Вообще, в религии Мани Иисус играл важную роль. Хотя основатель манихейства отвергал как ложную значительную часть евангелических рассказов, он однозначно признавал и высоко чтил их нравственное учение. Что касается взглядов Мани на природу Иисуса, то они были противоречивы. По одним манихейским сочинениям, небесный Бесстрастный Христос действовал через человека Иисуса, но без внутреннего соединения с Ним, и покинул Его при распятии. По другим — человека Иисуса вовсе не было, но был только Небесный Дух — Христос с призрачной видимостью человека. С точки зрения Мани в этом вопросе важно было устранить идею воплощения или действительного индивидуального сочетания божественной и человеческой природ в Иисусе. (Ведь дух и материя, по его учению, есть порождения разных, враждующих, миров). Но как бы то ни было явление Иисуса ознаменовало новую эпоху в человеческой истории. После этого «ветхий» человек пресуществился в «нового» — спасение приблизилось, но окончательно оно стало возможно лишь после совершенного откровения Истины в учении Мани. Тогда только человеку открылись все тайны бытия и он получил возможность исполнить предназначенную ему роль в мировой космической драме. Все его усилия отныне должны быть направлены на то, чтобы отделить в своей душе элементы света от элементов тьмы и помочь освобожденным «искупленным» элементам света соединиться с самим светом. Окончательно процесс освобождения духа от тела, света от тьмы произойдет в последние времена и завершится Страшным судом, после чего землю охватит мировой пожар, который будет продолжаться 1468 лет. Наконец, все элементы света вместе с освобожденными душами праведников уйдут на небо, а демоны с темными погибшими душами исчезнут в необъятной бездонной пропасти. Физические тела должны погибнуть в мировом пожаре, в котором уничтожится все материальное. Никакого воскресения мертвых, по учению Мани, не было и не могло быть. Наши сведения о второй половине жизни Мани отрывочны и неполны. Видимо, поначалу его проповедям никто не мешал. Однако по мере роста манихейской церкви усилились нападки на нее со стороны зороастрийского жречества. В конце царствования Шапура Мани должен был уехать из Ирана. (Существует предание о том, что в это время он путешествовал по Восточному Туркестану и даже побывал в Китае) При внуке Шапура, Варахране II, Мани вернулся на родину. Возможно, он надеялся на то, что отношение к его вероучению изменится. Однако Мани ошибся — новый шахиншах встретил его неприветливо и принудил вступить в открытый диспут с великим мобедом (главой зороастрийской церкви). Когда в конце этого спора Мани не согласился на требование своего противника решить дело судом Божьим — испытать истину посредством глотания расплавленного свинца, — и не показал никаких чудес в оправдание своей веры, Варахран произнес такой приговор: «Этот человек производит волнения, могущие привести царство к разрушению, а потому, прежде всего, необходимо, чтобы он сам был разрушен, дабы предупредить дальнейшие последствия». Мученическая смерть Мани последовала в 277 г. Согласно некоторым источникам, с него заживо была содрана кожа, которую набили соломой и повесили на царских воротах. Вскоре был распят на кресте и его преемник Сисинний.
Впрочем, история манихейства на этом не кончилась. Учение Мани оказалось очень жизнестойким и просуществовало еще около тысячи лет. Изгнанные из Ирана, манихеи рассеялись по всему миру от Европы до Китая. Известно, что в Римской империи это вероучение получило очень широкое распространение и на протяжении нескольких десятилетий оставалось опасным конкурентом христианства. На Востоке у него также было немало последователей (в VIII в. манихейство даже стало официальной религией Уйгурского каганата). Сторонники этой религии сумели создать достаточно сильную и разветвленную церковную организацию. Все верующие делились на три категории: «слушателей», «избранных» и «совершенных». (Последние соответствовали высшему церковному клиру.) Отдельными областями руководили епископы, а во главе церкви стоял патриарх, местом пребывания которого считался Новый Вавилон.