В Москве он жил в доме своей духовной дочери боярыни Федосьи Морозовой, которая вскоре стала одной из самых ревностных его последовательниц. Однако долго сдерживать себя Аввакум не смог. Его слава проповедника старой веры и мученика за нее сделала его в глазах ревнителей старины предводителем раскола. К нему со всех сторон обращались за советами и разъяснениями в делах веры, у него искали утешения в минуту сомнения и колебания. В своих посланиях и речах Аввакум обвинял Никона и всех, принявших исправленные при нем книги, в ереси. Он писал, что в тех храмах, где служба происходит по исправленным книгам, нет настоящего богослужения, а использующие их священники — не истинные пастыри. Эти проповеди и писания Аввакума имели большой успех среди населения Москвы и многих отторгли от церкви. Московское духовенство стало жаловаться на него царю. Алесей Михайлович и сам увидел, что примирение с Аввакумом невозможно. В августе 1664 г. он послал ему сказать: «Власти на тебя жалуются церкви-де ты запустошил; поедь в ссылку опять». Местом проживания протопопу сначала назначили Пустозерский острог, но потом наказание смягчили и отправили Аввакума к Белому морю, в городок Мезень.
Здесь он прожил два года, пользуясь некоторыми удобствами и не подвергаясь особым стеснениям.
* * *
В начале 1666 г. в Москве собрался великий собор, на котором присутствовали два греческих патриарха (Александрийский и Антиохийский) и 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока. Именно этот собор окончательно решил и судьбу Никона, и судьбу Аввакума. Дело Никона рассматривалось первым. Суд над ним длился более полугода. Собор сначала ознакомился с делом в его отсутствие. Затем призвали самого патриарха, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. Никон долго не хотел являться на судилище, не признавая над собой власти александрийского и антиохийского патриархов, потом, в декабре 1666 г., все же приехал в Москву, но держал себя гордо и непреклонно: вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. В конце концов архиереи единогласно осудили Никона, лишили его патриаршего сана и священства. Обращенный в простого инока, он был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белого озера. Здесь несколько лет Никона содержали с большой строгостью, почти как узника, но в 1671 г. Алексей велел снять стражу и позволил ему жить без всякого стеснения. Тогда Никон отчасти примирился со своей судьбой, начал принимать от царя деньги на содержание и подарки, завел собственное хозяйство, читал книги и лечил больных. С годами он стал постепенно слабеть умом и телом, его начали занимать мелкие дрязги, он ссорился с монахами, постоянно был недоволен, ругался без толку и писал царю доносы. После смерти в 1676 г. Алексея Михайловича положение Никона ухудшилось — его перевели в Кирилло-Белозерский монастырь под надзор двух старцев, которые должны были постоянно жить с ним в кельи и никого к нему не пускать. Только в 1681 г., уже тяжело больного и дряхлого, Никона выпустили из заточения. По дороге в Москву на берегу Которости он умер. Тело его привезли в Воскресенский монастырь и там похоронили. Царь Федор Алексеевич присутствовал при этом.
* * *
Если для Никона собор 1666–1667 гг. был концом всех его деяний, то для вождей раскола он, напротив, стал началом их великого пастырского служения. Правда, некоторые из них отступились от своих убеждений, но другие остались безоговорочно верны им. Когда Аввакума привезли в Москву, церковные власти увещеваниями попытались склонить его к примирению с церковью, однако это не дало никаких результатов. 13 мая Аввакум предстал перед архиереями собора. Но и тут, говоря словами официального акта, он «покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославным называл».
Тогда архиереи постановили лишить его сана — Аввакум был расстрижен и предан проклятию как еретик. 17 июля 1667 г. его вновь доставили на собор, где вселенские патриархи снова долго увещевали его, но не смогли его разубедить.