Приехав в ноябре 1868 года в Хартум, Швейнфурт заключил контракт с купцом Гаттасом. Тот обязывался снабдить его всем необходимым для путешествия и дать возможность принять участие во всех экспедициях, какие будут предприниматься его торговыми агентами.
5 января 1869 года немецкий путешественник отплыл из Хартума в страну азанде (ньям-ньям), которых считали людоедами. Его главной целью было изучить флору тех экваториальных областей, по которым протекают западные притоки верхнего Нила, и показать значение этих западных притоков. Была и другая, ждавшая своего разрешения географическая загадка.
Швейнфурт по дороге встречался со скотоводами динка и рыбаками шиллук, переживал опасные столкновения с буйволами и роями пчел. То и дело ему попадались опустошенные местности, хранившие следы охоты за рабами.
22 февраля в Мешра-эр-Рек, болотистой местности, откуда берет начало река Бахр-эль-Газаль, завершилось плавание по реке. Следуя вместе с торговыми караванами, а чаще предпринимая самостоятельные походы, Швейнфурт наблюдал колоритную картину жизни нилотских племен в северной части плоскогорья Азанде. У бонго, например, ученый нашел самобытные проявления искусства - вырезанные из дерева фигуры в натуральную величину выходят, словно процессия, из могилы вождя. Они изображают вождя и членов его семьи, в наивной манере подчеркивая их индивидуальные черты и половые признаки. Кроме того, вырезанные изображения украшены жемчужными ожерельями и оклеены волосами, чтобы своим обликом больше походить на умерших Швейнфурту понравились пение бонго и их явно выраженная музыкальность, хотя его чуткий слух привык к более нежным звукам.
В конце марта Швейнфурт перебрался в главную зерибу Гаттаса, ставшую его штаб-квартирой. После нескольких сравнительно непродолжительных экскурсий в этом районе, в ходе которых он побывал на реках Тондж и Джур и открыл левый приток Джура - Bay, Швейнфурт перебазировался в расположенную южнее, за Тонджем, зерибу Сабби, принадлежавшую другому купцу, Мухаммеду Абд-эс-Самату.