Вопрос ведомственного подчинения музея в период с февраля 1917 по осень 1918 года достаточно не определён в силу организационного хаоса того времени.
Осенью 1918 года музей «Оружейная палата» переходит в ведение отдела по делам музеев и охране памятников искусства и старины Наркомпроса.
К весне 1919 года положение музея «Оружейная палата» становится катастрофическим. Экспозиция была практически свёрнута, многие экспонаты упакованы в ящики, экспозиционные залы и другие помещения музея загромождены ценностями, эвакуированными из дворцов и музеев западных районов страны. Уже на протяжении двух зим музей не отапливался, температура доходила до 3–4 градусов тепла. Это могло привести к гибели экспонатов. Ликвидация Дворцового ведомства привела к тому, что в Оружейной палате не было необходимого количества сотрудников.
Михаилу Сергеевичу Сергееву, возглавившему музей в 1919 году, удалось собрать в Оружейной палате деятельных, талантливых, преданных делу сотрудников: Н. Н. Померанцева, В. Т. Георгиевского, В. К. Клейна, Ф. Я. Мишукова, М. Н. Левинсон-Нечаеву, М. М. Постникову-Лосеву, Т. Г. Гольдберг и др. К апрелю 1922 года штат состоит уже из 20 человек. Для управления работой музея вводится должность заведующего.
Вновь созданный коллектив занимается описанием поступивших в музей коллекций и экспонатов, разборкой сундуков и ящиков, складированных в Оружейной палате. В 1921 году была подготовлена и открыта первая после начала войны выставка — «Эмали в собрании Оружейной палаты». М. С. Сергеев сделал каталог этой выставки и опубликовал в альманахе «Среди коллекционеров» статью о русских эмалях. Сотрудники музея и в это трудное время продолжали вести плодотворную научную работу. К концу 1921 г. были подготовлены к печати: «Каталог выставки тканей XVIII в.», «Опись предметов, поступивших из Патриаршей ризницы и национализированных церквей и монастырей», «Опись вышивок и шитья XVIII в.», издан ряд научных статей.
В начале 20-х годов пересматривается концепция музея, так как в новых социально-политических условиях Оружейная палата в качестве придворного музея, призванного прославлять правящую династию, не могла больше существовать. Новый музей призван был представить историю русского и зарубежного декоративно-прикладного искусства, показать работу царских мастерских и т. д. Такое ограничение в подходе к показу сокровищ, музея, видимо, было вынужденным, продиктованным стремлением руководителей музея М. С. Сергеева и Д. Д. Иванова сохранить экспонаты, акцентируя внимание не на их исторической значимости, а лишь на мастерстве их исполнения.
В июле 1922 года утверждается новое Положение о музее и его новое название — Государственный музей декоративного искусства «Оружейная палата». В музей входят Оружейная палата, соборы Кремля и Дом боярина XVII века, который являлся филиалом Оружейной палаты уже в середине XIX века.
Огромное значение в организации работы музея в этот период приобретает созданный в 1922 году Учёный совет. На его заседаниях решались как проблемы, определявшие основные направления деятельности музея, так и вопросы текущей работы.
Одним из самых драматических периодов в истории кремлёвского музея стала работа Комиссии особо уполномоченного ЦИК СНК по учёту и сосредоточению ценностей придворного ведомства в январе—сентябре 1922 года. Комиссия начала работу с просмотра того, что особенно интересовало Гохран — с коронных ценностей. По воспоминаниям Дмитрия Дмитриевича Иванова, назначенного на должность заведующего Оружейной палатой в апреле 1922 года, после скоропостижной смерти М. С. Сергеева, сотрудники музея испытывали «в самой тяжёлой форме удручающий гнёт крайне резких притязаний Гохрана». Их мало интересовала историческая или художественная значимость того или иного экспоната, они видели только его материальную стоимость «безоглядно требуя обезличения и скорейшего использования драгоценных металлов и камней». М. С. Сергеев и Д. Д. Иванов, представлявшие музей, всеми доступными им средствами добивались сохранения музейных ценностей. В результате этой борьбы сотрудникам музея удалось отстоять многое из того, что непременно погибло бы, будь их позиция менее принципиальной. Борьба за возвращение изъятых экспонатов продолжалась и после завершения работы комиссии. С августа 1923 по июнь 1924 года в Оружейную палату было возвращено 39 758 предметов (в том числе 22 243 монеты нумизматической коллекции).
Важным этапом в развитии музея стало включение в его состав всех церквей и монастырей Московского Кремля. В этот период начинается подготовка к музейному показу кремлёвских храмов. Стремясь сохранить их историко-художественные комплексы, в концепции экспозиции сотрудники музея подчёркивают бытовое и декоративное значение памятников, избегая напоминать об их культовом назначении. Огромный ущерб соборам был нанесён в 1922 году изъятием ценностей в Помгол.