Якопо делла Кверча несомненно обладал большими познаниями также в области строительства и инженерного искусства. Об этом можно судить по назначению его на пост главного архитектора собора в Сиене в 1435 году и по его работе в качестве военного инженера в 1423 и 1424 годах.
Последние и лучшие полтора десятилетия скульптор отдаёт главным образом работе над своим величайшим произведением — порталом церкви Сан-Петронио в Болонье. Так и не завершённый, сам мастер назвал его как-то «проклятым порталом». Одновременно Якопо ведёт большие работы в Сиене и Ферраре. Бросая то одну, то другую работу, скульптор, подгоняемый заказчиками, переезжает из города в город.
Ещё в 1417 году флорентийцу Гиберти и сиенцам Турини ди Сано, его сыну Джованни Турини и Якопо делла Кверча были заказаны скульптуры для купели сиенского баптистерия. Через шесть лет в число исполнителей был включён Донателло. Все мастера уже завершили работу, когда наконец только в 1428 году скульптор приступил к своей работе. На долю Якопо остался один из бронзовых рельефов «Захария в храме», рельефные изображения пророков и статуэтка Иоанна Крестителя.
Их всего созданного известными мастерами на Якопо делла Кверча самое глубокое впечатление произвёл рельеф Донателло «Пир Ирода». Скульптора поразила чёткость композиции, ясное перспективное построение, грандиозность замысла, ренессансный пафос образов — всё то, к чему так упорно стремился он сам. Кое в чём Якопо решил подражать своему флорентийскому конкуренту.
«То, что впервые проявилось в пределле алтаря Трента, вошло здесь в плоть и кровь художника. Герои Якопо — это могучие люди с размашистыми движениями, — отмечает М. Я. Либман. — Все они атлетически сложены, даже ангел. Идеальный тип, найденный скульптором, несколько однообразен: с маленькой головой на мощном теле, с курчавыми волосами, закрывающими низкий лоб, с орлиным носом и глубоко сидящими глазами, — он напоминает античный, но в нём больше патетики и агрессивности. В чём-то трудно определимом здесь совершенно ясно проявляется свойственный образам Якопо пафос, который только проскальзывал в его ранних работах и наконец стал господствующим в его поздних произведениях. Не менее ясно он ощутим и в рельефах с изображением пророков на табернакле купели. Здесь тоже можно говорить о влиянии донателловских образов, в частности, статуй с колокольни Флорентийского собора. Но если впечатляющая сила статуй Донателло в их поразительной конкретности, в индивидуализации образов, то Кверча стремится к высокой идеализации, к красоте и пластичности движений, к ритмическому скольжению складок».
В 1425 году Якопо начинает работы над порталом церкви Сан-Петронио в Болонье. Первые годы прошли в поисках подходящего материала — истрийского камня и красного мрамора, а затем с 1428 по 1430 год Якопо, как уже писалось, в основном трудился в Сиене. Лишь наездами он бывал в Болонье. С 1433 года у мастера появились новые заказы, и опять сооружение портала почти застопорилось. Так и получилось, что к моменту смерти скульптора были закончены статуи св. Петрония и Мадонны для люнеты, пятнадцать рельефов с библейскими и евангельскими сюжетами и восемнадцать маленьких рельефов с полуфигурами пророков. Десять вертикальных рельефов изображают библейскую легенду от «Создания человека» и до «Жертвоприношения Исаака». Пять горизонтальных рельефов рассказывают историю Христа от «Рождества» до «Бегства в Египет».
В рельефах Сан-Петронио Якопо пришёл к максимально лаконичному языку. Основная тема рельефов — драма человека. Человек и занимает у Якопо делла Кверча господствующее место. Пейзаж еле намечен и служит лишь скромным фоном для действия.
«Сотворение богом первого человека предстаёт в Сан-Петронио не как запредельное чудо, но как творческий акт, — пишет О. Петрочук. — Бог для Якопо — тоже ваятель. Мастер зримо даёт ощутить зарождение сознания в ещё неловком, но первозданно могучем теле Адама. Но этот большой ребёнок превосходит у Кверча ростом самого Создателя — и оттого, утрачивая привычно-рабскую роль, обретает доселе невиданное положение прекрасного ученика, ещё неумело, но с трогательным старанием перенимающего огонь души великого учителя. Умный выпуклый лоб и широкие скулы кверчианского „идеала“ получают в мужском варианте — в чертах Адама изрядную резкость и тяжесть, а с ними и большую откровенность выражения страстей.
В „Сотворении Евы“, в „Грехопадении“, как изначальный контраст между квадратным и круглым, мужественность обретшего своеобразную грацию Адама противопоставлена нежной женственной гибкости Евы. Её впервые со времён античности воспетая нагота, по-крестьянски здоровая и крепкая, не менее целомудренна, чем облачённое в царские одежды достоинство аристократичных созданий воспетого Петраркой Симоне Мартини.