Однако молодой инок желал жить в совершенном уединении под руководством опытного монаха. Спустя короткое время он вместе с двумя другими монахами отправился в новое странствование, мечтая добраться до святой Афонской горы. По пути паломники оказались в скиту Трейстены. Подобно насельникам древних палестинских лавр, часть монахов жила тут по общежительному уставу, а другие, пожилые и опытные иноки, спасались в хижинах, расположенных вокруг скита, и подвизались по уставу особножительному. Прожив здесь некоторое время, Платон перешел в Кыркульский скит. Только спустя три года — в 1746 г. ему открылась возможность отправиться на Афонскую гору. После трудного путешествия сушей и морем Платон добрался до святой горы и поселился там в одинокой келий неподалеку от лавры преподобного Афанасия. Вокруг нее в совершенной бедности и безмолвии, отрешившись от мира, спасалось много старцев. Платон хотел поступить под начало какого-нибудь из них, однако никто не захотел взять его себе в послушники. В течение трех лет он совершал свои подвиги в одиночестве. «Кто бы мог описать всю его борьбу, — сказано в житии преподобного, — когда он один перед единым Богом в пылающем усердии своей души стремится к совершенству! Он возложил на себя нужду, лишения, пост, жажду, сокрушение и покаяние. Сколько вздохов и молитв исторглось из глубины его сердца. Какая борьба с искушениями гнева, блуда и гордости, которую понять может только тот, кто обращается к Богу!» Около 1750 г. на Афон прибыл прежний наставник Платона — старец Василий из Молдавии. Поговорив с молодым подвижником, он нашел его духовно возмужавшим и постриг в малую схиму с наречением имени Паисий. После этого еще три или четыре года Паисий оставался в одиночестве и занимался самоусовершенствованием. Потом к нему пришло несколько юных иноков, и хотя сам он был еще молод годами, попросили принять их в послушники. По их настоятельной просьбе Паисий был рукоположен в священники и стал иеромонахом.
Так он вступил во второй период своей жизни и отныне не только вел духовную брань ради собственного совершенствования, но и как настоятель и старец духовно руководил другими иноками. Немногочисленная поначалу братия, собравшаяся вокруг него, постепенно росла. От прота Афонской горы ему удалось получить полуразрушенную обитель Св. пророка Илии, поблизости от монастыря Пантократора.
Вместе с братией Паисий построил здесь церковь, трапезную и 60 келий. Новый монастырь сперва терпел большую нужду, однако братия множилась день ото дня.
Монастырские помещения вскоре стали тесны. Быстрый рост новой славянской обители вызвал у греков афонских монастырей недружелюбные чувства. Турецкие власти также чинили ей всякого рода препятствия. Тогда Паисий решил возвратиться в Молдавию, чтобы там, среди гор и лесов, основать новый монастырь.
В 1763 г. вместе с 60 монахами и послушниками он отправился в путь. В Яссах от митрополита Молдавии Паисию удалось получить в свое распоряжение Драгомирнский монастырь в честь Сошествия Святого Духа, где он ввел общежитие и богослужебный устав Афонской горы. Никто из братии не смел называть что-либо «своим», все было общее, как Богом данное. Пища принималась совместно. Все работы в монастыре выполнялись монахами. Первейшими добродетелями считались послушание, смирение, терпение, доброе отношение к другим. День проходил в молитвах и работах. Паисий был примером во всех аскетических добродетелях. Часто он сам участвовал в общих монастырских делах, а по вечерам, когда братия собиралась с горящими свечами в трапезную, читал ей что-нибудь вслух из святых отцов. Именно тут впервые расцвел его старческий дар. В 1774 г. та часть Молдавии, где располагался Драгомирнский монастырь, отошла к Австрии. Опасаясь за будущее своей обители, Паисий вместе с братией перебрался на турецкую территорию в опустевший Секульский монастырь.
Через несколько лет он получил в свое распоряжение также находившийся неподалеку Нямецкий монастырь (в год его кончины в двух этих монастырях числилось 500 монахов).
Хотя управление двумя большими монастырями отнимало у преподобного много сил, он старался распространять дух истинного монашества и за их стенами. Долгими осенними и зимними ночами Паисий с помощью двух монахов переводил с греческого на молдавский и церковнославянский языки творения святых отцов. Часто видели его сидящим на ложе при горящих свечах, согбенным и окруженным горами книг на различных языках. Порой за работой у него проходила вся ночь. Так появились переводы «Наставлений» св. Иоанна Сирина, «Вопросов и ответов» преподобного Максима Исповедника, «Поучений» Феодора Студита и другие сочинения, получившие потом широкое распространение на Украине и в России. К 1793 г. был закончен перевод «Добролюбия» монаха Никодима.