Первым человеком, которого Судоплатов отобрал в новую группу, был Наум (среди друзей и в ЧК его звали Леонид) Эйтингон, чекист с многолетним стажем, выполнивший уже немало сложных заданий за рубежом, в том числе связанных и с «ликвидацией». В группе Эйнтингону отводилась ведущая роль. Он должен был подобрать людей, знакомых ему ещё по Испании, которые могли бы внедриться в окружение Троцкого. Тот, будучи выдворенным из СССР в 1929 году, после долгих странствий обосновался в Мексике. Там он пытался вести работу по расколу международного коммунистического движения с тем, чтобы потом возглавить его. А главное — он был личным врагом Сталина и вёл активную пропаганду против него, чего Сталин, естественно, простить ему не мог.
Но троцкисты занимались не только пропагандой. Вместе с абвером они организовали в 1937 году в Барселоне мятеж против республиканского правительства, передавали немецкой разведке материалы о деятельности европейских компартий в пользу СССР и т. д.
Участь Троцкого была предрешена.
Операция по ликвидации Троцкого получила кодовое наименование «Утка». Эйтингон создал две самостоятельные группы. Первую («Конь») возглавлял мексиканский художник Давид Альфаро Сикейрос, член Интернациональной бригады, один из организаторов испанской компартии. Второй («Мать») руководила Каридад Меркадер, бывшая анархистка. Один из её сыновей, Рамон, участник гражданской войны в Испании стал членом группы «Мать».
Группы не общались между собой и даже не знали о существовании друг друга.
Судоплатов вместе с Эйтингоном нелегально выехал в Париж, где познакомился с участниками групп и проинструктировал их.
Обстоятельства первого и второго покушений на Троцкого подробно описаны, и нет смысла повторяться. Коснёмся лишь некоторых вопросов, относящихся непосредственно к деятельности Павла Судоплатова.
После неудачи первого покушения, совершённого Сикейросом 23 мая 1940 года, Судоплатов вместе с Берией был вызван к Сталину. По свидетельству Судоплатова, изложенному в его книге «Спецоперации», Сталин принял их довольно спокойно, вовсе не был в ярости от провала операции, и дал указание приступить к исполнению альтернативного плана покушения, которое было поручено Рамону Меркадеру. Как известно, оно было совершено 20 августа 1940 года. Меркадер был арестован мексиканскими властями, назвался другим именем, заявил, что мотив убийства был чисто личный. Его осудили на двадцать лет, и он пробыл в тюрьме «от звонка до звонка». В 1960 году Рамон приехал в Москву, где ему было присвоено звание Героя Советского Союза.
В силу ряда обстоятельств Судоплатову удалось встретиться с Меркадером лишь в 1969 году.
Рамон Меркадер умер на Кубе в 1978 году и по его завещанию похоронен в Москве.
В предвоенные годы Судоплатов выезжал в Латвию под видом «советника Молотова», где он установил контакт с министерством иностранных дел латвийского правительства. Тогда же он участвовал в операциях по присоединению к СССР Западной Украины.
В это время произошло незначительное, на первый взгляд, событие, которое стало его первой конфронтацией с Хрущёвым и Серовым, будущим министром госбезопасности. Судоплатов убедил Берию и Молотова освободить Кост-Левицкого, восьмидесятилетнего старика, бывшего главу независимой Украинской республики. Он был арестован по приказу Хрущёва и Серова, что вызвало недовольство западноукраинской интеллигенции. Освобождение же Кост-Левицкого обозлило Хрущёва и Серова. Их первое столкновение впоследствии сыграло роковую роль в судьбе Судоплатова.
С ноября 1940 года советская разведка стала докладывать руководству страны о подготовке гитлеровской Германии к нападению на СССР. Однако сообщения часто противоречили одно другому. Не было точной оценки германского военного потенциала, реального соотношения сил на границе. Сведения о дате предстоящего нападения были самыми противоречивыми.
Разведка не всегда успевала за стремительным развитием событий. Она фактически «проморгала» вторжение немцев в Югославию и её стремительный захват; агентам, действовавшим в Германии, не сумели своевременно доставить радиопередатчики, батареи, запчасти и не смогли как следует подготовить их к работе. Правда, 18 апреля 1941 года Судоплатов подписал специальную директиву всем европейским резидентурам о переходе агентуры и линий связи на условия военного времени.
В мае он же подписал директиву о подготовке русских и других национальных эмигрантских групп в Европе для участия в разведывательных операциях в условиях войны.
16 июня 1941 года начальник разведки Фитин вместе с наркомом госбезопасности Меркуловым доложили Сталину последнюю информацию из Берлина. Но Сталин поручил перепроверить её.
В этот же день Берия приказал Судоплатову организовать особую группу для проведения разведывательно-диверсионных операций на случай войны. Судоплатов едва успел отдать необходимые распоряжения и поручить Эйтингону начать подбор людей, как в ночь на 22 июня его вызвал нарком. Так для Павла Судоплатова началась Великая Отечественная война.