Сложно складывались и обстоятельства личной жизни. В 1801 году Карамзин женится на Елизавете Ивановне Протасовой, но в 1802 году она умирает после родов дочери Софьи. В 1803 году он вступает во второй брак с Екатериной Андреевной Колывановой, сводной сестрой поэта Петра Андреевича Вяземского. Это была замечательная женщина, восхищавшая окружающих редкостной красотой и незаурядными душевными качествами. Екатерина Андреевна дала Карамзину семейное счастье, возможность плодотворно работать в избранной области, как говорил сам писатель, «приняться за такой труд, который мог бы остаться памятником души и сердца…»
В 1802 году Карамзин предпринял издание литературно-политического журнала «Вестник Европы». Это было издание принципиально нового типа – первый русский «толстый» журнал, сочетавший серьезность и разнообразие публикуемого материала с живостью и доступностью его изложения. Сам Карамзин выступил в «Вестнике Европы» публицистом, комментатором политических событий и международным обозревателем. Литературная часть журнала играла не менее важную роль. Здесь были опубликованы последние повести Карамзина, среди которых наиболее значительной является историческая повесть «Марфа Посадница, или Покорение Новгорода» (1803). Для этой повести Карамзин нашел новый стиль повествования, предвосхищающий интонации «Истории Государства Российского».
Карамзин давно замышлял масштабный исторический труд о России. Друг писателя, М. Н. Муравьев, когда-то бывший учителем Александра I, взялся похлопотать о том, чтобы правительство помогло Карамзину в его занятиях историей. В 1803 году царь официально назначил Карамзина историографом и дал ему пенсию. Карамзин передал «Вестник Европы» в другие руки и принялся с рвением за работу. Он читал, изучал, рылся в старинных рукописях. Так началось создание «Истории Государства Российского».
В 1800–1810 годах разгорелась острая полемика между учениками Карамзина – сторонниками его реформ в литературе и языке и членами общества «Беседа любителей русского слова» во главе с А. С. Шишковым, стоящих на позициях классицизма. «Бои на Парнасе» были долгими и упорными, противники обменивались колкими эпиграммами, зло высмеивали друг друга, но Карамзин совершенно устранился от полемики. Впоследствии он лично познакомился с Шишковым и сумел его очаровать. Вообще Карамзин обладал огромным обаянием. Его спокойное достоинство, свободная и умная речь, острый ум покоряли самых разных людей.
В 1816 году Карамзин приехал в Петербург, а через два года появились первые восемь томов «Истории Государства Российского». Успех книги был неслыханным и объяснялся тем, что научная проза историка Карамзина обладала выдающимися художественными достоинствами: все хотели прочесть историю своей страны, изложенную одновременно научно и увлекательно.