Во второй половине 80-х годов пристальное внимание мировой прессы привлекла судьба Эмина (настоящее имя - Эдуард Шнитцер), губернатора Экваториальной провинции Судана, который вместе с большим контингентом египетских военнослужащих и чиновников оказался отрезанным от Египта махдистским восстанием. Было организовано несколько спасательных экспедиций. Это было затеяно не столько ради спасения от восставших махдистов губернатора и его подчиненных, сколько ради новых территориальных захватов и восьмидесяти тонн слоновой кости, находившихся в руках Эмина.
Вызволить Эмина, в конце концов, удалось Стэнли, возглавившему большую экспедицию, организованную специально для этого созданным в Лондоне "комитетом спасения" В марте 1887 года Стэнли прибыл к устью Конго и тремя месяцами позже - на станцию Ямбуя в нижнем течении Арувими. Отсюда был начат неимоверно тяжелый поход вверх по долине Арувими, через густой тропический лес, где почти невозможно было достать продовольствие. В начале декабря экспедиция покинула, наконец, лесную область и, перевалив через высокое травянистое плоскогорье, образующее водораздел между бассейнами Конго и Нила, вышла к озеру Альберт. Отсутствие средств переправы не позволило Стэнли форсировать эту водную преграду, и он смог встретиться с Эмином только в апреле 1888 года, когда тот, заслышав о приближении экспедиции, прибыл на западный берег озера на пароходе.
Стэнли передал Эмину фирман хедива, извещавший его об отказе Египта от Экваториальной провинции, и поставил перед ним на выбор три предложения либо идти вместе с ним на Занзибар, либо перейти на службу к бельгийскому королю и обеспечить присоединение Экваториальной провинции к "Независимому государству Конго", либо, наконец, направиться к северо-восточным берегам озера Виктория и обосноваться там от имени незадолго до того созданной "Британской Восточноафриканской компании". Эмин, в конце концов, остановился на первом варианте, однако выступление в путь к восточному побережью задержалось на целый год.
В апреле 1889 года объединенный отряд Стэнли и Эмина покинул берега озера Альберт, двинулся вверх по долине Семлики и в июне прибыл к открытому Стэнли за 13 лет до этого озеру Мута-Нзиге, которое он теперь назвал именем английского наследного принца Альберта-Эдуарда (впоследствии, когда тот вступил на престол под именем Эдуарда VII, этот водоем стал значиться на картах как озеро Эдуард). Отсюда экспедиция направилась к Кагере, затем к озеру Виктория и далее к восточному побережью, которого и достигла в Багамойо в декабре 1889 года.
Это второе и последнее трансафриканское путешествие Стэнли, как и предыдущие его экспедиции, оказалось весьма плодотворным для географии. Основным научным результатом первого его этапа, связанного с бассейном Конго, явилось исследование реки Арувими (в верхнем течении носящей название Итури) от устья почти до самых ее истоков, при этом было зафиксировано место впадения ее правого притока Непоко, посещенного в верховьях Юнкером, а также открыты и частично обследованы некоторые другие притоки (Эпулу, Ленда). Поход Стэнли вдоль Арувими представил немалый интерес еще и как первое в истории европейских исследований Африки пешеходное пересечение "великого леса Конго", до того затрагивавшегося маршрутами путешественников лишь по окраинам или пересекавшегося ими по рекам.
Еще большими достижениями ознаменовалась исследовательская деятельность Стэнли на втором этапе путешествия, в области нильских озер. Прежде всего, следует назвать завершение открытия третьего по высоте горного массива Африки - Рувензори (5109 метров), виденного Стэнли в 1876 году лишь издали. В непосредственной близости к Рувензори в разное время побывали Бейкер, Джесси, Мейсон и Эмин, но ни один из них не видел эту огромную снеговую гору, почти постоянно скрытую густой облачностью. Долго не удавалось увидеть снежную корону Рувензори и самому Стэнли при его посещениях озера Альберт в 1887- 1888 годах. Открытие пришло лишь в конце мая 1888 года.