Заняв ректорскую должность, Хайдеггер должен предпринимать шаги, которых нацистская партия ожидает от него как партайгеноссе, получившего ее поддержку. На первый план выдвигается так называемый еврейский вопрос. Среди друзей, учителей, коллег и студентов Хайдеггера есть евреи. Хайдеггер, завязывая сотрудничество с нацистами, не может не знать, что их идеология густо замешана на расизме и антисемитизме. Есть свидетельства неприятия Хайдеггером биологически обосновываемого расизма. Во всяком случае, если Хайдеггер поначалу и задумал уклониться от действий, диктуемых национализмом и антисемитизмом официальной гитлеровской политики, то ему предстоит убедиться, сколь непросто реализовать такой замысел. Он старается держаться в стороне.
В 1933–1934 годы проясняют многое из того, что прежде могло казаться непонятным. Если Хайдеггер и питает надежды на какую-то самостоятельность в проведении университетской реформы, на свое формирующее философское влияние, то очень скоро надежды его рушатся. Его соперники делают все, чтобы помешать звезде Хайдегерра взойти на небосклоне официальной нацистской идеологии. Борьба нацистов за власть в философии помогает Хайдеггеру, который уже тяготится зависимостью от национал-социалистической политики, уйти в тень. Это спасает мыслителя. Правда, Хайдеггер остается в нацистской партии, до 1945 года продолжая платить членские взносы. Однако в те времена выйти из партии означало расстаться с жизнью.
Время ректорства — национал-социалистическая суета и почти никакой философской работы. А вот после, с 1935 по 1945 год, философствование возобновляется и продолжается. Нет ничего удивительного в том, что главное внимание Хайдеггера привлечено к истории философской мысли, к истории культуры.
Фрейбург, 25 апреля 1945 года. Остается две недели до конца Второй мировой войны. Французские оккупационные войска размещаются в старинном университетском городке. Дело Хайдеггера поручается специальной комиссии, в которую входят профессора, только что освобожденные из нацистских тюрем, куда они некогда попали за «политические преступления», то есть за какие-то формы протеста против гитлеризма. Комиссия по существу соглашается с той предложенной философом версией, что после 1934 года его отношения с нацистами фактически прервались. Тем не менее комиссия делает заключение.
«Несмотря на более позднее отчуждение, нет никакого сомнения в том, что Хайдеггер в судьбоносном 1933 году сознательно поставил на службу национал-социалистической революции великий блеск своего имени и свое специфическое ораторское искусство — и тем самым способствовал оправданию этой революции в глазах немецкой образованной публики»
Решением комиссии Хайдеггер отстранен от преподавательской деятельности во Фрейбурге, ему временно запрещено преподавать где бы то ни было в Германии. Самому Хайдеггеру и некоторым его почитателям решение комиссии представится очень жестким, а расследование (как напишет Хайдеггер в одном из писем 1945 года) — «инквизиторским».
Ханна Арендт прославилась на весь мир как критик «тоталитарного общества» и безусловный защитник либерализма. Между тем она была любовницей и верной ученицей Хайдеггера. Когда его в послевоенные годы обвиняли в сотрудничестве с режимом, она выступила в защиту своего бывшего возлюбленного.
После войны Мартин Хайдеггер переживает несколько тяжелых для него лет Это период отчуждения и недоверия. Опорой, как всегда, остается семья. И, конечно, «общение» с теми и с тем, от кого и от чего не могут оторвать философа ничьи решения, — с великими мыслителями прошлого, с великими произведениями, идеями и образами человеческой культуры.
Духовным убежищем для него становится история философии, история культуры. К концу 1940-х — началу 1950-х годов круг отчуждения постепенно разрывается. Некоторые бывшие коллеги и друзья, так и не дождавшиеся раскаяния от Хайдеггера, но полагающие, что он достаточно наказан отлучением от университета, один за другим восстанавливают контакты с философом С Хайдеггером, чья философская слава в годы забвения не уменьшается, а растет, начинают общаться новые поколения философов, поэтов, художников.
К сентябрю 1949 года, к 60-летию философа, незлопамятная общественность вполне созревает для того, чтобы возвратить Хайдеггера к свету культурно-исторической рампы. Инициатива первоначально исходит от таких почтенных мыслителей, как Г. Гадамер, который несмотря на немалые трудности, организовывает публикацию книги, посвященной юбилею Хайдеггера. Философский факультет Фрейбургского университета снова и снова ставит перед университетским сенатом вопрос о возвращении Хайдеггера в альма матер. Положение деликатное ведь существует решение сената от 1945 года, налагающее запрет на педагогическую деятельность профессора. К тому же членам сената, в основном представителям естественнонаучного знания, не совсем ясен вопрос о значении Хайдеггера как мыслителя. Вопрос адресован факультету, который дает на него совершенно недвусмысленный ответ.