Первые регулярные научно-исследовательские работы по нерпе начал профессор Пастухов в 1966 году. С началом экономического кризиса в конце 1980-х годов регулярные наблюдения за популяцией прекратились. Только в 1994 году удалось организовать учёт. Общую численность нерпы оценили в сто с небольшим тысяч особей.
В связи с тревожными сообщениями о гибели нерпы и сокращении её поголовья потребовалось провести новый подсчёт и в апреле 2000 года. Гринпис провёл ледовую экспедицию. Было обработано 16 маршрутов, пересекающих Байкал с берега на берег, и проведён полный учёт нерпы. Независимые учёные, привлечённые Гринпис к экспедиции, сделали неутешительные выводы о том, что численность уникального тюленя заметно сократилась.
В 1999 году официальные органы считали, что численность нерпы составляет 120 тысяч особей. В соответствии с этим рассчитывалась недопустимо большая квота на добычу нерпы. Кстати, узнав о планируемой Гринпис экспедиции, «Байкалрыбвод» снизил квоту почти в 2 раза — до 3500 голов. Была также запрещена охота с лодок.
Вскоре выяснилось, что численность «основного запаса» популяции нерпы составила всего 67 165 голов. Кроме того, наблюдается общее старение популяции из-за активного промысла детёнышей нерпы — кумутканов. В период ледовой охоты в последние 5–6 лет гибло до 90 % молодых животных. В результате репродуктивный потенциал популяции снижается и в скором времени это может послужить причиной ещё большего снижения её численности. Группы охотников вытеснили нерпу из естественных мест обитания (расположенных в северной части озера) в среднюю часть, где климатические и пищевые условия значительно хуже.
Частично учёт численности байкальской нерпы был повторён во время второй ледовой экспедиции Гринпис — в апреле 2001 года. Их результаты полностью подтвердили прошлогодние выводы. Сейчас можно с уверенностью утверждать, что в Байкале обитает около 70 тысяч особей. Цифра указывает на то, что уникальный тюлень находится под угрозой.
Гринпис требует полного запрета коммерческой добычи нерпы на ближайшие 4–5 лет. Исключение может быть сделано только для так называемого «традиционного природопользования» местного населения.
Байкальский омуль
Байкальский подвид (относится к отряду лососеобразных, семейству сиговых) от арктического собрата отличается узким лбом и большими глазами. В летний период вместе с пелядью держится на глубинах 20–30 м. В водохранилище достигает длины 44 см и массы 1,5 кг. Обычные же его размеры — 36–38 см, масса 0,6–0,8 кг.
Некоторые учёные считают, что омуль пришёл в Байкал из приустьевых участков рек, впадающих в Ледовитый океан, в частности по Енисею и Ангаре. Другие полагают, что предковыми формами всех сиговых рыб являются пелагические сиговые континентальных водоёмов Сибири. Предполагают, что омуль попал в Байкал сравнительно недавно, вероятно, в ледниковый или послеледниковый период. Он хорошо освоил новую для себя экологическую нишу, смог откладывать икру, нагуливать, развиваться и стал байкальским. В Байкале он претерпел значительные изменения, приобрёл биологические особенности подвида и может считаться эндемичной (исключительно местной) рыбой.
В Байкале живут четыре популяции омуля: селенгинская, чивыркуйская, северобайкальская и посольская. Некоторые учёные выделяют ещё баргузинскую. Но в настоящее время она практически прекратила своё существование, так как Баргузин настолько загрязнён затонувшей древесиной и продуктами выщелачивания, что восстановление его, вероятно, будет длиться очень долго, если вообще произойдёт. В пору же своего нормального существования и воспроизводства баргузинская популяция давала до 10–15 тысяч центнеров рыбы. Посольская популяция омуля искусственно воспроизводится из икры, инкубируемой в специальных аппаратах. Поэтому естественных популяций в Байкале в настоящее время только три, и все они находятся в угнетённом состоянии.
Омуль плавает глубоко до 300–350 м, а иногда и глубже. На таких глубинах довольно много времени проводит омуль посольской и чивыркуйской популяций, омуль других популяций встречается на меньших глубинах.
Самый крупный из встреченных экземпляров селенгинской популяции имел вес до 5 кг и длину около 50 см. Рыбаки говорят, что в старину ловили рыб и покрупнее. Однако добыть более крупный экземпляр даже для музея не удалось.
Рыбы селенгинской, баргузинской и чивыркуйской популяций начинают созревать на 5–6, северобайкальской — на 4–5, посольской — на 7–8-м году жизни. В этом же возрасте большинство рыб впервые идёт на нерест. Нерестится омуль до 14–15 лет. На нерестилищах попадаются особи и старше, но уже без икры — утрачивая способность к размножению, они сохраняют инстинкт нерестовых миграций. Долгоживущие особи нерестятся, вероятно, до 5–6 раз за свою жизнь и откладывают до 200 тыс. икринок.