Кук не утратил интереса к Арктике. Он совершил две кратковременные экскурсионные экспедиции к берегам Гренландии. Потом в 1897-1899 годах участвовал в бельгийской морской экспедиции в высокие южные широты. Их судно накрепко зажало льдами, увлекло в дрейф, который продолжался долгих тринадцать месяцев, это была первая в истории зимовка в Антарктиде. Экспедиция не была готова к зимовке (по крайней мере, морально) и вскоре оказалась на краю гибели. В экспедиции также участвовал молодой норвежский штурман Руал Амундсен, в будущем прославленный полярный путешественник. Только он да доктор Кук сохраняли и силы, и волю к жизни. Они охотились на пингвинов, тюленей, ели свежее мясо. К несчастью, начальник экспедиции не только отказывался сам с отвращением от непривычной пищи, но и запретил команде есть пингвинов и тюленей. В результате все заболели цингой. Двое сошли с ума, один из них вскоре умер. Начальник экспедиции и капитан болели так тяжело, что оба слегли и написали завещания.
Тогда руководство экспедицией перешло к Амундсену, и они с доктором Куком чуть ли не силой оружия заставили наиболее здоровых подняться и всех - ежедневно есть свежее мясо.
В течение первой недели люди начали заметно поправляться. Позднее Руал Амундсен напишет.
Когда весной неподалеку от судна появилась полынья, именно доктор Кук предложил начать работы по освобождению судна Никто не верил в эту затею, но убежденность Кука одержала верх. С помощью обычных двуручных пил и взрывчатки они проложили девятисотметровый канал, и через тринадцать месяцев судно вышло на открытую воду.
По окончании экспедиции Кук, единственный из участников небельгийского происхождения, был награжден бельгийским орденом Леопольда.
Перенесенные лишения не уменьшили интереса Кука к полярным странам. В 1906 году он впервые в истории совершил восхождение на самую высокую вершину Северной Америки - гору Мак-Кинли в центре Аляски.
Кук, судя по всему, был совершенно другим человеком, нежели Пири, и жизненное кредо его было иным.
"
Тем не менее, Фредерик Кук, как и Роберт Пири, задался целью покорить Северный полюс. В августе 1907 года он прибыл морем в маленький поселок, расположенный на гренландском берегу пролива Смита. Разгрузив припасы, он провел там почти всю зиму, готовясь к трудному походу.
Полюсная экспедиция доктора Кука родилась без какой-либо шумихи. Некий богатый спортсмен Джон Р. Брэдли просто-напросто хотел поохотиться на Севере. Имя Кука было хорошо известно, он был президентом Клуба исследователей. Брэдли дал денег, а Кук организовал эту охотничью экспедицию, никак не афишируя своих дальнейших намерений. Кук намеревался пройти к полюсу вместе с двумя спутниками-эскимосами, имея двое нарт и 26 собак.
Позднее Пири будет утверждать, что с такими малыми силами, как у Кука, достичь полюса было просто невозможно. У самого Пири - 24 человека, 133 собаки, 19 нарт. Но сам Пири ранее утверждал, что именно маленький отряд наиболее дееспособен. Кук пишет совершенно справедливо
Экспедиция Кука была организована ничуть не хуже, чем экспедиция Пири, может быть, даже более продуманно.
Нарты Кука, например, были на 50 фунтов (20 килограммов) легче, чем нарты Пири. А это лишние 50 фунтов полезного груза. Кук в отличие от Пири взял с собой складную парусиновую лодку. Благодаря этому его маленький отряд не должен был останавливаться у разводий, выжидать, когда замерзнет полынья.