В 1932 году в предисловии к собранию собственных сочинений он сообщил, что для него наступает время «второго плавания» — отныне он намерен писать не только блестящие эссе, но и строго логичные трактаты, фундаментальные исследования. Однако написать задуманный трактат «Заря жизненного разума» ему не удалось, как не удалось завершить самое «техническое» свое исследование — «Идея принципа у Лейбница и эволюция дедуктивной теории». Лишь на треть, если судить по сохранившемуся плану, была написана главная работа по социологии — «Человек и люди». Помешали политические события, прервавшие труды за письменным столом и в университетской аудитории.
Ортега не был философом «не от мира сего», два тома собрания его сочинений представляют собой политическую публицистику. Некоторые его статьи имели необычайно широкий резонанс: например, статьи против военной диктатуры и монархии в 1929–1930 годах. Когда начался франкистский мятеж, Ортега, несмотря на антипатию к тогдашнему правительству, высказался в защиту законной власти, но затем, увидев воочию правый и левый террор в стране, он уехал из Испании. Начинаются годы странствий: Франция, Голландия, Аргентина, Португалия, наконец, в 1945-м Ортега возвращается на родину. Что его здесь ожидало?
Всякая гражданская война ужасна, итог испанской — миллион убитых, почти миллион эмигрантов, сотни тысяч заключенных в тюрьмы, искалеченных. Война оставила свой след и в семье Ортеги — один его сын был республиканцем и эмигрировал, другой воевал как фалангист. Почти все ученики покинули страну. Вместе с оставшимся X. Мариасом Ортега основывает в 1948 году Институт гуманитарных наук, где читает курсы по философии истории А. Тойнби, цикл лекций «Человек и люди». В Испании он жил во «внутренней эмиграции», не сказав ни единого слова в поддержку режима, но воздерживаясь и от открытой критики. Несмотря на то что всю свою сознательную жизнь Ортега не был практикующим христианином, перед смертью (19 октября 1955) он исповедался и причастился.
Трудно сказать, было ли это искренним обращением к Богу на смертном одре, или же исполнением социальных конвенций во благо семьи, а равно своих книг, которые иначе сразу же попали бы в папский индекс и сделались бы недоступными для испанского читателя. Попытка включить его книги в папский индекс все же была предпринята — сразу после смерти началась кампания в официальных средствах массовой информации, формулировки «вульгаризатор-европеист», «космополит», «развратитель юношества», «пьяная философия» и им подобные не сходили с уст «обличителей». Из философов особо отличился неотомист Сантьяго Рамирес, написавший за три года пять томов против Ортеги и его учеников.
Причины этой кампании вполне понятны: в 1950-е годы учение Ортеги пользовалось колоссальным авторитетом у читающей молодежи, его книги были чуть ли не единственным источником философского инакомыслия, свободной мысли как таковой. Философские произведения другого крупнейшего испанского мыслителя, Унамуно, оказались включенными в индекс; с трудами Ортеги этого все же не произошло — началась «либерализация» франкистского режима, после Ватиканского собора уменьшилось давление со стороны церкви.
Всякая философская система содержит в себе, как стержень, какое-то интуитивное видение целого, из коего затем выводятся части, существует иерархия проблем — одни из них имеют первостепенную важность, другие философу неинтересны. Ортега неплохо знал современную физику и биологию, писал о философских проблемах логики и математики, но все эти вопросы имели для него подчиненное значение. В центре его философии находится погруженный в историческое становление человек, «радикальной реальностью» для него является человеческая жизнь, а предложенная им теория «жизненного разума» (рациовитализм) призвана дать ориентиры современному человеку, обнаружившему себя в условиях кризиса европейской культуры.
В своих первых социологических работах «Дегуманизация искусства» (1925) и «Восстание масс» (1929) он утверждал, что культура и цивилизация внутренне противоположны демократии. Современный век уникален в своем отвержении понятия элитарного общества. Вместо послушного получения ценностей, моделей и целей от аристократии, «суперчеловека» «массовый человек» в настоящее время позволяет навязывать себе конформизм, терпимость и невоспитанность как ведущие социальные принципы.