Спарта полагалась на свое превосходство на суше: ее гоплиты были наиболее многочисленными и профессионально подготовленными. Афины же безраздельно господствовали на море, имея флот в 300 триер, построенный благодаря настояниям Перикла. Афинские моряки были прекрасно подготовлены, поскольку в мирное время он ввел постоянные военно-морские маневры, которые продолжались до 8 месяцев в году. Перикл надеялся блокадой вынудить Пелопоннесский союз капитулировать, истощив его силы к сопротивлению. Афиняне рассчитывали, что мощные укрепления города позволят отразить вторжение в Аттику спартанской армии. Сухопутная армия Афин при Перикле состояла из 29 тысяч тяжеловооруженных пехотинцев – гоплитов, 1 тысячи тяжеловооруженных всадников, 1600 легковооруженных пехотинцев – стрелков из лука и 200 конных лучников. Спартанцы располагали более значительными сухопутными силами, к тому же лучше подготовленными – около 60 тысяч гоплитов, поэтому на суше Перикл предполагал придерживаться оборонительного способа действий.
Боевые действия начались с того, что фиванцы атаковали союзный с Афинами город Платеи. Нападение не удалось. Многие фиванцы были убиты, а попавшие в плен – казнены. Тогда спартанские войска во главе с царем Архидамом вторглись на землю Аттики. В результате в 431 году до н. э. Афины были впервые осаждены спартанцами и их союзниками. Перикл распорядился, чтобы сельское население укрылось за «длинными стенами», укреплениями длиной в 40 километров, прикрывавшими территорию между Афинами и Пирейской гаванью. Это было одно из главных детищ Перикла. Спартанцы опустошили окрестности города, но на осаду не решились. Граждане, чьи сады вырубили и чей скот угнали спартанские воины, уговаривали Перикла дать бой спартанцам, но он, сознавая превосходство неприятеля, не поддался эмоциям. Он утешал жертв спартанского вторжения: «Вместо срубленных деревьев вырастут новые, а на месте погибших воинов новые не вырастут». Перикл несколько месяцев не созывал народного собрания, чтобы разъяренные горожане не приняли решение вступить в открытый бой со спартанской армией или не сместили бы его с поста стратега. Тем временем афинский флот совершил вылазку к западному побережью Пелепоннеса, но произвести высадку десанта не рискнул. Вскоре Архидам очистил Аттику. Афинская армия воспользовалась этим и захватила Мегару и Эгину.
В 430 году до н. э. Архидам повторил вторжение в Аттику. На этот раз он осаждал Афины в течение нескольких месяцев. В переполненном беженцами городе начался голод и эпидемия чумы. По некоторым данным, вымерла четверть населения Аттики. После того как из-за эпидемии афинский флот, двинувшийся к Пелопоннесу, вынужден был вернуться, недовольные горожане сместили Перикла с поста стратега в 430 году до н. э. и обвинили в казнокрадстве. Ему пришлось заплатить большой штраф, но зато в 429 году до н. э. афиняне сменили гнев на милость и в очередной раз избрали Перикла стратегом, дав еще более широкие полномочия, чем прежде, признав прежнее осуждение несправедливым и попросив прощения у своего великого гражданина. Корабли Афин блокировали Пелопоннес, однако для полномасштабного вторжения у афинян не хватало пехоты. Война приняла характер борьбы на истощение.