Своей обширной империей Филипп II управлял из небольшого кабинета, а королевские покои были размещены в Эскориале таким образом, чтобы непосредственно из них король мог пройти в церковь. Когда Филипп II был уже стар и немощен, он все равно имел возможность видеть главный алтарь церкви прямо со своего ложа. Королевские покои, примыкающие к восточному приделу церкви, как бы «выпирают» из основной части ансамбля, поэтому их называют «рукоятью» решетки Святого Лаврентия.
На строительство Эскориала шел непрерывный поток золота из Америки, но в 1577 году в строительстве дворца наступил кризис. Молния ударила в юго-западную башню, из-за чего возник пожар, и реки расплавленного свинца потекли по стенам Эскориала.
Наследники Филиппа II предпочитали более пышные и просторные апартаменты и к тому же не горели желанием всегда видеть перед собою главный алтарь. Поэтому они расширили дворец, сделав пристройки к северной стороне церкви. К югу от нее находится двухъярусная галерея крестного хода, окаймляющая внутренний двор — так называемый «Дворик евангелистов», украшенный скульптурными изображениями четырех евангелистов.