Вслед за тем инсургенты стали одерживать одну победу за другой. Педро отступил в Тордесильяс; они осадили эту крепость. В разгар войны Альбукерке умер. По общему мнению, он был отравлен врачом-итальянцем, подкупленным Педро. Однако смерть главного вождя коалиции не расстроила её. Инсургенты, руководимые сыновьями Леоноры Гусман, инфантами Энрике и Федериго, продолжали осаду и взяли в плен Гинестросу. Педро увидел, что находится в безнадёжном положении и решился на переговоры с мятежниками. Но когда он приехал в Таро на свидание с вождями заговора, они взяли его под стражу и принудили согласиться на все требования. Братья Марии де Падилья, которых Педро сделал гроссмейстерами калатравским и сантьягским, были казнены. Педро притворился, что раскаивается во всех прежних поступках и так ловко играл свою роль, что ввёл врагов в заблуждение. Условия мира договорились представить на решение кортесов, которые соберутся в Бургосе. Кастильские инфанты и многие другие вожди коалиции, решив, что война кончена, уехали из Торо; там остались только решительные противники короля, а люди умеренные отправились в Бургас. Этот город был столицей Старой Кастилии. Жители его ревниво относились к Новой Кастилии и её столице Толедо. Поэтому на кортесах, собравшихся в Бургосе, мятежники оказались в меньшинстве и верх взяли сторонники короля. Было проведено решение о выделении королю денег на содержание войска. Сторонники Педро навербовали наёмников. Когда всё было готово, король во время охоты бежал из-под стражи и прискакал в Сеговию. Война возобновилась. Энрике и Федериго отступили в Толедо, который стал главным оплотом восставших. Но когда Педро со своей армией подошёл к столице, горожане оробели и впустили его внутрь. Это, впрочем, не спасло город от разгрома. Свирепый король велел казнить 22 человека без всякого суда, а затем отдал Толедо на разграбление своим наёмникам. Сотни христиан и евреев при этом были убиты. Королеву вывели из священного убежища и опять заключили в Алькасар. Отомстив толедцам, Педро пошёл на Торо, куда бежали его братья Энрике и Федериго. Инсургенты оборонялись, насколько хватало сил, но сдались в 1356 году после осады, продолжавшейся почти целый год. Правда, сыновья Леоноры опять ускользнули (Энрике бежал в Ла-Рошель и поступил на службу к французскому королю), но многие их сторонники были схвачены и убиты. Тогда же был захвачен один из сыновей Леоноры де Гусман, инфант Хуан. Педро, воспользовавшись этим, попытался завладеть его женой, славившейся своей красотой. Он послал звать её в Севилью, обещал передать ей мужа. Но она, предчувствуя намерения короля, скрылась в монастыре. Педро не оставил её в покое и там, и, чтобы не сделаться жертвой насилия, она страшно обезобразила себя. Король велел убить дона Хуана и отослал несчастной его труп.
Педро отпраздновал свою победу блестящими турнирами и пирами в Тордесильясе и уехал на юг. Он мирно занимался в Севилье рыбной ловлей, когда арагонский адмирал Перельиос, плывший с десятью галерами в Атлантический океан, захватил у Кадиса два генуэзских купеческих корабля. Педро рассердился на это самоуправство у берегов его государства. Он арестовал всех каталонских купцов, живших в Севилье, конфисковал их товары и потребовал от арагонского короля выдачи Перельиоса. Арагонский король отказал Педро в удовлетворении. Между двумя государствами началась упорная война. На стороне арагонского короля выступили король Наварры и правитель Марокко. К нему же приехал сражаться против своего брата инфант Энрике и другие бежавшие из Кастилии вельможи. Они бились очень отважно и захватили несколько кастильских крепостей. В отместку Педро конфисковал их владения и сурово преследовал их родных. Своего брата, инфанта Федериго, помирившегося с ним, Педро пригласил во дворец и велел забить до смерти палками на своих глазах В 1359 году, после того как в одном из сражений погиб Гинестроса, Педро приказал казнить двоих младших сыновей Леоноры Гусман, которых уже давно держал в заключении. В 1361 году по его приказу была задушена в тюрьме королева Бланка.