По своим высоким нравственным качествам, по обширной и многосторонней учености, широко известной во всем образованном мире, митрополит Московский и Коломенский Макарий (1816–1882) был выдающимся деятелем Русской Православной Церкви. Историк, автор фундаментального 12-томного труда «История русской церкви», он начал свое обучение в Курской духовной семинарии. Здесь он изучал богословские и философские, исторические и физико-математические науки, а также словесность; изучил еврейский, греческий, латинский и французский языки. По окончании семинарии Макарий поступает в Киевскую духовную академию, за время учебы в которой во всем блеске проявились его богатые дарования. Здесь ученое призвание молодого студента получило определенное направление, и Макарий целиком посвятил себя изучению богословия и пастырского проповеднического красноречия. Чтобы всецело посвятить себя наукам, еще во время учебы в академии он изъявил желание постричься в монахи.
Крупный деятель богословия, он всячески содействовал развитию не только этой науки, но и наукам вообще. Еще в бытность свою архиепископом Харьковским, Макарий пожелал все свои деньги, накопленные бережливостью и учеными трудами, хранить в неприкосновенности до тех пор, пока из них не составится значительная сумма. Затем положить эту сумму в банк, чтобы на проценты с нее были учреждены ежегодные премии для поощрения отечественных талантов, посвятивших себя делу науки.
Когда многолетними учеными трудами высокопреосвященный митрополит Макарий составил капитал в 120 000 рублей, он в 1867 году обратился к графу Д.А. Толстому (обер-прокурору Святейшего Синода) с просьбой передать эти деньги в Государственное казначейство для учреждения (после смерти) премии его имени, которые вручались бы талантливым исследователям. Причем за достойнейшие сочинения не только по наукам богословским, но и по предметам светским. Сначала, по истечении года, проценты с капитала должны были поступать в распоряжение Святейшего Синода Русской Православной Церкви, чтобы премия вручалась за труды духовного содержания. На следующий год средства поступали бы в распоряжение Российской Императорской академии наук – для вручения их за научные сочинения.
Академией наук патриотическое намерение митрополита Макария было встречено с глубокой признательностью, так как занятия наукой в значительной степени всегда нуждаются в поддержке. По соглашению с преподобным митрополитом Макарием Академия наук составила проект основных положений о премиях его имени за труды по светским наукам. Проект этот 8 мая 1867 года был утвержден императором Александром II.
В 1869 году по случаю юбилея Киевской духовной академии высокопреосвященный Макарий пожертвовал в пользу академии 25 000 рублей, чтобы ежегодные проценты с этого капитала (1375 рублей) вручались студентам за лучшие сочинения духовного характера. В том же году были учреждены премии по 1000 рублей за лучшие учебные пособия по предметам семинарского и духовного образования, которые присуждались учебным комитетом при Святейшем Синоде. Кроме того, были сделаны еще два пожертвования (по 2000 рублей каждое): одно – в пользу Литовской духовной семинарии для учреждения стипендии «для одного из бедных, но достойнейших воспитанников», другое – в пользу Общества вспомоществования бедным студентам Санкт-Петербургской духовной академии.
После кончины митрополита Макария, когда настало время осуществить его святую волю, основные положения о премиях имени митрополита Макария были еще раз тщательно проработаны и окончательно оформлены правилами, составленными Академией наук и утвержденными министром народного просвещения 14 июня 1883 года. На основании этих правил в одном конкурсе присуждались две полные и три неполные премии: полная премия составляла 1500 рублей, неполная – 1000 рублей.
На конкурс допускались сочинения по всем отраслям наук и знаний, но премий удостаивались только самостоятельные труды, которые могли бы внести в науку новые наблюдения, факты и воззрения и тем самым существенно обогатить ее. Премии (полные и неполные) могли назначаться не только за законченное произведение, но и за один или несколько томов многотомного сочинения, если они составляли цельное исследование. Соискатели могли представить сочинения как печатные, так и рукописные. Но если премия присуждалась сочинению рукописному, она выдавалась автору только после того, как труд его будет опубликован.
Присуждение премий имени митрополита Макария Академией наук происходило по нечетным годам, начиная с 1885. В эти годы день рождения митрополита Макария – 19 сентября – праздновался особенно торжественным собранием, на котором до всеобщего сведения доводились результаты присуждения премий.