Вторым благодетелем Лавры, после императора Никифора Фоки, был его преемник Иоанн Цимисхий. Он тоже дал много средств, укрепил обитель высокими стенами и крепкими башнями. А между тем изза нововведений на Святой горе другие старцы вознегодовали на святого Афанасия, увидев в нем разорителя древних уставов пустынного и безмолвного жития. Недовольные старцы послали в Константинополь просить императора Иоанна Цимисхия удалить с Горы святого Афанасия и разрушить все здания его обители. Для решения спора император вызвал к себе святого Афанасия и после многих бесед убедился в личных его достоинствах. Он послал на Святую гору игумена Студийского монастыря, чтобы тот примирил всех, что и произошло на чрезвычайном собрании настоятелей всех афонских монастырей. С согласия успокоившихся старцев и по просьбе императора, был написан новый устав для будущего руководства всего Афона, его киновий и отдельно живущих отшельников.
С тех пор, с 972 г., лавра святого Афанасия стала процветать. А сам он так прославился благочестием и даром чудотворения, что к нему спешили не только простые иноки. Многие вельможи, покидая мирское величие свое и знатность свою, стекались на Афонскую гору искать душевный покой и отраду. Даже настоятели монастырей оставляли свои обители и поступали под руководство святого Афанасия.
Во время крестовых походов Великая лавра сильно пострадала от рыцарей, которые грабили побережье Средиземного и Архипелажского морей. В царствование императора Михаила Палеолога обитель Афанасия Афонского приняла унию, и гром небесный поразил ее. Монастырь был разрушен, и хоть не совсем запустел, но пришел в бедственное состояние, особенно после падения Константинополя в 1453 г. Такое положение сохранялось в Великой лавре почти до XVII в., а потом щедротами господарей Валахии она опять пришла в прежнее цветущее состояние.
Великая лавра представляет собой как бы небольшой городок с улицами, тротуарами, фонтанами и прекрасными кипарисами. Особенно красуются среди монастырского двора два кипариса-великана, которые по преданию посажены самим святым Афанасием, так что теперь им более 1100 лет. Великая Лавра была богаче других афонских обителей: она владела обширными земельными участками, а также многими метохами внутри полуострова. Она считается главной обителью Святого Афона и превосходит остальные в церковном устройстве и управлении. Кроме больницы и дома для престарелых, в ней были еще и архондарики (комнаты для гостей), в которых паломники всех званий и состояний жили 3 дня за счет монастыря.
Вне Лавры во все стороны простираются ее владения: множество пустыннических келий с малыми церквами при них и уединенных келий. На монастырской земле стоят два скиты – святой Анны и Кавсакалива, во владениях этого монастыря находится и сама Святая гора Афон.
Относится к Великой лавре и замечательное место Каруля – самая безмолвнейшая пустынь на Святой горе. Она расположена на отвесной прибрежной скале (на высоте около 300 м над уровнем моря) на южной стороне Афонской горы. На скале устроена церковь в честь великомученика Георгия Победоносца, при которой есть несколько келий. Путь к этой пустыне не только труден, но и опасен; чтобы добраться до этого места, в некоторых местах надо уцепиться за камень и даже повисеть над бездной. Около 80 метров приходится спускаться по веревке, цепляясь ногами за обрывистую каменистую стену. Здесь подвизаются самые строгие отшельники, достигшие последней степени самоотвержения. Продовольствие они получали из монастырей, но в основном его поставляли проходившие мимо Святой горы христианские корабли и рыбацкие лодки, для чего каждый иноки день спускали со скалы корзину.
Соборный храм, посвященный вначале Благовещению Пресвятой Богородицы (а ныне в честь основателя обители), возведен из дикого камня и увенчан тремя главами. В храм ведет внешний притвор, украшенный мраморными колоннами; прежде на хорах притвора находились келейная церковь святого Афанасия, его библиотека и сама келья, в которой можно увидеть на мраморе глубокие следы от его коленопреклонений. Потом следует внутренний притвор между двумя приделами, тоже украшенными мраморными колоннами. В одном из приделов, около стены, находится мраморная гробница святого Афанасия, мученически погибшего под развалинами при возведении нового храма. На гробнице лежит покров с вышитым ликом его, рядом стоят два железных посоха – пастырский и тот, который он брал в путешествия.
В Великой лавре хранится много святынь и реликвий, и одна из них – икона Божией Матери, именуемая Кукузелиса. Названа она по имени Иоанна Кукузела, которого любили при дворе императора Алексея Комнена за красоту и замечательный голос. Сам же он тяготился мирской жизнью и поэтому решил уйти в монастырь. И сделал это после того, как его пленил рассказами о Святой горе приехавший в Константинополь игумен Великой лавры. Тайно от императора Иоанн Кукузел ушел на Афон в Лавру, но в изодранных лохмотьях он не был узнан игуменом, который видел его при дворе в роскошных одеждах.