К лучшим достижениям артиста принадлежала интерпретация произведений Чайковского, в том числе пьесы Pezzo capnc-cioso, посвященной композитором Брандукову.
Петр Ильич неоднократно участвовал в организации концертов виолончелиста в Москве и Петербурге. Он высоко ценил человеческие и художественные достоинства своего молодого друга и видел в нем кандидата на замещение вакантной должности профессора Московской консерватории по классу виолончели.
В 1890 году он написал из Флоренции письмо в дирекцию Московского отделения Русского музыкального общества: «Я совершенно убежден, что никого другого, кроме Брандукова, пригласить нельзя… Брандуков превосходный виолончелист, ученик нашей консерватории, человек работящий, хороший музыкант, а главное — давно мечтающий, несмотря на свои парижские триумфы, переселиться в Москву и служить в консерватории. Я даже положительно обещал ему профессуру эту в случае ухода Фитценгагена, зная, что С.И. Танеев весьма этому выбору посочувствует».
Однако руководители московской музыкальной жизни, и в первую очередь тогдашний директор консерватории В. Сафонов не прислушались к рекомендациям великого композитора. Это тем более странно, что к началу 1890-х годов Брандуков был уже заметной музыкальной фигурой.
Репертуар Брандукова включал произведения многих композиторов разных стран, однако на протяжении всего своего творческого пути он оставался пропагандистом русской музыки. Его кумиром всегда оставался Чайковский. Помимо виолончельных произведений он неоднократно принимал участие в исполнении трио «Памяти великого художника». Он с увлечением играл сочинения К. Давыдова и А. Рубинштейна, причем его партнерами бывали сами авторы. Он был прекрасным интерпретатором виолончельных пьес Глазунова. Особенно тесные творческие узы связывали его с Рахманиновым. В 1892 году Брандуков стал участником первого самостоятельного концерта молодого композитора и пианиста, а позднее вместе с автором и скрипачом Ю. Конюсом представил слушателям Элегическое трио. Брандукову посвящена рахманиновская Соната для виолончели и фортепиано.
Долгие годы Брандукову приходилось работать за рубежом. Наконец, он получил возможность применить свои силы и опыт в России — в 1906 году ему была доверена должность директора и профессора Музыкально-драматического училища Московского филармонического общества. Под его руководством это учебное заведение добилось значительных успехов, здесь было воспитано немало талантливых мастеров отечественного искусства. Один из них, А.В. Свешников, вспоминал позднее: «Мы, ученики, горячо любили своего директора, несмотря на его несколько неровный и подчас вспыльчивый характер. В Брандукове нас привлекал его огромный художественный авторитет, исключительная чуткость и отсутствие всякого формализма по отношению к нам, учащимся. Он обладал поразительной способностью как-то сразу выявлять степень и характер музыкальной одаренности ученика, что особенно проявлялось во время приемных испытаний».
Писательница P.M. Хин-Гольдовская так описывает в своих дневниках далеко не легкую московскую жизнь музыканта. Многолетней неофициальной женой Брандукова была Надежда Митрофановна Мазурина, «красавица, богачка, музыкантша». У них был сын Саша, «ребенок, которого они обожают». Несмотря на богатство Мазуриной, Брандуков оставался вечно нуждающимся, бедняком. Говоря о нем, как о «талантливейшем виолончелисте», Гольдовская добавляет, что он был очень добрым и в личной жизни слабохарактерным человеком, которого Мазурина нещадно третировала и «держала в ежовых рукавицах».
В годы Первой мировой войны музыкант часто выступал на благотворительных концертах в пользу раненых воинов. После революции 1917 года Брандуков входит в состав директории Большого театра, организует здесь симфонические, камерные вечера, выступает в концертных залах и клубах перед демократической аудиторией.
И его игра по-прежнему находила горячий отклик у слушателей. Г.Г. Нейгауз, один из его партнеров по выступлениям тех лет, говорил: «В Брандукове поражала исключительная артистичность, подкупающая искренность и художественность фразировки, творческая свобода и горячая эмоциональность в соединении с высокоразвитым чувством стиля. Особенно привлекал его благородный, мощный и предельно выразительный звук. Ярко запомнились наши репетиции к сонатным вечерам. Страстность и подлинное творческое горение, настойчивое искание правды выражения, беспокойное, подчас нервное настроение, ни тени ремесла и „академичности“, — таков был Брандуков в процессе работы. Ему в большой мере было свойственно „ощущение целого“. В сонатах он не „играл партию“, а органично участвовал в ансамбле, живо чувствуя художественное произведение в целом».
Столь же высоко ценили поющую виолончель Брандукова и другие выдающиеся артисты.
А в ансамбле с ним выступали Л. Собинов, А. Нежданова, А. Гольденвейзер, Ф. Шаляпин.