Здоровье моряков несколько восстановилось, но число матросов, способных продолжать плавание, оказалось настолько незначительным, что пришлось примириться с необходимостью отправить «Натуралиста» во Францию, предварительно забрав с него самых крепких людей. «Натуралиста» заменила шхуна «Казуарина», водоизмещением в тридцать тонн, командование которой было поручено Луи де Фрейсине. Маленькие размеры судна и неглубокая осадка делали его чрезвычайно ценным для плавания вдоль побережья.
Кроме подробного отчета о ходе экспедиции и о результатах всякого рода исследований, проведенных в течение двух кампаний, с «Натуралистом» отправили, по словам Перона, «более сорока тысяч чучел животных, собранных за истекшие два года в разных местах. Тридцать три больших ящика были заполнены этой коллекцией, самой многочисленной и богатой из всех, когда-либо привозившихся в Европу путешественниками; частично размещенная в доме, который я занимал вместе с Бельфеном, она вызывала восхищение всех образованных англичан, в особенности знаменитого естествоиспытателя Патерсона».
18 ноября 1802 года «Географ» и «Казуарина» покинули Порт-Джексон. Во время новой кампании мореплаватели открыли и исследовали остров Кинг, острова Хантер и северо-западную часть Тасмании, завершив, таким образом, съемку берегов этого большого острова. Затем с 27 декабря до 15 февраля 1803 года капитан Боден производил у юго-западного побережья Австралии съемку острова Кенгуру и двух расположенных против него заливов.
Гидрографы, отправившиеся на «Казуарине» для исследования залива Спенсер и отделяющего его от залива Сент-Винсент полуострова Йорк, проделали работу самым тщательным образом и установили, что ни одна большая река не впадает там в море.
Однако им пришлось сократить программу исследования бухты Линкольн, так как истекал срок, назначенный для возвращения на остров Кенгуру. Не сомневаясь, что в случае опоздания их не будут ждать, они все же немного задержались, и, когда достигли 1 февраля места встречи, «Географ» уже ушел, не побеспокоившись о «Казуарине», хотя на ней оставалось очень мало продовольствия.
Боден один продолжал исследование берега и картографирование архипелага Сент-Франсис — очень важную работу, так как со времени открытия этих островов в 1627 году Петером Нейтсом ни один мореплаватель не уделял им достаточного внимания.
Правда, Флиндерс незадолго до Бодена тоже составил карту тех мест, но тот ничего не знал о его плавании и считал себя первым европейцем, посетившим эти края со времени их открытия.
Когда 6 февраля «Географ» вошел в бухту Кинг-Джордж, он застал там «Казуарину», получившую такие повреждения, что ее пришлось вытащить на берег.
Открытая в 1791 году Ванкувером бухта Кинг-Джордж имеет очень большое значение, так как на всем протяжении берега, равном, по меньшей мере, расстоянию от Парижа до Петербурга, она представляла собой единственное известное в Австралии место, где во всякое время года можно было раздобыть пресную воду.
После двенадцатидневной стоянки в бухте Кинг-Джордж мореплаватели пустились в дальнейший путь. Они уточнили и дополнили карты д'Антркасто и Ванкувера, относящиеся к землям Луин, Эделс и Эндрахт (Западная Австралия). Оттуда Боден направился к земле Уитт (северная Австралия), очень мало изученной к тому времени, когда он впервые ее посетил. Он надеялся, что ему больше повезет, чем его предшественникам, постоянно наталкивавшимся на препятствия при приближении к этим берегам, но мели, подводные скалы и песчаные банки делали плавание там очень опасным.
Вскоре к перечисленным преградам прибавился еще странный оптический обман — мираж. Дело доходило до того, что, «когда „Географ“ шел на расстоянии больше лье от бурунов, казалось, будто он со всех сторон ими окружен, и на борту „Казуарины“ никто не сомневался в его неминуемой гибели. Иллюзию разрушала лишь полная ее неправдоподобность».
3 мая «Географ», сопровождаемый «Казуариной», вторично бросил якорь в гавани Купанг на Тиморе. Ровно через месяц, пополнив запасы, капитан Боден покинул Тимор и взял курс сначала на землю Уитт, где надеялся встретить ветер с суши и спокойное море, которые дали бы ему возможность продвинуться на запад, а затем к острову Маврикий. Там он умер 16 сентября 1803 года.
23 марта 1804 года «Географ» вошел на рейд Лориана, а через три дня приступил к выгрузке доставленных научных коллекций.