Савари назначил исполнителем операции по похищению герцога Энгиенского своего агента Шульмейстера. Существуют две версии похищения несчастного герцога. По одной, более известной, «нарушив неприкосновенность государственных границ, драгунский отряд, вторгшись в пределы Бадена, 15 марта 1804 года захватил молодого герцога». По второй, более романтичной, была захвачена возлюбленная герцога и увезена в городок Бельфор, на территорию Франции, на самой границе с Баденом. И когда герцог, получив от неё письмо с просьбой о помощи, приехал вызволять её, он был схвачен. Читатель вправе выбирать любую из этих версий. Так или иначе, герцог Энгиенский был доставлен в Париж и уже через шесть дней приговорён к смерти комиссией, составленной из полковников парижского гарнизона. Его расстреляли 21 марта во рву Венсенского замка.
Это убийство вызвало во всей Европе чувство ужаса и тревоги. Особенно остро на него реагировало российское высшее общество: о разговорах в салоне мадам Шерер подробно рассказано в самом начале романа «Война и мир».
Но и несколько лет спустя, уже после Тильзитской встречи, об убийстве герцога не забыли.
Историк XX века А. Вандаль подробно описал разведывательно-дипломатическую миссию Савари в Петербурге. Он пишет, что тотчас по заключении Тильзитского договора Наполеон в знак своей признательности царю назначил своим представителем при нём одного из своих адъютантов, генерала Савари. Отправив Савари в Петербург в качестве временного посла, Наполеон хотел поддерживать через него связь с императором Александром впредь до восстановления посольств и правильных дипломатических сношений. Савари должен был на месте ознакомиться с намерениями императора и его двора, а также с настроением общества и настоять на исполнении взятых на себя Россией обязательств против Англии. Он был превосходно принят императором, холодно — императрицею-матерью и очень дурно — обществом. В то время как император приглашал его к своему столу по нескольку раз в неделю и относился к нему с дружеской фамильярностью, все сановники отказывались принимать его, — ему не посылали ответных визитных карточек. Это было демонстративным отчуждением от «палача герцога Энгиенского». Одушевлённая страстной ненавистью к революции, петербургская аристократия отказывалась признать Тильзитский договор, и эта светская оппозиция представлялась первой опасностью, грозившей союзу, так как русское самодержавие, несмотря на неограниченную власть, имело обыкновение считаться с мнением высших классов. Отсюда вытекала своеобразная форма правления: деспотизм, ограниченный салонами.
Ввиду всех этих обстоятельств в первые месяцы по заключении Тильзитского договора общественное мнение энергично выражало своё недовольство новой политикой императора Александра. Говорили даже о заговоре и о революции и вызывали зловещие воспоминания. 1807 год представлял собой странную аналогию с 1801 годом, и невольно возникал вопрос, не закончится ли настоящий кризис такой же развязкой, как кризис, завершившийся убийством Павла I. Маршал Сульт, командовавший войсками в Берлине, предупредил Александра через Савари, что какой-то прусский офицер задумал покушение на его жизнь в расчёте на содействие недовольных русских.
Однако, несмотря на многочисленные затруднения и препятствия, Савари не падал духом. Благодаря своей настойчивости и смелости он сумел пробить брешь в петербургском обществе, стал вхож в некоторые дома и зондировал почву с целью расположить в свою пользу или по крайней мере нейтрализовать знать. Он втёрся в доверие к любовнице Александра Нарышкиной и через её посредство доводил до императора конфиденциальные советы: он умолял Александра проявить твёрдую волю, поступить как подобает самодержцу, предупредить протест недовольных, а не ждать его, словом — «пронзить тучу мечом». Наполеон поддерживал своего представителя постоянными инструкциями и всякими другими средствами. Он посылал Нарышкиной парижские наряды и драгоценности, которые сам выбирал. «Вы знаете, — писал он Савари, — что я смыслю в дамских туалетах». Неистощимая предупредительность и бесчисленные мелкие услуги царю постепенно смягчали его горечь военных неудач. Между обоими монархами завязалась личная переписка, и Наполеон пользовался ею, чтобы поддерживать на расстоянии интимные отношения, установившиеся между ними во время тильзитского свидания, напоминал русскому императору о великих планах, которые должны возвеличить его царствование и покрыть его славой, старался воздействовать на его воображение и сердце. Но ещё лучшую службу сослужили в это время Наполеону грубость и насильственность английской политики.
Англичане, резко выступая против Тильзитского договора и не имея возможности наказать ни Россию, ни Францию, отыгрались на маленькой Дании. Подвергнув бомбардировке Копенгаген, высадились там и ограбили, а затем, по выражению историка, «поспешно, как воры, удалились со своей добычей, показав миру пример неслыханного нарушения международного права».