При императоре Домициане, начались гонения на христиан, Иоанн и Прохор были сосланы на остров Патмос. Здесь апостол прожил несколько лет и благодаря многим чудесам приобрел большую известность. Когда после кончины Домициана Иоанн в 96 г. получил свободу, многие на острове приняли христианство. Именно для нужд этой общины, согласно традиции, Иоанн написал свое знаменитое Евангелие, которое во многих местах отличалось от трех более ранних, написанных Матвеем, Марком и Лукой, ибо здесь главным образом идет рассказ о том, о чем не сообщали другие евангелисты. Напротив, многие известные факты Иоанн в своем рассказе опустил. Большой заслугой Иоанна стала разработка учения о Святом Духе, сделавшегося важнейшей частью всего христианского вероучения. Многочисленные упоминания о Духе Божием («духе Яхве») есть и в Ветхом Завете, однако ортодоксальный иудаизм раввинских школ очень осторожно обращался с этим понятием и не старался разъяснить его. Дух Божий сообщался только немногочисленным избранникам Господа (Он был на Моисее и других пророках, а также на Самсоне, Сауле и Давиде). Обретение Святого Духа всей массой верующих, согласно предсказанию пророка Иоиля, должно было произойти только во времена Мессии.
Евангелия сообщают о сошествии Святого Духа на Христа в виде голубя во время Его крещения. Затем, после Вознесения Христа, Дух Святой в виде огненных языков сошел на апостолов. Подробнее о природе Святого Духа из всех авторов Нового Завета говорит один Иоанн. Только он указывает ипостасное свойство Святого Духа: исхождение от Бога Отца (во время тайной вечери Христос говорит: «Когда же придет Утешитель, Которого Я пошлю вам от Отца, Дух истины, Который от Отца исходит, Он будет свидетельствовать о Мне…»). Только в Евангелии от Иоанна Иисус, во время Тайной вечери, накануне Своего страдания, дает ученикам обещание вернуться и пребывать с ними «до скончания века». Под этим подразумевается пребывание Святого Духа в церкви, которая, в полном согласии с учением Павла, понималась Иоанном как Тело Христово. Но путь церкви, которую живит Своим присутствием Дух, лежит во времени, и пребывание Христа с верующими заключено в рамки земной истории. С концом света должно установиться Царствие Божие, утвержденное действием Святого Духа.
Здесь же на Патмосе в годы ссылки было написано другое знаменитое творение Иоанна — его Апокалипсис, представляющий из себя по литературной форме послание к семи азиатским церквам. Произведение это в высшей степени образное, иносказательное и символическое. Поэтому толкование его представляет большую сложность. В вводной части читаем: «Откровение Иисуса Христа, которое дал Ему Бог, чтобы показать рабам Своим, чему надлежит быть вскоре. И Он показал, послав оное через Ангела Своего рабу Своему Иоанну, который свидетельствовал Слово Божие и свидетельство Иисуса Христа и что он видел…» В следующих стихах Иоанн сообщает об обстоятельствах, при которых ему было дано Откровение: «Я, Иоанн, брат ваш и соучастник в скорби и в царствии и в терпении Иисуса Христа, был на острове, называемом Патмос, за Слово Божие и за свидетельство Иисуса Христа. Я был в духе в день воскресный, и слышал позади себя громкий голос, как бы трубный, который говорил: «Я есмь Альфа и Омега, Первый и Последний; то, что видишь, напиши в книгу и пошли церквам, находящимся в Азии: в Эфес, и в Смирну, и в Пергам, и в Фиатиру, и в Сардис, и в Филадельфию, и в Лаодикию». Я обратился, чтобы увидеть, чей голос, говоривший со мною; и обратившись, увидел семь золотых светильников и, посреди семи светильников, Подобного Сыну Человеческому… глава Его и волосы белы, как белая волна, как снег; и очи Его, как пламень огненный… и голос Его, как шум вод многих… И когда я увидел Его, то пал к ногам Его, как мертвый. И Он положил на меня десницу Свою и сказал мне: «Не бойся; Я есмь Первый и Последний… и имею ключи ада и смерти. Итак, напиши, что ты видел, и что есть, и что будет после сего…» Вслед за тем Подобный Сыну Человеческого обращается к каждой из семи азиатских церквей, а по окончании Его речей перед глазами изумленного Иоанна раскрывается видение. «Я взглянул, и вот, — пишет он, — дверь отверста на небе, и прежний голос, который я слышал как бы звук трубы, говоривший со мною, сказал: Взойди сюда, и покажу тебе, чему надлежит быть после сего…»