Закончив Университет и получив диплом, Рерих решил провести год в Европе. Перед самым отъездом произошло его знакомство с Еленой Шапошниковой, дочерью архитектора Ивана Ивановича Шапошникова и племянницей композитора Модеста Мусоргского. Она родилась в 1879 году в Петербурге и по линии матери, Екатерины Васильевны, принадлежала к старинному роду Голенищевых-Кутузовых. Детство и юность Елена провела в Петербурге, в доме на Лиговке.
Она получила хорошее образование, в восемнадцать лет свободно говорила на четырех иностранных языках. Была талантливой пианисткой: окончив высшую музыкальную школу при Санкт-Петербургской консерватории, давала сольные концерты в дворянском собрании. Но было у Шапошниковой еще одно увлечение, которое впоследствии захватило ее целиком, – восточная философия.
На балах Елена чаще сидела в глубине зала, окруженная поклонниками. В нее влюблялись миллионеры. Но она, на удивление всем, отказывала первым женихам Петербурга и говорила, что выйдет замуж только за музыканта или художника.
Летом 1899 года Елена Шапошникова отдыхала вместе с многочисленной родней в имении князя Путятина, которое находилось в Бологом Новгородской губернии. По субботам патриархально ходила в баню.
Елена Ивановна рассказывала домашним, как познакомилась с будущим мужем. Как-то, возвращаясь из бани, встретила она молодого человека со светлой бородкой, приняла его почему-то за землемера. А вечером за чайным столом узнала, что это вовсе не землемер, а известный художник. Удивление было взаимным и приятным. Рерих был поражен красотой девушки.
Художник провел в усадьбе несколько дней. Он приехал в Бологое по делам раскопки курганов, а Путятин, член Петербургского археологического общества, был в отъезде и задержался.
Красота, тонкость, ум и такт Елены произвели на Рериха глубокое впечатление. Одна из современниц нарисовала ее портрет: «Полная изящества, женственности, грации и какого-то внутреннего обаяния всего ее облика, она невольно притягивала к себе все взоры. У нее были роскошные светло-каштановые, с золотым отливом волосы и пышная прическа по моде того времени, прелестный небольшой ротик, жемчужные зубы и ямочки на щеках; когда она улыбалась, а улыбалась она часто, все лицо ее освещалось теплом и лаской. Но что было самое примечательное в ее лице – это ее глаза, темно-карие, почти черные, миндалевидные, продолговатые, как бывают у испанок, но с другим выражением. Это были лучезарные очи с длинными ресницами, как опахала, и необычайно мягким, теплым, излучающим сияние взглядом».
Встречи и беседы оставляли чувство внутреннего родства и общности устремлений. У них были одинаковые вкусы. Оба любили музыку Вагнера, Бетховена, Римского-Корсакова, Мусоргского, Стравинского. Любили живопись: Тициана, Куинджи, Леонардо да Винчи. Любили Толстого и Пушкина. Любили философов Спинозу, Сведенборга, Бёме…
В первые месяцы знакомства, продолженного осенью в Петербурге, Рерих, дороживший своей творческой свободой, делает 30 ноября запись в дневнике: «Сегодня была К. И. в мастерской. Боюсь за себя – в ней очень много хорошего, опять мне начинает хотеться видеть ее как можно чаще, бывать там, где она бывает».
В 1900 году Рерих делает девушке предложение и получает согласие. Правда, свадьбу пришлось отложить – это было связано со смертью отца Николая и необходимостью привести в порядок финансовые дела, а также с поездкой Рериха за границу для завершения художественного образования.
Родственники Елены называли планы ее супружеской жизни с Рерихом «несносными химерами». Пытаясь помешать предстоящему браку, они все активнее вовлекают девушку в светскую жизнь. Однако свет мало привлекает юную Елену Ивановну, хотя она всегда со вкусом одета, не отказывает себе в удовольствии носить драгоценности.
Наконец на Лиговке появляется сам Николай Константинович с рассказами о Париже и Кормоне. Невесте вместо драгоценностей – замыслы картин, радости, сетования, раздумья. Несмотря на сопротивление всего клана Голенищевых-Кутузовых, недовольных скромным финансовым положением художника, Николай и Елена твердо решили связать свои судьбы. 28 октября 1901 года в 6 часов вечера в церкви Академии Художеств на Васильевском острове состоялось их венчание. Невеста шла к алтарю в белом платье, в белых вуалях, и тяжелый венец опускался на вуаль, на легкие цветы, означая начало новой жизни.
Рерихи поселяются на квартире матери Николая. Потом немало пришлось и «покочевать» по квартирам, словно бы предваряя грядущие многочисленные путешествия.
Елена Ивановна не слишком любит домашнее хозяйство, но забот все больше. В августе 1902 года в селе Окуловке, где Рерихи находились проездом в археологическую экспедицию, родился их первенец Юрий, будущий ученый-востоковед с мировым именем.