В 1477 году Штосс переехал из Нюрнберга в Краков. Но первая и наиболее грандиозная его работа — главный алтарь церкви Марии в этом городе — труд зрелого мастера. И даже если принять самую позднюю дату рождения, названную в источниках, то в Краков Штосс приехал уже тридцатилетним, вполне сложившимся человеком.
Ему предстояла очень большая и ответственная работа. Общая высота алтаря равна тринадцати метрам. С распахнутыми створками его ширина достигает без малого одиннадцати метров. Размеры короба 7,25x5,35 метра, высота фигур в нём достигает 2,8 метра. Конечно, не всё в алтаре сделано руками Штосса. Ему помогала большая мастерская. Но общая концепция, главные статуи, часть рельефов принадлежат ему. По всей вероятности, он же и раскрашивал статуи.
В течение двенадцати лет алтарь был главной работой Штосса и его мастерской. В 1486 году он был в основном завершён. Несколько раз мастер уезжал по делам из города и поэтому довёл свой исполинский труд до конца лишь в 1489 году.
Алтарь посвящён, как и вся церковь, Марии. Он вдвинут в апсиду зального хора и настолько широк, что в открытом виде упирается в боковые стены. Это алтарь с двумя парами створок, пределлой и надстройкой. По сравнению с другими современными ему алтарями он не слишком богато украшен орнаментальной резьбой. Надстройка невысока по отношению к размерам короба и довольно проста по построению. А пределла настолько мала и мелкофигурна, что воспринимается скорее как подставка.
По замыслу Штосса, ничто не должно мешать восприятию действия, представляемого в центре алтаря, поэтому внешняя сторона наружных створок осталась без росписей. Будничная сторона состоит из двенадцати низких рельефов, в основном с эпизодами «болестей» Марии. В полностью открытом «праздничном» виде предстаёт сцена Успения Марии. На боковых створках — горельефы, изображающие «Радости Богоматери». Таким образом, проводится чёткая программа триумфа Марии. На будничной стороне — скорбный рассказ о событиях, так или иначе причинивших страдания Богоматери. В центре праздничной стороны — смерть Марии и принятие её в небеса. В надстройке — «Коронование Богоматери». Аккомпанементом служат изображения «Радостей Марии» на боковых створках.
Это самостоятельное и своеобразное произведение алтарного искусства, знаменующее высший расцвет сооружений этого типа севернее Альп. Штосс решительно порвал со старым и в первом самостоятельном своём произведении занял основную часть короба сценой, насыщенной драматическим действием.
При внимательном рассмотрении обнаруживается чёткая композиционная система центральной части алтаря. Средняя ось определяется группами вверху короба и в надстройке. Сцена Успения также подчинена законам симметрии: Мария, держащий её апостол и апостол со сцепленными пальцами находятся на средней оси. По бокам этой группы расположились по две фигуры на первом плане, а ещё двое взирают на Марию через плечи апостола в центре. На заднем же плане привлекают внимание две профильные фигуры. Таким образом, скульптору удаётся сохранить достаточно определённую симметрию в расположении фигур главной группы.