К этому времени относится ряд притеснений и обид, нанесенных Яблочинской обители со стороны католиков, от которых монастырь не раз спасало русское правительство. Так, в 1724 г. униаты не раз врывались в монастырь и перевенчивали благочестивых христиан, чтобы показать народу, что благословление брака православными священниками не имеет никакого значения. Когда уния восторжествовала над православием, Константин Мазановский (приходской священник из соседнего местечка Славатич) даже расставлял по дорогам своих людей, чтобы те не пропускали верующих в Яблочинский монастырь; отбирал у них свечи, которые те несли в храм Божий. Через дорогу, как раз напротив монастыря, он выстроил часовню и совершал в ней литургию 12 июня – в день храмового монастырского праздника, а порой останавливал идущих в Яблочинский монастырь людей и с проклятиями загонял их в свою часовню. При этом богохульно кричал, что чудотворная икона с образом святого Онуфрия из-за худой веры монастырской братии перешла в эту часовню и нечего православным людям ходить на богослужения в монастырь. В во время богослужений в своей Славатичской церкви он сам проклинал монастырь и прихожан призывал делать то же самое. К тому же воинственная шляхта самовольно отбирала и переменяла монастырские земли, запрещала крестьянам ходить в обитель на богослужения. А чтобы совсем отвлечь их от православия, построила для них в селе Яблочина приходскую церковь, определила в нее священника-униата и многих прихожан увлекла в унию.
В 1753 г. на монастырь напали униаты из соседнего города Бялы, в результате чего, как говорилось выше, было похищено много церковных и монастырских документов. Когда же игумен стал просить, чтобы возвратили похищенное, они стали ругать и даже избили его, при этом хулили православие самыми дерзкими словами: «Какое у вас священство и какие таинства совершаются? Вы – схизматики, горше жидов, турков и всякого рода поганов. Патриархи ваши – не патриархи, также и митрополит ваш Киевский – неправильный митрополит, но псевдомитрополит, понеже не у святейшего папы чин получил».
От конечного разорения и уничтожения Яблочинский монастырь спасло русское правительство, которое со времен Петра I имело мильное влияние на дела Польши. Российским дипломатам в Польше постоянно напоминали, чтобы те защищали православных, а в случае нарушения их прав и вольностей требовали у польского правительства удовлетворения за обиды. Так, Екатерина II в сентябре 1763 г. послала рескрипт Гроссу, своему посланнику в Польше, в котором говорилось: «Касательно Брестского и Яблочинского монастырей рачительнейше употребите старания исходатайствовать в приключенных в тех обителях игуменам наглостях удовлетворение. И чтобы впредь оным монастырям притеснений отнюдь не было». К тому же и русские войска, стоявшие в Варшаве для охраны короля Станислава-Августа Понятовского, были одновременно грозой и для тех, кто преследовал христиан.
После третьего раздела Польши в 1795 г. Яблочинский монастырь вместе с Люблинским воеводством, в пределах которого он находился, отошел к Австрии и по распоряжению австрийского правительства был подчинен Буковинскому епископу, но с условием, что миро он будет получать от Минского православного епископа.
После восстановления Польши императором Александром I в 1835 г. на вновь открывшуюся Варшавскую кафедру был назначен епископ Антоний, который сразу же стал ходатайствовать о возвращении Яблочинской обители несправедливо отнятых у нее имений. В своем донесении Святейшему Синоду он писал, что возвращение угодий дало бы возможность устроить «училище для греко-униатского юношества, которое с явным уклонений от преданий и уставов восточной церкви и несогласно с духом истинной веротерпимости, а следовательно, и вопреки благотворным целям русского правительства, воспитывается доселе в светских польских училищах и слушает уроки по Закону Божию у римско-католического духовенства».
В 1838 г. император Николай I повелел не только возвратить монастырю угодья, но и оставить 8000 польских злотых аренды, назначенной ему в прежние годы взамен угодий, чтобы при монастыре немедленно было бы учреждено училище. Но к этому времени монастырские здания состояли уже только из ветхих деревянных строений, да и те частью уже были разобраны, т. к. на их месте предполагалось построить новые каменные.
Но Святейший Синод предписал «немедленно учредить училище для такого числа учеников, сколько то возможно по настоящему положению монастырских строений, и положить начальственное попечение, чтобы благое начало сего заведения привлекло к себе желающих и во всем способствовало бы предназначаемой благой цели оного».
В ноябре того же года епископ Антоний нашел в обители маломальски подходящую комнату и приказал поместить «четырех мальчиков, детей соседских поселян-униатов, которые… изъявили охоту обучаться в монастыре чтению, письму и арифметике». Училище было открыто 6 декабря, при открытии в нем было три ученика.