Отец Иоанн состоял членом Святейшего синода, был вхож в царский дворец. Священнослужитель причастил перед кончиной императора Александра III и сопровождал его тело из Ливадии в Санкт-Петербург; присутствовал при бракосочетании Николая II и на крещении его первой дочери — великой княжны Ольги Николаевны и т.п. В годы революции 1905 — 1907 гг. Иоанн Кронштадтский был избран почетным членом Союза русского народа.
Иоанн Кронштадтский остался в народной памяти как выдающийся проповедник, на ежедневных литургиях которого, проводимых с необычайным «религиозным дерзновением», присутствовало 5 — 8 тысяч прихожан.
Служение занимало практически все время протоиерея — от подъема в 3 — 4 часа утра и до полуночи. Часто священник обходился вовсе без сна, так как случалось еще исповедовать ночь напролет. Когда исповедующихся было очень много, пастырь с разрешения Святейшего синода проводил общую исповедь, производившую, по воспоминаниям современников, неизгладимое впечатление на прихожан.
Благотворительностью служитель Божий занимался всю свою жизнь. Милосердному служению способствовало само нахождение храма в Кронштадте — месте административной высылки из столицы попрошаек, бродяг и пьяниц. Не улучшали социальный климат и портовые рабочие, ютившиеся в трущобах. Ночью на улицах было лучше не появляться. Но молодого иерея грабители не пугали — он сам снимал с себя последнюю рубашку и сапоги и отдавал нуждавшемуся. Иерей раздавал все свое жалование, приносил больным прихожанам лекарства, еду, приводил врача. «Милосердию о. Иоанна не было предела. Матушка не раз жаловалась церковному руководству о том, что батюшка не приносит деньги домой и нечего есть, а то и босиком домой прейдет (все раздает нищим)». 16 лет священник ежедневно посещал бедных жителей и совершал по их просьбе требы, «часами беседовал, увещевал, утешал, плакал и радовался вместе с несчастными» — «поступок беспрецедентный для приходского духовенства XIX в.».
Придя к выводу, что милостыня делает из нищих социальных паразитов, И. Кронштадтский в 1872 г. призвал обеспеченных граждан столицы раскошелиться на Дом трудолюбия, который мог бы обеспечить работой, заработком и крышей над головой отверженных. Двумя годами позднее священник основал приходское «Попечительство во имя ап. Андрея Первозванного о бедных».
При участии пастыря средства были собраны, и в 1880-х — начале 1890-х гг. построен огромный четырехэтажный Дом трудолюбия с домовой церковью во имя Святого Александра Невского, с трехэтажным каменным ночлежным домом при нем, странноприимным домом, домом милосердия, богадельней для женщин, двумя сиротскими приютами и детским садом. В мастерских (пенькощипательной, картузной, белошвейной и т.д.) ежедневно работали за плату свыше 5 тысяч человек. «Попечительство» выдавало пособия, оказывало помощь на дому деньгами, одеждой и обувью, 3000 стариков выплачивало пенсию. Действовали бесплатные аптека и амбулатория, в которой безвозмездно проводили вакцинацию и дежурили городские врачи, специальная лечебница для женщин. В народной столовой ежедневно отпускалось до 800 обедов. При доме были открыты бесплатные воскресная школа для взрослых, начальная школа для детей и два начальных училища, в которых обучалось около 900 человек; взрослая и детские библиотеки, а также бесплатная народная читальня. Дом трудолюбия содержался исключительно попечением о. Иоанна, расходовавшего на него 40 тысяч рублей в год. За 20 лет существования дома благотворитель внес на его нужды более 700 тысяч рублей.
Помимо социальной благотворительности священник занимался и частной. Утро его начиналось с раздачи милостыни. Годами приученные к порядку нищие (до 1000 ежедневно) строились в шеренги возле его дома и ждали выхода батюшки с помощниками. Сколько он при этом передал денег — знает лишь небесная канцелярия. Известно, что ежегодно он получал только по почте около 1 млн рублей, поступали крупные пожертвования от частных лиц и от организаций — и все это вместе с жалованьем протоиерея шло на раздачу просящим. «Чем больше раздавал, тем больше посылал ему Господь».
«У меня своих денег нет, — признавался о. Иоанн. — Мне жертвуют, и я жертвую. Я даже часто не знаю, кто и откуда прислал мне то или другое пожертвование. Потому и я жертвую туда, где есть нужда и где эти деньги могут принести пользу». Говорили, что «каждый день отец Иоанн ложился без копейки в кармане, несмотря на то что на другой день только для поддержания благотворительных учреждений ему нужно было более 1 тысячи рублей. И не было случая, чтобы этот другой день обманывал его».
Каково же было удивление недоброжелателей и завистников И. Кронштадтского, обвинявших праведника в воровстве пожертвований, когда после его смерти они из посмертной описи имущества и обнародованного завещания узнали, что преставившийся о. Иоанн не стяжал себе ничего!