Примечательно, что Чайкин на предварительном следствии отрицал уничтожение икон. Но сожительница, её малолетняя дочь и мать показывали, что видели, как он разрубал иконы на щепки и сжёг в печи. При обыске в печи действительно были найдены обгорелые жемчужины, загрунтовка с позолоты, проволоки, гвоздики, петли, которые, по показаниям монахини-свидетельницы, находились на бархатной обшивке иконы. По показаниям Шиллинг, пепел от икон был брошен в отхожее место, где и был найден полицией.
В итоге Чайкин был осуждён на двенадцать лет каторги. Остальные подсудимые получили меньшие сроки, а Захарова оправдали.
Однако поиски иконы и проработка других возможных версий продолжались. Уж больно высокую ценность для всех россиян имела знаменитая икона, не говоря уж о стоимости её оклада, уж больно мощный резонанс вызвало это похищение. Стоит также помнить, что похищены были две иконы, и пепел мог принадлежать лишь одной из них — менее ценному Спасу Нерукотворному. К тому же оклады обеих икон найдены так и не были.
Поэтому возникла версия, что икону Казанской Богоматери Чайкин за огромную сумму перепродал старообрядцам — они действительно занимались широкой скупкой дониконовских икон, в частности, брали их из старинных московских храмов во время разорения Москвы в нашествие Наполеона. В итоге 12 ноября 1909 года в недрах полиции появился секретный доклад. В Казань был послан специальный чиновник, так как до министерства дошли «серьёзные сведения о сохранности чудотворной иконы Казанской божией матери». Товарищ министра внутренних дел Курлов отстранил казанского губернатора и начальника казанского жандармского управления от розыска, доверив его автору доклада Прогнаевскому. А Кошко направил в помощь ему двух самых опытных агентов. Один из них и доложил о продаже иконы старообрядцам.
К Чайкину, находившемуся в то время в тюрьме в Ярославле, подсылают шпионов, через которых пытаются узнать о местонахождении иконы. Но он теперь лишь твердит о сожжении иконы, а не о продаже. Однако слухи о возобновлении следствия расходятся уже по всей Империи, причём не минуют и тюрем.
И тут неожиданно в саратовской тюрьме возникает арестант Кораблёв, который заявляет, будто знает, где находится икона. Вступившему с ним в контакт епископу Саратовскому Гермогену Кораблёв сообщает, что икона якобы действительно находится у старообрядцев, и обещает помочь её вернуть, если ему смягчат участь и переведут в другую тюрьму, где он смог бы вступить в контакт с другими участниками «дела». Несмотря на то что у «версии» Кораблёва находятся влиятельные сторонники, опытный в делах сыска Прогнаевский вскоре убеждается, что никаких данных у арестанта нет, а он просто хочет организовать побег.
Тем не менее и после заключения Прогнаевского поиски иконы продолжаются. И тут возникает «дублёр» Кораблёва — каторжанин читинской тюрьмы Блинов. Причём всё идёт по тому же сценарию. Блинов просит о смягчении участи, о переводе в другую тюрьму. Его версию поддерживают епископ Читинский Иоанн и даже великая княгиня Елизавета Фёдоровна, которую ставят в известность о предложениях арестанта и которая через посредников вступает в переговоры с вором. В 1915 году в Курске проводится специальное совещание по разработке новой версии. Однако следователи обнаруживают, что Кораблёв лишь хотел сделать копию и выдать её за настоящую икону, и его снова заковывают в кандалы. Окончательной правды не удалось добиться и от Чайкина.
Была ли сожжена икона? Если нет, где она находится? А если была действительно уничтожена Чайкиным, то куда делась её драгоценная риза? Эти вопросы так и оставались без ответа многие годы. Конечно, специализация Стояна на похищении одних лишь окладов, показания его самого и свидетелей вроде бы подтверждают версию об уничтожении иконы. Но, с другой сторон, прожжённый рецидивист прекрасно понимал, что стоимость самого образа гораздо выше стоимости её ризы.
Если же икона Казанской Богоматери была на самом деле сожжена, то какой же образ висел в Фатиме? Подделка? А может, старинный список? Тем более что следы некоторых из них тоже теряются.
Вспомним, что сразу по обретении иконы в Казани с неё был сделан список и отправлен Ивану Грозному. Известно также, что в Москву к Дмитрию Пожарскому в 1611 году попал список из Казани вместе с казанским ополчением. Затем он находился в домовой церкви князя на Лубянке, а в 1633 году был собственноручно перенесён им в Казанский собор на Красной площади.
Как повествует церковная литература, икона Казанской Богоматери, перенесённая из Казани в Москву в 1579 году (вероятно, тот самый список, сделанный сразу по обретении иконы), оставалась там до 1721 года. Тогда, по воле Петра I, она была перенесена в Петербург, где находилась в различных храмах, пока в 1811 году, по сооружении Казанского собора, 15 сентября, в день открытия храма, Чудотворная икона не была перенесена и поставлена в его иконостас.