За несколько дней до начала Шестидневной войны в Израиле было впервые создано правительство Национального единства, возглавляемое Леви Эшколем. Сразу после окончания войны в резолюции, принятой 19 июля 1967 года, правительство Израиля выразило готовность уйти с большей части занятых в ходе боевых действий территорий (а именно с Синайского полуострова и Голанских высот) в обмен на подписание мирного соглашения с Египтом и Сирией. Однако арабские страны не пожелали вести переговоры, ответив на протянутую руку мира тремя «нет» Хартумской конференции.
Заменившая Леви Эшколя в 1969 г. на посту главы правительства Голда Меир отличалась более «ястребиными» взглядами, чем ее предшественник. В период правления Голды Меир и Моше Даяна (занимавшего в 1967–1974 гг. ключевой пост министра обороны) мирные инициативы Л. Эшколя были преданы забвению. Предложения об отступлении из Синая в обмен на подписание израильско-египетского мирного договора, сделанные в 1969–1971 гг. государственным секретарем США Уильямом Роджерсом и выступавшим от имени ООН шведским дипломатом Гуннартом Яррингом, на этот раз были отвергнуты израильским руководством. В руководстве страны возобладало мнение, что, поскольку ни Газа, ни Западный берег не являются историческими частями Египта и Иордании и оказались в их составе лишь в результате войны 1948–1949 гг., то их присоединение к Израилю в результате новой войны вполне может быть оправдано.
Кроме того, утверждалось, что в этой войне Израиль не был агрессором, а коли так, то и не должен возвращать захваченные территории. Действительно, израильскому удару по египетскому военно-воздушному флоту предшествовало размещение египетских войск вдоль Суэцкого канала, изгнание сил ООН, призванных обеспечивать условия перемирия между Израилем и Египтом, а также блокада Тиранского пролива, которая перекрывала доступ к Эйлатскому порту. Утверждалось, что все это было равнозначно объявлению войны, и если бы Израиль не нанес удар первым, это поставило бы под угрозу само его существование. Руководители страны подчеркивали не только стратегическую значимость Иудеи и Самарии для обеспечения обороны Израиля, но и их важность в контексте многовековой истории еврейского народа. Началось поселенческое движение, арабские страны стали готовиться к новой войне, а надежды на мирное урегулирование умерли, едва зародившись.
Шестидневная война оказалась едва ли не последней по-настоящему победоносной войной в истории государства Израиль. Хотя и в последующих войнах израильские войска добивались поставленных политическим руководством целей (ЦАХАЛ закончил Войну Судного дня на подступах к Каиру и Дамаску, а в ходе Ливанской войны оккупировал Бейрут), это была последняя кампания, в ходе которой армия и до, и во время, и после боевых действий пользовалась безоговорочной поддержкой населения. Более того, в ходе Шестидневной войны инициатива в проведении военных операций принадлежала именно армейскому командованию, тогда как политическое руководство пребывало в неуверенности по поводу того, как следует поступать Израилю.
За несколько дней до начала войны тогдашний командующий ВВС Э. Вейцман, находясь в кабинете Л. Эшколя, в гневе покинул совещание, сорвав с себя погоны и бросив их на стол премьер-министра, опасавшегося отдать приказ о бомбардировке египетских объектов.
Шестидневная война является наиболее спорной в историографии арабо-израильского конфликта: каждая из сторон обвиняет другую в развязывании боевых действий. Израиль, который нанес удар первым, утверждает, что сделал это лишь постольку, поскольку его к этому вынудили, тогда как арабские страны (а вместе с ними и большинство стран мира) возлагают всю вину за начало Шестидневной войны на Израиль.
Как показывает иерусалимский историк М. Орен в своей книге «Шесть дней войны. Июнь 1967 года и становление современного Ближнего Востока», начало Шестидневной войны стало результатом целого ряда факторов, и ни один из политических и военных лидеров – ни на Ближнем Востоке, ни за его пределами – не контролировал ситуацию полностью. Вместе с тем случайной эту войну тоже назвать никак нельзя. Парадоксальным образом, важнейшая из арабо-израильских войн стала результатом фатальных несовпадений между подлинными интересами израильских и арабских лидеров и той политикой, которую они вольно или невольно проводили в жизнь.