Дарий принадлежал к младшей ветви царского рода Ахеменидов и вплоть до 522 года до Р.Х. не имел никаких надежд когда-либо занять персидский трон. Его жизнь резко переменилась после того, как он принял участие в заговоре Отана и пятерых других знатных персов против правившего тогда в Персии царя Бардии. Согласно официальной версии (изложенной в Бехистунской надписи и у греческих историков, в частности у Геродота) Отан заподозрил, что под именем Бардии скрывается самозванец - мидийский маг Гаумата (настоящий Бардия был тайно умерщвлён за несколько лет до этого по приказу его брата Камбиса II). Сговорившись между собой, Отан и шесть его сподвижников проникли во дворец и убили царя (был ли это настоящий Бардия или в самом деле самозванец, теперь уже установить невозможно). Вслед за тем заговорщики стали совещаться между собой о том, кто из них должен занять престол. Наконец они решили поручить выбор воле богов, а именно: чей конь первым заржёт при восходе солнца, когда они выедут за городские ворота, тот и будет царём. Дарий оказался в этом опыте удачливее других - его жеребец первым подал голос, и таким образом, согласно уговору, он стал персидским царём. (Геродот пишет, что своим успехом Дарий был обязан хитрости его конюха - ночью тот свёл у городских ворот жеребца хозяина с одной из кобылиц, которую тот очень любил, когда же на другой день жеребец проходил мимо этого места, он бросился вперёд и громко заржал.)
Едва утвердившись у власти, Дарий должен был подавлять восстания, охватившие многие персидские провинции. Особенно опасным был мятеж в Вавилонии - самом сердце Персидской державы. По свидетельству Бехистунской надписи, там произошло следующее: некий Нидинту-Бел объявил себя сыном последнего вавилонского царя Набонида и стал править под именем Навуходоносора III. Дарий лично возглавил поход против восставших. Первая битва произошла в середине декабря 522 года до Р.Х. у реки Тигр и закончилась победой персов. Через пять дней они одержали новую победу в местности Зазана у Евфрата. Нидинту-Бел бежал в Вавилон, но вскоре был захвачен в плен и казнён (посажен на кол). Умиротворяя страну, Дарий около трёх месяцев прожил в Вавилоне. В феврале 521 года до Р.Х. до него дошла весть о новом восстании в восточных сатрапиях: Персии, Мидии, Эламе, Маргиане, Парфии и Саттагидии. Наиболее массовым было выступление в Маргиане. Подавляя его, сатрап Бактрии Дадаршиш перебил более 50 тысяч человек, а саму страну превратил в пустыню. В то же время в Персии некто Вахьяздата объявил себя царём Бардией и нашёл среди народа широкую поддержку. Дарий должен был рассылать войска во все концы своей державы. В конце февраля 521 года до Р.Х. царская армия под командованием Вивана разбила Вахьяздату в области Гандутава в Арахосии. Но и тогда мятежники не сложили оружия. Потребовалось ещё две битвы (одна произошла в мае у города Раха в Персии, другая - в июле у горы Парга), чтобы окончательно сломить их сопротивление. Вахьяздата попал в плен и был казнён вместе с 52 ближайшими сподвижниками.
В то же время почти вся Мидия оказалась в руках некоего Фравартиша, выступавшего под именем Хшатрату из рода мидийских царей. Этому самозванцу удалось установить свой контроль также над Ассирией, Арменией, Парфией и Гирканией. Дарий отправил против него своего полководца Видарну. В мае произошла ожесточённая битва в местности Кундуруш. В ней пало 35 тысяч мидийцев, и ещё 18 тысяч оказалось в плену. В июне персы схватили и казнили самого Фравартиша. Против мятежников в Парфии и Гиркании вёл борьбу отец царя Виштаспа. Окончательно эти сатрапии были умиротворены только в июне после разгрома основных сил восставших в местности Патиграбана. Много хлопот доставило Дарию восстание в Армении. Местные жители дали персам пять больших сражений, но только в июне 521 года до Р.Х. они были окончательно разбиты у горы Уяма и в местности Аутиара.
Воспользовавшись тем, что главные силы персов оказались отвлечены на окраины империи, в августе 521 года до Р.Х. вновь поднялись вавилоняне. Некто Арахта (по одним свидетельствам армянин, по другим - урарт) выдал себя за царевича Навуходоносора, сына Набонида. Он захватил Вавилон, Сиппар, Борсиппу, Урук и провозгласил себя царём. Дарий послал против него армию во главе с персом Виндафарной. В ноябре 521 года до Р.Х. мятежники были разбиты. Арахта оказался в плену и кончил свою жизнь, как и все другие предводители мятежников, - был посажен на кол. Город Вавилон лишился своих внешних стен, которые были разрушены по приказу царя.