Правительство «красных кхмеров» жестоко расправлялось с любым инакомыслием – реальным или потенциальным. Массовые казни стали обычным явлением. Обочины дорог «украшали» груды черепов, пробитых пулями и дубинками. Особым преследованиям подвергались некхмерские национальные меньшинства. К тому же руководство компартии раздиралось острой внутренней борьбой, в ходе которой группировки истребляли друг друга.
В 1976 г. националистическая фракция Пол Пота и Та Мока уничтожила прокитайскую группировку (ее лидер Ну Ним был казнен в 1977 г.). В 1977 г. была начата чистка сторонников провьетнамской фракции, которая в ответ в мае 1978 г. подняла восстание на востоке страны. Оно закончилось поражением, лидер фракции Со Фим покончил с собой, а другой ее видный деятель, Хенг Самрин, бежал во Вьетнам.
Во внешней политике Демократическая Кампучия стала ориентироваться на Китай. В стране появились китайские советники. Напротив, отношения с соседями стремительно ухудшались. На границе с Таиландом все время происходили стычки, а в 1978 г. разгорелись широкомасштабные военные действия между Кампучией и Вьетнамом. В результате более сильная вьетнамская армия в конце 1978 г. вторглась на территорию Кампучии. Ее поддерживали вооруженные формирования провьетнамской фракции компартии (с начала 1979 г. приняла название Народно-революционной партии Кампучии) и созданного им Единого фронта национального спасения. 7 января 1979 г. вьетнамские войска вступили в Пномпень. Силы «красных кхмеров» отступили в горные районы и на запад страны, где развернули партизанскую войну.
После взятия Пномпеня вьетнамские войска передали власть своим сторонникам из НРПК. Страна была переименована в Народную Республику Кампучия (НРК), но осталась однопартийным государством. Высшим органом власти до 1981 г. считался Народно-революционный совет во главе с лидером НРПК Хенг Самрином. По конституции 1981 г. структура органов государственной власти была изменена: были образованы Государственный совет (председатель – Хенг Самрин) и Совет министров (председатель с 1984 г. – Хун Сен).
Режим Хенг Самрина отменил большую часть мер, осуществленных «красными кхмерами». Он приступил к восстановлению городов, промышленности и ирригационной системы, возродил денежную систему и смягчил тотальную коллективизацию, заменив ее кооперативами – «группами трудовой взаимопомощи». Была восстановлена буддийская религия.
В военном отношении новое правительство опиралось в первую очередь, на остававшиеся в стране вьетнамские войска. В феврале 1979 г. между двумя странами был подписан Договор о мире, дружбе и сотрудничестве сроком на 25 лет.
Однако режиму Хенг Самрина не удалось утвердиться на всей территории страны. Противники вьетнамского влияния, получив широкую поддержку со стороны Китая, сплотились и оказали ему вооруженное сопротивление. Чтобы облегчить взаимодействие антивьетнамских сил, «красные кхмеры» вначале реорганизовали свое правительство, заменив Пол Пота на более умеренного Кхиеу Самфана, а в 1981-м объявили о роспуске компартии и ее преобразовании в Партию за Демократическую Кампучию (ПДК). ПДК заявила о своем отказе от марксизма-ленинизма, признала принципы рыночной экономики и попросила прощение за репрессии, осуществленные в период правления «красных кхмеров». В июне 1982 г. ПДК, сторонники Сианука (Движение за национальное освобождение) и приверженцы Сон Санна (Национально-освободительный фронт кхмерского народа) образовали Коалиционное правительство Демократической Кампучии, получившее официальное признание ООН. Сианук был объявлен президентом Демократической Кампучии, Сон Санн – премьер-министром, а Кхиеу Самфан – его заместителем. Основой вооруженных сил стали формирования «красных кхмеров», насчитывавшие до 50 тыс. человек. В отрядах сторонников Сианука было около 3 тыс., а Сон Санна – около 10 тыс. человек.
Вновь разгорелась гражданская война, в ходе которой ни одна из сторон не могла одержать верх. В 1987 г. правительство Народной Республики Кампучии вынуждено было согласиться на диалог с оппозицией, вывод вьетнамских войск и проведение свободных выборов под международным контролем. В апреле 1989 г. страна была опять переименована в Государство Камбоджа, в июле Национальное собрание в Пномпене одобрило декларацию о постоянном нейтралитете страны, и к концу сентября 1989 г. из нее были выведены вьетнамские войска. После этого открылся путь для политического урегулирования.
Летом 1989 г. в Париже проходила Международная конференция по Камбодже. Позже Австралия предложила план проведения выборов в Камбодже под эгидой ООН. С января 1990 г. стали проводиться регулярные консультации заместителей министров иностранных дел – постоянных членов Совета Безопасности ООН, на которых были согласованы основы мирного урегулирования, принятые также камбоджийскими сторонами.