Бейкер выполнила много деликатных миссий, включая раздачу взяток бедуинским и берберским шейхам. Частично эти деньги были её собственными. Жозефина обворожила Муллу Ларби Эль Алуи, хитрого визиря Марокко, настолько, что он стал снабжать её ценной информацией. Она приобрела друзей среди высокопоставленных офицеров из окружения генерала Нога, вишистского и прогерманского генерал-губернатора. Они тоже снабжали её информацией, которая сразу же передавалась в Лондон. Это было рискованно, ведь корпус Роммеля к тому времени оттеснил британскую армию почти до окрестностей Александрии.
Жозефина побывала всюду: в Агадире, в Фезе, в Тунисе. Она пересекла Ливию и согласилась петь для германских солдат с целью установить контакт с шефами движения Сенусси, которое наносило ущерб итало-германским войскам в пустыне.
В любой момент этих «гастролей» она могла быть разоблачена немцами как агент союзников и расстреляна.
Зимой 1941–1942 года, находясь в Касабланке, Жозефина заболела. Болезнь официально признали паратифом, но почти бесспорно она стала жертвой попытки отравить её. Агенты германского абвера подозревали её в том, что она по меньшей мере симпатизирует де Голлю, если не является шпионкой союзников. Но вследствие широкой популярности Жозефины ни нацисты, ни итальянцы не смели арестовать её, ибо это вызвало бы возмущение во французской Северной Африке, где фашисты стремились получить поддержку от официальных вишистских чиновников и коллаборационистов. Несколько месяцев жизнь Жозефины висела на волоске не только из-за болезни, но и потому, что пока она лежала в госпитале, самолёты союзников почти ежедневно бомбили Касабланку, и бомбы падали в непосредственной близости от госпиталя.
Наконец началось вторжение союзных войск. За три дня и три ночи сто пятьдесят тысяч американских и сто сорок тысяч солдат Англии и Свободной Франции высадились с десантных судов на пляжи Северной Африки.
Когда генерал Патон во главе союзных армий прибыл в Касабланку и услышал, что она больна, он послал ей букет цветов и записку со словами: «Жозефине Бейкер, которая так доблестно помогала нам».
Хотя актриса всё ещё была очень слаба, она настояла на том, чтобы дать гала-концерт в Клубе Свободы. Среди зрителей было много видных военачальников союзных войск: фельдмаршал Александер, генералы Кларк, Патон, Андерсон, адмирал Канингхэм. В течение нескольких недель Жозефина выступала для американских и английских солдат, после чего получила новое секретное задание.
Палуаль, бывший начальник Абтея, прибыл в Северную Африку с полковниками Риветом и Дюкрестом. Перед ними стояла задача разобраться в ситуации, сложившейся на французских подмандатных территориях — Сирии и Ливане, где перед французами встала серьёзная проблема арабского национализма.
Союзники имели теперь сильные позиции на Среднем Востоке, но это не повлияло на арабов, мечтавших о национальной независимости. Агенты Гитлера и Муссолини всячески старались использовать настроения арабов в своих интересах — создать «второй фронт» для английской армии в Египте.
В январе 1943 года Рузвельт и Черчилль встретились в Касабланке для обсуждения вопроса об открытии второго фронта в Европе. Жозефина была искренне тронута, получив приглашение в американское консульство, где происходила встреча. Но она вынуждена была отказаться, так как уже имела указание отправиться в Бейрут и встретиться там с французским посланником.
Задание на этот раз было иного рода, чем те, которые она выполняла раньше. Ей надо было теперь работать не против нацистских или итальянских шпионов, а против арабских националистов и революционеров. Амин, муфтий Иерусалима, бежал в Германию. Но его сторонники серьёзно подрывали французское и британское господство. В Ираке и Сирии восстание Рашида Али, которое, как считали западные разведки, инспирировано и профинансировано Германией, было подавлено в 1941 году. Но его последователи снова подняли голову. Это были члены Арабской лиги Ибрагима Ваззани, в которую были внедрены и нацистские агенты.
В конце 1943 года, уже после полного поражения Роммеля в Северной Африке, снова начало разгораться пламя вражды арабов к Франции и Британии. У английской разведки имелись данные, что большую роль в этом играют эмиссары, засланные немцами через Турцию. Жозефину попросили выяснить детали всего этого дела.
Через Ливию и Египет она направилась в Багдад и Бейрут, где комендант Бруссе из французской секретной службы вывел её на связь с британской разведывательной службой на Ближнем Востоке. Она теперь выдавала себя за арабку и, сопровождаемая марокканским принцем Си Менхеби, помогла выявить ряд нацистских агентов в этом районе, в том числе двух женщин-агентов гестапо, Аглаю Нойбахер и Паулу Кок.