Римский папа отказался признать брак Генриха VIII со второй его женой Анной Болейн, объявив их отношения «блудом», потому Елизавета считалась незаконнорожденной.
Лорд Дарнли, став позднее, в 1565 г., мужем Марии, оказался под каблуком супруги и фактически добровольно отказался от претензий на английскую корону.
В 1558 г. бездетная королева Англии Мария I Тюдор (Кровавая), дочь Генриха VIII и первой его жены Екатерины Арагонской, на смертном одре назначила преемницей свою сводную сестру Елизавету. Мария Стюарт, уже будучи королевой Шотландии и Франции (она вышла замуж за короля Франциска II), располагавшая поддержкой римского папы и всей католической Европы, после кончины Марии Тюдор самовольно объявила себя английской королевой. Так началось многолетнее противостояние двух королев-сестер. От исхода этого противостояния зависела судьба Англии и выбор господствующей религии, т. к. Елизавета исповедовала протестантизм, а Мария – католицизм.
Все эти годы Елизавета I старалась идти на некоторые уступки своенравной сестре, но Мария категорически отказывалась признавать ее королевой Англии.
В надежде на реализацию своих прав на английский престол, шотландская королева готовила почву для захвата власти. Так, в начале 1560-х гг. она готовила брак с Доном Карлосом, сыном испанского короля Филиппа II, который мог стать союзом двух государств, столь нежелательным и даже губительным для Англии. Этот брак не состоялся, и Мария вышла замуж за своего кузена лорда Дарнли, вызвав негодование Елизаветы I, обеспокоенной усилением позиций обоих претендентов на английский трон.
К счастью для Елизаветы, между Стюартами наступило охлаждение еще до рождения их наследника Якова, будущего короля Англии. В 1566 г. образовалась враждебная Марии коалиция Дарнли и протестантских лордов Шотландии.
10 февраля 1567 г. любовник Марии Стюарт Джеймс Хепберн, граф Ботвелл, при активном содействии королевы организовал успешный заговор против шотландского короля. Лорда Дарнли задушили и для отвода глаз взорвали его дом.
Через три месяца после этого Мария вышла замуж за Ботвелла. Воспользовавшись преступлением, противники Марии – протестантские лорды восстали и 24 июня 1567 г. разбили армию королевы, заключили Марию Стюарт в замок Лохлевен и принудили ее подписать отречение.
В 1568 г. Мария совершила побег, подняла верные ей войска, но вновь была разбита и вынужденно скрылась в Англии, сдавшись на милость Елизаветы I. Та поместила ее в Шеффилдский замок на севере Англии, приставив к строптивой кузине надежных людей. Жаловаться Марии было грех, на ее двор английская и французская казна тратили немалые деньги, но вырваться из золотой клетки венценосной птичке уже было не суждено. Там Стюарт провела 19 лет в тщетной надежде, что бездетная кузина умрет или будет убита, и тогда она по закону наследует английскую корону. Надо сказать, что этого же ожидали Испания, папа римский и другие сторонники католической реставрации Англии.
Предприняв по просьбе шотландских лордов расследование обстоятельств смерти Дарнли (повторяем: законного наследника английской короны) и свержения Марии Стюарт, Елизавета убедилась в участии шотландской королевы в заговоре против мужа. Об этом красноречиво свидетельствовали «письма из ларца» Ботвелла, представленные суду лордами. Следствие признало справедливым низложение Марии.
Вспыхнувшая после этого в Шотландии война между сторонниками и противниками Марии Стюарт окончилась полным поражением экс-королевы. Шотландским королем в 1573 г. стал ее сын Яков VI.
Мария не сломалась. Более того, еще настойчивее стала искать путь на английский трон, который и привел ее в конце концов на плаху. Секретная переписка Марии со сторонниками католицизма и с властителями ряда европейских держав не осталась незамеченной.
В 1569–1570 гг. Елизавета I подавила мятеж католического дворянства в северных графствах Англии, поднятый Томасом Говардом, герцогом Норфолком, состоявшим с Марией в переписке. Освободить Марию Норфолку не удалось, в 1572 г. он был казнен.
Тогда же английские спецслужбы раскрыли заговор Ридольфи (флорентийский банкир, субсидировавший заговорщиков), целью которого было убийство Елизаветы и возведение на английский престол Марии Стюарт. Но и после этого Елизавета терпела происки сестры еще 14 лет.
Однако после того, как приверженцы Марии дважды едва не убили Елизавету, английская королева решила покончить с интриганкой.
Королевские шпионы оказались на высоте. Завязав в 1586 г. с почетной арестанткой от имени группы католиков тайную переписку, начальник разведки и контрразведки ее величества Френсис Уолсингем раскрыл наполовину сфабрикованный им же «заговор Бабингтона».
Вся переписка, из которой следовало, что Елизавету собирались убить, возвести на трон Марию Стюарт и призвать в Англию испанские войска, была представлена Тайному совету. Тайный совет постановил: «Смерть Марии означает жизнь Елизаветы, жизнь Елизаветы означает смерть Марии». Далее оттягивать суд над изменницей стало бессмысленно.