Много десятилетий позже учёные отмечали на острове Птичьем и рядом с ним повышенный радиационный фон и сильное магнитное поле, распространявшееся в радиусе нескольких десятков километров. Кроме того, не единожды были зафиксированы странные инфразвуковые волны, идущие со дна Байкала. В период активизации этих волн остров, обычно густонаселённый пернатыми, пустел, из прибрежной зоны уходила рыба. На снимках, сделанных при помощи аэрофотосъёмки, также видны на поверхности воды странные воронкообразные круги, диаметром доходящие до 5–7 километров. Исследователи заметили ещё одну закономерность. Во время этих аномальных явлений залетавшие в район острова птицы гибли, а самолёты сбивались с курса.
Другое место, где часто происходят необъяснимые явления, находится в пятидесяти километрах от северной оконечности озера. По мнению некоторых учёных, в этом месте расположена самая глубокая точка Байкала (официально зарегистрированное самое глубокое место — 1620 м — находится в середине озера). И именно здесь эхолоты почему-то не в состоянии точно измерить глубину озера. Однако зона «X» — именно так называют это место сибирские исследователи аномальных явлений — интересна не только этим. Ещё первые поселенцы, осваивавшие просторы Восточной Сибири, слышали от бурят легенды о богах, появляющихся время от времени из вод священного озера. «И были громы и молнии. И поднимался шторм страшный. Всё озарялось светом нестерпимым, а люд, узревший это, падал ниц» — так описывал в начале XIX века иркутский историк Коробейников рассказ одного из бурятских старейшин о встрече с таинственными подводными богами.
Уже в семидесятые годы XX века на строительстве БАМа проходчики стали сталкиваться со странными явлениями, происходившими на поверхности озера. Так, во время проведения взрывных работ, когда тысячи тонн скальной породы сдвигались со своего места, падая в чистейшие воды Байкала, строители неоднократно видели огромные светящиеся пятна, поднимавшиеся из глубины к поверхности озера. Ночами огненные стрелы вырывались из озера и растворялись в выси.
Ивану Сафиуллину, работавшему настройке бульдозеристом, в те годы довелось удачно выйти из одной не совсем приятной истории. В один из летних дней он расчищал на береговой линии озера грунт для постройки железнодорожной насыпи. Вдруг краем глаза бульдозерист заметил, что обычно бирюзовая вода почернела, а затем начала бурлить. Вскоре у самой поверхности он заметил тёмный предмет, контурами напоминавший подводную лодку. Корпус «лодки» переливался слабыми зеленоватыми огнями. Бульдозер заглох, а в следующее мгновение Сафиуллин почувствовал, как тяжёлая машина вздрогнула и начала сползать к краю берега, словно притягиваемая мощным магнитом. Преодолев короткое замешательство, Сафиуллин выпрыгнул из кабины, инстинктивно поднял с земли булыжник и швырнул его в направлении темневшего под водой объекта. Увесистый камень упал в воду, и тотчас огни на корпусе «лодки» погасли. Вода на поверхности вновь забурлила, а когда всё успокоилось, то в озере ничего уже не было видно.
С явлениями подобного рода учёные неоднократно сталкивались и во время проведения глубоководных исследований озера в этом месте. В конце восьмидесятых годов во время экспедиции в подводный мир Байкала едва не был потерян батискаф. Океанолог, управлявший подводным аппаратом, позже вспоминал, что когда батискаф достиг глубины 50 метров, он вдруг за что-то зацепился. Учёный отчётливо услышал скрежет металла, аппарат накренился, и его стало стремительно тянуть вниз. Исследователь связался с кораблём, удерживавшим на тросе батискаф. С судна ему пришло сообщение, что команда прилагает все усилия, чтобы вытащить его на поверхность.
Учёный открыл воздушные резервуары. Огромный воздушный пузырь немедленно возник рядом с батискафом, и следом за этим внизу на большой глубине он увидел яркую вспышку. Батискаф тряхнуло, и он пробкой полетел вверх. Позже океанологу сообщили, что, в тот момент, когда команда судна боролась за батискаф, вдруг отказали все приборы. И только после подводной вспышки всё пришло в норму.
Странные наблюдения, очень похожие на перечисленные, делают яхтсмены и пассажиры прогулочных катеров, плавающие в акватории озера Байкал. Очень часто в тихую безветренную погоду в прозрачных водах озера можно разглядеть движущиеся световые пятна или тёмные сигарообразные предметы, поднимающиеся к самой поверхности. Водную гладь зачастую пробивают фонтаны, достигающие трёх—пяти метров. Ночью в особенно скалистой северо-восточной части Байкала случается увидеть тонкие световые лучи, словно нити соединяющие воды озера и небо. Небольшие, размером с футбольный мяч, переливающиеся всеми цветами радуги шары, возникающие ниоткуда, начинают скользить по водной глади, кружась в неведомом танце. И словно вторя им, из озера выпрыгивают рыбы, сверкая чешуёй, отражающей неземной свет таинственных шаров…