Удачная женитьба на аристократке Саре Дженнингс во многом содействовала его удачной военной карьере. В 28 лет становится командиром полка королевской пехоты, а вскоре получает в командование бригаду в составе экспедиционного корпуса герцога Монмута, направленного во Фландрию. В 1679 г. полковник Мальборо сопровождал изгнанного из Англии герцога Йоркского, будущего короля Якова II, в Гаагу и Брюссель. Так он обрел венценосного покровителя и доброжелателя.
Сразу после возвращения в Англию герцог Йоркский наградил Мальборо титулом баронета и назначил его командиром гвардейского кавалерийского полка. После вступления на престол в 1685 г. новый монарх пожаловал Мальборо звание пэра с титулом лорда Сэндриджа и отправил в качестве королевского посланника в Париж.
Вскоре Джону Мальборо представилась возможность отблагодарить своего коронованного покровителя. Когда герцог Монмут поднял в Южной Англии мятеж, лорд Мальборо стал одним из королевских военачальников, отправленных на усмирение мятежников. Последовало производство в чин генерал-майора.
Однако довольно скоро Джон Мальборо, приверженец протестанства (ставшего господствующей религией в Англии), попадает в опалу короля-католика. Лорд Сэндридж становится непримиримым противником Якова II по религиозным мотивам. Во время государственного переворота 1688 г. он переходит на сторону герцога Вильгельма Оранского, который становится английским королем Вильгельмом III. Теперь у него новый венценосный покровитель, который делает Мальборо членом тайного совета и вверяет ему главное командование своей армией.
В 1690 г. генерал Джон Мальборо успешно руководит борьбой с антианглийским движением в Ирландии. Там войска под его командованием в нескольких боях разбили местных католиков – сторонников короля Якова II. Затем принуждаются к сдаче сильные гарнизоны укрепленных городов Корка и Кинселя. После этого восставший против английского владычества Зеленый остров приводится в полное повиновение Лондону.
После этого Мальборо оказывается замешанным в заговоре с целью возвращения на престол Якова II. Он был арестован, обвинен в государственной измене и заточен в Тауэр. Однако в ходе судебного разбирательства лорды сняли с него тяжкие обвинения.
Мальборо с трудом удалось вернуть свое прежнее положение. Способствовала этому Война за испанское наследство 1701–1714 гг. С ее началом он за прежние боевые заслуги получает пост английского главнокомандующего на континенте, где успешно действовал с союзниками в лице Австрии и Голландии.
Испания, кроме своих огромных колоний за пределами Европы, владела на континенте большей частью Италии и Нидерландами. Поэтому обладание Испанским наследством во многом означало господство в Европе. Война началась после смерти последнего Габсбурга на испанском престоле, не оставившего после себя прямого наследника. В родстве с ним находились французский король Людовик XIV и император Священной Римской империи Леопольд I Габсбург.
В ноябре 1700 г. после смерти Карла II французский монарх провозгласил своего внука Филиппа Анжуйского (Филиппа V) королем Испании. Такой альянс Парижа и Мадрида означал одно – возвышение Франции в Европе. Против этого сразу выступили Англия, Австрия и Голландия. В ходе войны к коалициям присоединились другие, малые европейские государства. Так началась длительная Война за испанское наследство.
Англия превратилась в главного врага Франции. Король Вильгельм III производит лорда Джона Мальборо в полные генералы и отправляет с войсками в союзную Голландию. Ему поручается создание военной коалиции против Парижа. Задача выполняется успешно, следуют пожалование титулом герцога и производство в генерал-фельдцейхмейстеры. Воцарившаяся на английском престоле королева Анна награждает полководца орденом Подвязки. Мальборо со своей супругой, пользовавшейся полным доверием королевы, становятся одними из наиболее влиятельных людей Британии.
Война на континенте началась с удач для английского оружия. Мальборо заставляет капитулировать 6-тысячный гарнизон крепости Уи. После этого герцог, оставив часть своих войск для защиты Нидерландов, двинулся по левому берегу Рейна для соединения с имперской армией австрийцев. Командующий французской армией во Фландрии маршал Вильруа разгадал этот маневр и безуспешно попытался преградить путь англичанам. Но Мальборо все же сумел соединиться с армией Евгения Савойского.
13 августа 1704 г. состоялось сражение при Гохштедте, в котором французы и баварцы терпят поражение. В итоге правитель Баварии Макс-Эммануил теряет собственные владения. Английская королева жалует герцога Джона большим поместьем, а австрийский император – титулом владетельного принца Миндельсгеймского. После этого полководец возвращается в Нидерланды.